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基于SLAF-seq技术的木薯SNP标记开发

俞奔驰  韦丽君  雷开文  宋恩亮  马崇熙  
【摘要】:开发大量木薯(Manihot esculenta)特异分子标记可促进木薯种质资源中优良基因的挖掘和利用。本研究以39份木薯种质资源为材料,利用特异性位点扩增片段测序(specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)技术进行测序,结果显示:本次实验双端比对效率为90.83%,酶切效率为91.18%;通过测序获得304.30 Mb的读长数据,各样本读长范围在2 123 094~15 102 046之间,对照数据量最小,仅395 790个读长;样品测序质量值(Q_(30))在95.62%~96.60%之间,均在95%以上;GC含量在41.27%~44.96%之间,平均GC含量为42.89%,对照的GC含量为42.93%。本研究共开发出725 220个SLAF标签,样本的平均测序深度为20.98倍(×),多态性SLAF标签446 789个,共得到2 504 553个群体SNP标记。可见,SLAF-seq技术适用于木薯SNP位点的开发,其效率较高。

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