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基于转录组分析的九种苍耳分子标记筛选和鉴定

王书平  梅洋  傅怡宁  田雯  蒋费涛  李昂  张宁  王寅鹏  印丽萍  
【摘要】:为实现我国非重要的检疫性杂草——苍耳属Xanthium杂草快速高效的分子鉴定,利用Illumina二代测序平台对白苍耳X. albinum、意大利苍耳X. italicum、直刺苍耳X. ripicola、刺苍耳X.spinosum、柱果苍耳X. cylindricum、宾州苍耳X. pennsylvanicum、蝟实苍耳X. echinatum、苍耳X. sibiricum和北美苍耳X. strumarium共9种苍耳属杂草进行转录组测序,获得的unigene序列数分别为103 362、93 506、87 452、83 822、70 994、66 397、57 598、57 164和57 134个。利用生物信息分析方法对9种苍耳属杂草转录组进行简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)和物种间的特异性序列预测和筛选。经过PCR试验验证,筛选获得了可以有效鉴定上述9种杂草的6对SSR引物和13对特异性引物,提高了苍耳属杂草鉴定的准确率。

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