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福尔马林固定鱼类标本DNA提取方法的优化

孔啸兰  陈作志  林琳  李纯厚  梁沛文  
【摘要】:气候变化和人类活动胁迫致使许多海洋鱼类种群结构发生了显著变化。为了摸清鱼类种群结构对气候变化和人类胁迫活动的响应机理,利用福尔马林固定标本研究较早年代海洋鱼类DNA是一种有效的途径。为了解决福尔马林固定鱼类样本DNA提取质量差的难题,以福尔马林固定近50年的金线鱼(Nemipterus virgatus)标本为例,研究DNA提取过程中多个因素对DNA提取产量的影响。以取样部位、除甲醛处理、消化时间、抽提方法为考察因素,以DNA提取浓度为评价指标,通过SPSS软件设计L8(4×24)正交实验。结果,得到的最优处理组为:肌肉组织样品经GTE缓冲液浸泡与酒精梯度处理后,90℃水浴30 min,真空干燥处理,加入裂解液与蛋白酶K,55℃水浴消化3 h,试剂盒法提取DNA。除甲醛处理是提高DNA产量的关键,处理步骤越多效果越好。90℃水浴后再消化能够显著提高DNA提取效率。通过对比标本DNA与新鲜样品DNA,PCR扩增的结果,证明使用优化方法提取的DNA能够满足后续研究的需求。

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