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刚地弓形虫ROP18基因的克隆及生物信息学分析

郭玲玲  张晓磊  张进顺  贾晓晖  姜文静  王春苗  刘楠  朱晓波  
【摘要】:目的对刚地弓形虫RH株的棒状体蛋白18(TgROP18)基因进行克隆,同时采用生物信息学分析TgROP18蛋白序列。方法提取刚地弓形虫RH株速殖子总RNA,根据TgROP18基因(GenBank登陆号为AM075204)的开放阅读框设计引物,采用逆转录PCR(RT-PCR)扩增ROP18基因,并对其产物进行测序;采用在线生物软件预测TgROP18蛋白的结构与功能。结果 TgROP18基因RT-PCR扩增产物与预期一致,大小为1 665bp;测序分析显示,ROP18基因序列与GenBank上已发表的序列完全一致。TgROP18蛋白含有554个氨基酸,分子式为C2753H4405N801O811S20,分子质量单位为62.34ku,理论等电点为9.34;在TgROP18蛋白的二级结构中,α-螺旋、β-折、β-转角、无规则卷曲所占比例分别为41.52%、19.13%、7.76%和31.59%;TgROP18蛋白含有10个亲水性较高的区域(临界值为2.0),28个表面可及性较高的区域(临界值为1.9),10个保守结构区域,7个翻译后修饰位点,21个B细胞抗原表位,21个CTL抗原表位及26个Th抗原表位有。结论生物信息学分析表明,TgROP18蛋白具有良好的免疫原性,这将为弓形虫疫苗的研究提供基础资料。

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