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基于重测序的长豇豆基因组InDel标记开发及应用

杨易  黎庭耀  李国景  陈汉才  沈卓  周轩  吴增祥  吴新义  张艳  
【摘要】:选取3份长豇豆种质资源进行全基因组重测序,利用重测序数据挖掘InDel位点,根据这些位点开发分子标记,并验证这些标记的有效性和应用价值。经过严格筛选,获得981个易于凝胶电泳检测的长度大于30 bp且多态性高的InDel位点,挑选其中在基因组上均匀分布的165个设计引物并进行验证。用6份长豇豆材料对165对引物进行初筛,其中162对可获得PCR扩增产物,共扩增出673条条带;85对引物表现出多态性,多态性带333条(占总带数的49.48%)。利用85个多态性高的标记对173份长豇豆资源进行基因分型和遗传多样性分析,共检测到333个等位位点;多态性信息含量(PIC)为0.01~0.37,平均值为0.29;基因多样性指数变异范围为0.01~0.50,平均值为0.36,表明现有长豇豆资源遗传背景相对狭窄。通过聚类分析,173份长豇豆被分为2个类群,成功将不同类型长豇豆划分到不同亚群。另外,选用亲本间多态性标记用于6个杂交组合的F1代真实性鉴定,鉴定出5个真实杂交种。本研究所开发的多态性InDel标记在长豇豆遗传多样性分析、杂交种纯度鉴定、遗传连锁图谱构建、基因定位和分子标记辅助选择育种等方面具有很好的应用前景。

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