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基于生物信息学分析食管鳞癌差异基因和预后价值

李疆芬  周众  张亚静  
【摘要】:目的鉴定食管鳞癌发生发展过程中的核心基因,寻找新的分子靶标。方法 GEO数据库筛选出食管鳞癌数据集GSE20347,GSE20344,GEO2R分析差异基因。利用STRING和Cytoscape建立并修饰蛋白与蛋白相互作用网络,GO功能和KEGG通路富集分析。Cytohubba计算核心基因,TCGA数据验证核心基因的表达情况。Kaplan Meier-plotter数据库用于核心基因的生存分析。结果获得共同上调基因19个和下调基因39个。其主要参与细胞外基质组织,定位于细胞外区域部分,功能为丝氨酸肽酶活性,涉及蛋白质消化吸收相关通路。12个核心基因在TCGA数据集的表达基本一致。CDH11,VCAN和SPP1表达与食管鳞癌预后显著相关。结论 CDH11和VCAN的下调以及SPP1的过表达被确定为食管鳞癌不良预后因素,为食管鳞癌的诊断和预后提供了新的标志物。

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