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极端嗜盐古菌中CRISPR结构的生物信息学分析

张帆  张兵  向华  胡松年  
【摘要】:【目的】利用生物信息学方法了解目前拥有全基因组序列的极端嗜盐古菌中CRISPR结构的特征。【方法】通过比对,保守性分析,GC含量分析,RNA结构预测等方法对已有全基因组序列的嗜盐古菌基因组进行研究。【结果】在5株嗜盐古菌基因组中发现CRISPR结构,在leader序列内得到具有回文性质的保守motif。发现在大CRISPR结构内repeat序列具有很强的保守性。同时根据第四位碱基的不同,repeat序列可形成两类不同的RNA二级结构。【结论】leader序列中回文结构的发现对其可能为蛋白结合位点的假设提供了进一步的理论依据。Repeat序列RNA二级结构的形成提示其可能介导外源DNA或RNA与CAS编码蛋白的相互作用。

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