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芸薹属AC亚基因组中P5CR基因家族鉴定与生物信息学分析

贺乔乔  周希希  郑世茂  张晓娟  张羽  
【摘要】:P5CR基因是广泛存在于生物中的管家基因,对生物响应逆境应答起着非常重要的作用。以拟南芥P5CR基因(AT5G14800.1)的CDS序列为种子序列,鉴定了芸薹属A(白菜组)、C(甘蓝组)亚基因组P5CR基因家族,并进行生物信息分析。共鉴定到8个P5CR基因,都由7个外显子组成,氨基酸数目为276~440个,均为稳定蛋白,亚细胞定位分析发现均分布于细胞质中。α-螺旋和无规则卷曲为主要二级结构元件,以丝氨酸和苏氨酸蛋白磷酸化为主。启动子区最多的顺式作用元件为光响应元件,其次为茉莉酸甲酯反应元件。系统发育将其分为三大亚类,其中亲缘关系最近的为白菜的Bol034305与甘蓝型油菜的GSBRNA2T00140419001。保守结构域长约105个氨基酸,为高度保守motif。研究结果表明芸薹属AC亚基因组中的P5CR为高度保守蛋白,可能涉及多个响应元件的调节。

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