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右旋糖酐生产用菌种肠膜状明串珠菌CMCC(B)34991的全基因组分析

王珊珊  石继春  杜宗利  石刚  龙新星  叶强  徐颖华  
【摘要】:目的对我国右旋糖酐生产用菌种肠膜状明串珠菌CMCC(B)34991的全基因组分子特征进行分析。方法将CMCC(B)34991菌种培养后,依次进行形态观察、生化鉴定、质谱分析及16S rRNA序列测定,同时应用高通量测序技术,对CMCC(B)34991菌种进行全基因组序列测定和比较基因组学分析。结果 CMCC(B)34991菌种与4种肠膜状明串珠菌亚种代表株的16S rRNA基因序列相似度均大于99.5%。CMCC(B)34991菌种染色体全基因组序列全长为1 857 684 bp,平均GC含量为38.2%,共含有2 089个基因,编码基因占整个基因组序列的88.4%,其中具有直系同源簇(clusters of orthologous groups,COG)功能1 621个,参与KEGG代谢通路1 112个。CMCC(B)34991菌种与4种肠膜状明串珠菌亚种代表株之间核苷酸同源性很高,平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,ANI)值大于98.5%,DNA-DNA杂交(DDH)值超过89%,它们之间的共有基因1 186个,而CMCC(B)34991菌种基因组特有基因247个。进化树显示,肠膜状明串珠菌与其他明串珠菌的分子进化历程不同。结论首次获得了我国右旋糖酐生产用菌种肠膜状明串珠菌CMCC(B)34991全基因组的基本特征,为后续右旋糖酐的生产工艺优化和生产用菌种的质量控制奠定了基础。

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