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刺参管足SMART cDNA文库构建及EST分析

李栋  常亚青  王玉丹  丁君  
【摘要】:以大连广鹿岛野生刺参的管足mRNA为材料,利用SMART cDNA Construction Kit构建了表达型cDNA文库。初始文库的滴度为1.3×106PFU/mL,蓝白斑估测重组率合格。扩增后获得96 mL文库,滴度为1.8×1010PFU/mL,从扩增文库中随机挑取200个噬菌斑进行PCR检测,电泳检测结果表明重组率大于90%,片段大小在0.25-2.0 kb之间的插入片段占80.4%,文库构建成功。随机选择122个噬菌斑转化为质粒pTriplEx2并测序,测序成功率83.6%,软件处理后100 bp以上的clean ESTs有72条,测通的为65条,占成功测序样品的63.7%。72条序列经SeqMan软件拼接,获得48条contig/singletons,在线Blast比对发现其中26条具有同源序列并获得注释,另外20条可能为新基因,其功能和结构有待进一步利用生物信息学的方法进行分析和研究。

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