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扩增区域对鲊广椒细菌MiSeq测序的影响

王玉荣  杨成聪  葛东颖  尚雪娇  张振东  郭壮  
【摘要】:在使用引物27F/338R、338F/806R和515F/907R分别对细菌16S rRNA基因的V_1~V_2区、V_3~V_4区和V_4~V_5区进行扩增的基础上,采用MiSeq高通量测序评价扩增区域对鲊广椒细菌多样性分析结果的影响。结果发现,扩增16S rRNA基因V_4~V_5区的非特异性序列所占比例显著偏低(P0.05),而扩增V_1~V_2区样品细菌的Chao 1指数显著偏高(P0.05)。虽然扩增16S rRNA基因的V_3~V_4区会导致Cyanobacteria(蓝细菌门)和Pediococcus(小球菌)相对含量显著偏高(P0.05),但不同扩增区域扩增出的同一样品其微生物群落结构无显著差异(P0.05)。在对鲊广椒细菌多样性进行解析时,建议选择引物515F/907R扩增16S rRNA基因的V_4~V_5区。

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