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基于生物信息学分析胃癌与癌旁组织中差异基因的表达及验证

段宝军  王晓霏  高艺  白俊陕  普彦淞  靳荣辉  张蓉  路凯  
【摘要】:目的:分析胃癌(gastric cancer,GC)与癌旁组织间的差异表达基因,寻找与GC的发生、发展及预后相关的关键基因。方法:基于基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)筛选GC与癌旁组织间显著差异表达的基因,利用京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)行通路富集分析。在癌症基因组图谱数据库(the cancer genome altlas,TCGA)中分析差异基因在GC中的表达及其与GC分期和预后的关系。最后在GC临床样本中验证。结果:在GEO中共筛选出1 353个差异表达基因。对GC中显著高表达的31个基因进行KEGG分析发现,其主要参与细胞外基质受体相互作用和蛋白消化与吸收。TCGA中分析显示此通路中的3个基因(COL1A1、COMP及THBS2)在GC中显著高表达,其中COL1A1高表达与GC的分期、预后不良显著相关。免疫组化结果证实COL1A1在GC中显著高表达,其表达与GC患者的预后相关。结论:COL1A1在GC中显著高表达,其与GC的发生发展及预后有重要关系。

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