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豹猫转录组从头组装及组织特异性表达分析

蒋兰  张雪艳  王俊茵  李静  
【摘要】:豹猫Prionailurus bengalensis是亚洲分布最广的食肉动物之一,国家二级重点保护野生动物。本研究对豹猫6个组织(大脑、心脏、肾脏、肝脏、肺和骨骼肌)进行了转录组测序,共获得51.4 Gb的原始数据。使用Trinity进行从头组装,最终获得了369 246条转录本,其平均长度为1 465 bp,转录本N50长度为2 660 bp,组装质量较高。注释结果显示,约42.44%(114 517条)的转录本在4个公共数据库中成功获得注释,65 895条转录本被分配到了386条KEGG通路中。根据转录本表达量构建各组织的表达图谱、计算组织特异性指数(TSI),39.65%的转录本为0.15≤TSI≤0.85,具有中等组织特异性,60.34%的转录本TSI0.85,具有较高的组织特异性。统计豹猫每个组织中表达量最高的10条转录本,共39条转录本,其中26条的表达具有高组织特异性(TSI0.85),显示大部分高表达基因都表现出高组织特异性。

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