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用于分子生物学检测的粪便DNA的提取方法优化

陈思媛  郭明璋  贺晓云  梁志宏  许文涛  黄昆仑  
【摘要】:肠道微生物与人类健康有着密切的关系,对肠道微生物的研究是人类微生物组学工程的重点。目前对肠道微生物的研究主要采用分子生物学方法,粪便中肠道微生物基因组DNA的提取质量是应用分子生物学技术的前提和实验成功与否的关键。为了探究最适的肠道微生物基因组DNA提取方案,本实验以大鼠(Rattus norvegicus)粪便为材料,比较了5种目前较为常用的粪便基因组DNA提取方法。从DNA浓度、完整性、纯度和多样性等方面进行了比较和评价,选出最佳DNA提取方法,并对最佳粪便用量和差速离心次数进行了优化。结果显示,先用差速离心法获得粪便中细菌,经化学法和酶法破碎细菌细胞后,用酚仿抽提法去除蛋白质获得核酸提取粪便基因组DNA的效果最佳,对该方法的参数优化实验表明,若要进行宏基因组测序,采用0.2 g粪便,差速离心1次;若采用16S rRNA-PCR方法检测肠道菌群的数量或者肠道菌群的多样性,用0.4 g粪便,差速离心2次;用0.3 g粪便差速离心1次提取的DNA中PCR抑制物最少。本研究通过粪便中肠道微生物DNA提取方法的优化,为后续肠道菌群分子检测工作提供了良好的基础资料。

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