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miR-203a-3p.1调控VCAN作为胃癌潜在治疗靶点的生物信息学研究

智鹏柯  石见  周博  杨言通  陈晔  
【摘要】:目的:采用生物信息学技术探索胃癌发生及进展的机制。方法:采用GEO2R分析数据集GSE54129中原发胃癌组织标本与正常胃黏膜组织标本的差异表达基因(DEGs),然后用DAVID对DEGs进行富集分析,STRING构建蛋白质相互作用(PPI)网络,Cytoscape可视化,MCODE和cytoHubba筛选关键基因,并在GEPIA数据库及胃癌组织标本中验证关键基因,之后用Target Scan预测调控靶基因的microRNAs。结果:共筛选出的630个DEGs(305个上调基因及325个下调基因),富集分析结果提示DEGs主要参与细胞外基质组织、蛋白质细胞外基质、肝素结合、化学致癌信号通路。进一步构建PPI蛋白质互作网络,利用Cytoscape软件进行可视化分析,最终确定3个关键差异表达基因。利用GEPIA数据库验证关键差异表达基因,结果证实VCAN基因在胃癌组织中高表达(P0.05),并与胃癌患者的不良预后有关。Target Scan数据库预测结果提示has-miR-203a-3p.1可与VCAN mRNA的3′UTR结合。结论:has-miR-203a-3p.1调控的VCAN基因是胃癌潜在治疗靶点。

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