真菌基因可变剪接可视化分析的新方法:ZOOM软件的应用扩展（英文）

【摘要】：可变剪接是引起蛋白多样性的主要机制之一,而转录组reads的重新定位是获取可变剪接位点的有效方法,适合在基因组较小的真菌中应用。ZOOM软件是一款可在window系统下运行的reads可视化定位软件,被广泛用于下一代基因组测序(NGS)的reads定位及单碱基多态性位点(SNP)的发掘。本文发现该软件分析可变剪接的新用途,并以禾谷镰刀菌Fusarium graminearum的4个基因为例详细描述该方法在真菌可变剪接位点识别中的应用,这些结果均获得RT-PCR的验证。

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2	李稚锋,王正志,张成岗;真核基因可变剪接研究现状与展望[J];生物信息学;2004年02期
3	彭正羽;张薇;陈献华;徐平;;神经胶质瘤中前体mRNA可变剪接研究进展[J];生物化学与生物物理进展;2007年10期
4	杭兴宜;邓明华;孙志贤;张成岗;;外显子芯片的数据分析和可变剪接预测的新算法[J];军事医学科学院院刊;2009年05期
5	章天骄;;可变剪接的生物信息数据分析综述[J];生物信息学;2012年01期
6	邢永强;张利绒;罗辽复;陈伟;;老鼠基因组盒式外显子和内含子保留型可变剪接位点预测[J];内蒙古大学学报(自然科学版);2009年05期
7	蒋琰;惠静毅;;染色质结构与mRNA可变剪接[J];生命的化学;2014年04期
8	程呈;龚秀峰;惠静毅;;哺乳动物细胞mRNA剪接调控的分子机制[J];生命科学;2010年07期
9	晋宏营;罗辽复;张利绒;;使用估计的反应自由能预测组成性和可变剪接位点[J];生物物理学报;2009年01期
10	金鹰;;选择性剪接的理论预测[J];激光生物学报;2008年02期
11	彭正羽;张薇;陈献华;徐平;;SRp38基因研究进展[J];细胞生物学杂志;2007年06期
12	刘舒云;李洁;陈留存;曹国军;李少华;赵强;丁红梅;高亚萍;刘农乐;王芳;杨光;邵宁生;;小鼠sidt2基因的可变剪接验证[J];军事医学科学院院刊;2008年05期
13	张晓宇;熊洁仪;梁洪雨;邵宁一;Philipp Khaitovich;杨洪一;;基于PCR技术的人脑基因可变剪接差异性研究[J];现代生物医学进展;2012年06期
14	罗艳;王瑛;;茄子SmU2AF~(65)基因的可变剪接[J];遗传;2008年11期
15	卓敏;屈良鹄;;snoRNA及其结构与功能研究新进展[J];自然科学进展;2007年07期
16	邱莫寒;俞宁;;RNA的可变剪接[J];畜牧与饲料科学;2010年05期
17	邢永强;张利绒;罗辽复;;人类基因组盒式外显子和内含子保留的可变剪接位点预测[J];生物物理学报;2008年05期
18	何涛;王端青;胡亚欧;张颖;邵卫东;汪莉;王玉民;;基于RNA-Seq数据识别果蝇剪接位点和可变剪接事件[J];中国科学:生命科学;2011年10期
19	瞿秀华;刘萱;李晓明;李平;马清钧;曹诚;;U2AF65蛋白表达水平影响基因UBQLN1的可变剪接[J];生物技术通讯;2010年04期
20	王小磊;赵东升;李稚锋;杭兴宜;骆志刚;张成岗;;人类和模式生物标准转录数据库Web服务系统“StdTransDb”的技术实现[J];生物信息学;2007年04期

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2	詹雷雷;RNA互斥可变剪接的进化和调控机制的研究[D];浙江大学;2011年
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