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柔性对接算法用于β-环糊精和胆汁酸的分子识别研究

蔡文生  姚雪霞  于艳敏  邵学广  潘忠孝  
【摘要】:为了研究β-环糊精与胆汁酸形成包结物的稳定性和分子识别机制,采用自行研制的柔性对接算法对β-环糊精和不同胆汁酸的分子识别进行了分子力学模拟,并和刚性对接方式进行了比较。结果表明:柔性对接优化得到的结构比相应的刚性对接得到的结构更合理;包结物的稳定性随着胆汁酸所含羟基数目的增加而降低;对于含有相同羟基数目的胆汁酸,羟基的位置及其取向对包结物的稳定性也存在影响;范德华能和去溶剂化能是影响包结物稳定性的主要因素。

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