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胃癌及其癌前病变相关新基因GP1的生物信息学分析

郑洁  王丽娜  于恩燕  吕世军  
【摘要】:目的利用生物信息学方法对新克隆的GP1基因和蛋白序列进行分析,推测其在胃癌发生、发展过程中的作用。方法以人类基因组数据库为基础,利用Megablast工具和SAGE数据库对GP1进行染色体定位和组织表达分布分析;应用BLAST进行GP1的基因结构分析和相似序列搜索;应用ORF finder对GP1编码的蛋白进行序列预测;应用ProParam、TMPRED等软件分析GP1编码蛋白质的理化性质、亚细胞定位及结构域等信息。结果 GP1基因全长1 362 bp,其最长开放读码框为801 bp,编码267个氨基酸,相似性搜索发现GP1基因片段与人AF083246基因片段具有很高的相似性(100%)。在GP1蛋白上有一个与真核起始因子5C(eIF5C)具有低度同源性的结构域。SAGE结果显示GP1在多种组织中都有表达。RT-PCR验证了基因的组织表达谱。结论生物信息学的分析表明GP1是一个胃癌相关基因,可能在胃癌的发生发展过程中起一定的作用。

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