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基于高通量测序技术的竹?鱼微卫星标记开发与评价

孔啸兰  李敏  陈作志  张俊  许友伟  江艳娥  
【摘要】:通过对竹?鱼(Trachurus japonicus)基因组进行RAD-seq高通量测序,共获得19 920条微卫星序列,其中2、3核苷酸重复微卫星序列最多(82.11%)。选取89条2、3核苷酸重复的微卫星序列设计引物,经筛选后,共获得27个具有多态性的微卫星标记。利用一个竹?鱼群体对通过筛选的微卫星标记的种群遗传学特征进行评价。结果显示,27对引物扩增的序列中21个位点为2核苷酸重复,重复次数10~13次,6个位点为3核苷酸重复,重复次数为7~9次,等位基因数为3~19(平均9.8),表观杂合度(H_o)为0.344~0.938(平均0.654),期望杂合度(H_e)为0.336~0.880(平均0.729),多态信息含量(PIC)为0.318~0.882(平均0.707),表明开发的微卫星位点具有较高的遗传多样性。"哈迪-温伯格"平衡(HWE)检测结果显示,25个标记等位基因频率符合HWE。连锁不平衡检测表明各位点间无连锁不平衡现象。研究开发的27个微卫星标记可为竹?鱼种群遗传学研究提供基础。

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