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基于SLAF-seq技术构建栽培草莓高密度遗传图谱

董辉  杨莉  李莉  张建军  范婧芳  宋世佳  杨雷  李海山  
【摘要】:为大量开发SNP用于构建栽培草莓高质量的遗传图谱,以国产草莓品种红星为母本,日本草莓品种红颜为父本构建F_1群体,采用SLAF-seq技术和HighMap软件,对2个亲本和200个F_1子代群体进行高通量测序、SNP标记的开发及高密度遗传图谱的构建。通过高通量测序,共获得565 919 066 reads,平均质量Q30为95.36%,平均GC含量为39.68%,样本GC分布正常。通过生物信息学分析,共获得717 881个SLAF标签,2 136 939个SNP标记,其中有56 237个SNP为高质量标记可用于遗传图谱标记的定位和构建。共构建了28个连锁群,总图距为4 022.16 cM,该图SNP标记14 412个,完整度为99.84%,标记间的平均距离为0.28 cM。通过对遗传图谱单体来源进行评估,结果表明每个个体中较大区段均来源于亲本;通过连锁关系热图对相邻标记间的连锁关系进行分析,结果表明,每个连锁群上的大部分标记顺序与基因组保持一致,标记顺序正确,图谱质量高。这是栽培草莓中首次采用SLAF-seq技术构建的高密度SNP遗传图谱,为栽培草莓的遗传研究和分子标记辅助育种奠定了基础。

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