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差异甲基化位点对肝细胞癌预后的相关性分析

张斯娜  郭小娟  陈钢  
【摘要】:目的通过TCGA和GEO数据库关于肝细胞癌病例的数据挖掘,扫描全基因组范围内的肝细胞癌预后相关的甲基化位点。方法本研究采用TCGA、GSE54503、GSE57956和GSE37988肝细胞癌病例的数据集分析共同的甲基化位点,比较肝细胞癌和癌旁组织甲基化水平差异,得出共同的差异甲基化位点。采用Cox比例风险模型分析各差异位点甲基化水平对肝细胞癌总生存率影响,评估其与对应基因mRNA表达的相关性,进一步评估mRNA表达对肝细胞癌预后的影响。结果肝细胞癌预后相关最显著的甲基化位点为位于基因TFCP2区域的cg20927059(P=0.003),对应的HR值及95%CI为10.53(2.26~49.03)。筛选的与肝细胞癌预后有关联性的15个甲基化位点中,13个甲基化位点的甲基化水平与对应基因的mRNA表达相关,其中cg13984181对应的EPHX4基因和cg14541950对应的HIST3H2BB基因的mRNA表达与肝细胞癌的预后有关(HR:1.17,95%CI:1.06~1.29,P=0.002;HR:1.06,95%CI:1.00~1.13,P=0.043)。结论本研究首次发现EPHX4和HIST3H2BB基因甲基化位点的甲基化水平对肝细胞癌的预后有影响。

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