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BCG感染牛肺泡巨噬细胞的转录组测序和分析

徐金瑞  吕翠萍  杨易  周彦兵  骆佳  王玉炯  
【摘要】:目的:通过卡介苗(BCG)感染牛肺泡巨噬细胞(BAM)的转录组测序及生物信息学分析,揭示差异表达的基因和长链非编码RNA (lncRNA),为巨噬细胞抗结核分枝杆菌感染的免疫调控机制研究提供理论依据。方法:采用肺脏灌洗离心法收集并培养BAM,分为感染组和未感染组,感染组经BCG感染后12h,利用转录组测序技术(RNA-Seq)检测感染组和未感染组BAM mRNA表达谱及lncRNA表达谱,并进行生物信息学相关分析。结果:与未感染组比较,感染组BAM差异表达的lncRNAs共有119个(P0.05),差异表达的mRNA共有1 111个(P0.05)。在差异表达基因的功能富集分析中,最显著富集项与免疫功能相关(GO:0006955,P0.05),共有125个基因,其中有63个基因表达上调,62个基因表达下调,且白细胞介素6(IL-6)、白细胞介素17 (IL-17)和白细胞介素23A (IL-23A)等促炎因子表达上调。lncRNA靶基因预测,差异表达的lncRNA参与转化生长因子β(TGF-β)信号通路及ABC转运体信号通路的调控(P0.05)。结论:BCG感染BAM后,激发宿主细胞产生强烈的免疫反应,引起lncRNA和mRNA表达谱的改变。

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