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《计算机工程与应用》 2012年14期
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基于支持向量机分类算法的番茄miRNA预测

孙超  孟军  栾雨时  
【摘要】:为了识别番茄基因组中潜在的miRNA,基于已发现的miRNA特征,利用支持向量机方法构建模型sly_pre_SVM和sly_SVM,用于番茄的前体miRNA序列和成熟miRNA序列的预测。对miRNA特征向量的编码、miRNA特征选择和参数的优化进行了研究。sly_pre_SVM对番茄测试集的分类精度、敏感性和特异性分别为99.69%、100%和99.66%,sly_SVM对番茄测试集的分类精度、敏感性和特异性分别为89.79%、88.89%和90%。预测得到41条番茄成熟miRNA序列,其中14条是尚未发现的,为进一步的miRNA生物学实验奠定了基础。

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