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《浙江农业学报》 2018年02期
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猪代尔塔冠状病毒荧光定量PCR检测方法的建立及其S基因分子特征分析

单颖  许伟成  施杏芬  刘子琦  陈聪  罗浩  刘亚杰  方维焕  李肖梁  
【摘要】:猪代尔塔冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCo V)是一个新发现的致病性猪肠道冠状病毒,目前在中国部分省份养殖场的腹泻病猪中已检测到,并已证实在中国流行。本研究旨在探明PDCo V在浙江省的流行现状和分子演化特征。结果显示,建立的PDCo V一步法Taq Man探针荧光定量检测方法特异,检测灵敏度可达3.94×10~2拷贝·μL~(-1),扩增效率为108%,R~2值为0.997,标准曲线方程为Y=-3.156X+1.826。2013年4月—2016年12月收集的258份仔猪临床腹泻样本中没有检测到,但在2017年1—4月检测阳性率达到50%(12/24)。获得的7个临床分离株的S基因与参考株相比,其核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.98%~100%和99.99%~100%;与最初在香港分离到的毒株和美国流行株相比,存在3个碱基缺失和一定数量的突变。以S蛋白进行分子演化分析,发现7株临床分离株均在代尔塔冠状病毒属进化分支上,且与中国分离到的其他PDCo V毒株在进化关系上较近,与美国、泰国等地分离到的PDCo V在进化关系上较远,提示PDCo V的流行株分布有一定的地域性。研究结果提供了浙江省地区PDCo V临床分离株的基因特性,为防控PDCo V引起的仔猪腹泻、加快流行株疫苗的开发提供了数据。

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