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《中华流行病学杂志》 2006年09期
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干血斑样本用于HIV-1基因序列测定和亚型分析的研究

张麒  潘品良  邓红  王临虹  蒋岩  
【摘要】:目的将干血斑样本用于HIV-1基因序列测定和亚型分析。方法采集20例静脉吸毒HIV-1感染者的EDTA抗凝静脉全血2 ml,80μl制备干血斑样本。QIAamp Blood Mini试剂盒,10%Chelex 100树脂分别提取全血和干血斑中细胞DNA。HIV-1 env基因Gp41区2对外侧和内侧引物,按照巢式PCR方法,扩增Gp41区,PCR产物用内侧正反向引物测序。MEGA 3.0等软件完成序列比对及亚型分析。结果18对符合要求的干血斑和全血样本进入研究。16对经序列分析归为中国流行的BC重组亚型,样本间的基因平均离散率为5.79%,与中国流行的BC重组亚型的基因离散率为4.91%,与C亚型代表序列基因离散率为8.89%,与其他几个国际亚型代表株的基因离散率在15%~20%之间。另2对样本分别归属于泰国B’亚型和欧美B亚型。结论干血斑样本与全血样本HIV-1 DNA PCR产物亚型分析一致,氨基酸序列比对同义和非同义替换比例、位置和类型基本一致,其易采集,便于运输,保存条件和生物危险性低,费用低廉的优点适合作为实验条件较差的偏远地区HIV-1分子流行病学研究的一种样本采集手段。
【作者单位】
【基金】:国家“十五”科技攻关计划课题(2004BA719A03)
【分类号】:R450

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【参考文献】
中国期刊全文数据库 前1条
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【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前1条
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【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前3条
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【相似文献】
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