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《中国水稻科学》 2004年03期
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基于生物信息学的水稻候选SNP发掘

杨仑  沈文飚  陈虹  姜洋  张琳  徐朗莱  
【摘要】:综述了现今广泛用于人类基因组计划的单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)发掘的生物信息学方法及相关研究进展。介绍了目前已经开展的围绕水稻品质、抗 (耐 )性等性状的SNP发掘工作。结合自身的研究 (包括HD Zip转录因子编码基因等 ) ,探讨了生物信息学方法用于水稻SNP发掘的可行性。最后阐述了SNP的开发对于水稻育种和功能基因组学研究的重要作用。

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【引证文献】
中国期刊全文数据库 前7条
1 吴慧光;许尚忠;孙少华;高雪;任红艳;;基于生物信息学的SNPs候选位点的筛查[J];中国畜牧兽医;2006年08期
2 朱腾义;范东东;赵婷;刘齐元;王建革;朱肖文;程元强;;烟草线粒体基因coxⅡ的SNP检测及其与CMS的相关性分析[J];核农学报;2010年04期
3 王绍宗;李莉;亓海刚;张国范;;长牡蛎(Crassostrea gigas)17个EST-SNP标记的开发[J];海洋与湖沼;2010年02期
4 周锦;刘义飞;黄宏文;;基于EST数据库进行SNP分子标记开发的研究进展及在猕猴桃属植物中的应用研究[J];热带亚热带植物学报;2011年02期
5 王少峡;陈丽媛;张竞秋;王振英;;利用生物信息学资源设计简并引物[J];天津师范大学学报(自然科学版);2006年02期
6 梁群;王琪;张秀清;汪建;;VersusSNP:一种单碱基突变的筛选及分类工具[J];生物信息学;2010年02期
7 潘存红;王子斌;马玉银;殷跃军;张亚芳;左示敏;陈宗祥;潘学彪;;InDel和SNP标记在水稻图位克隆中的应用[J];中国水稻科学;2007年05期
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 潘存红;水稻卷叶突变体的筛选和卷叶基因rl_(t)的精细定位[D];扬州大学;2007年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 杜海波;猪CDC16、EFNB2基因的多态性及其与部分经济性状相关性研究[D];湖南农业大学;2011年
2 邹洪锋;野生、半野生和栽培大豆的单核苷酸多态性[D];南昌大学;2005年
3 吴慧光;肉牛Calpain 1基因的SNPs筛查及其与肉质相关性分析[D];河北农业大学;2006年
4 高建;猪六个功能基因变异的分析及其对繁殖性状的影响[D];华中农业大学;2007年
5 夏令;水稻半矮秆突变体sd-sl和矮秆突变体d-ss的遗传与定位分析[D];厦门大学;2007年
6 张泗举;玉米大斑病菌交配型基因片段的克隆与分析[D];河北农业大学;2008年
7 王萱;玉米直链淀粉扩充基因ae SNP位点查找及ae基因对有关性状的影响分析[D];甘肃农业大学;2008年
8 袁峥嵘;DGAT1基因SNPs筛选及其与猪部分经济性状关联性研究[D];湖南农业大学;2008年
9 王绍宗;长牡蛎SNP标记的开发及多态性检测[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2009年
10 尚世界;小麦抗病基因类似序列(RGA)标记开发及其利用[D];中国农业科学院;2009年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 蒋岸岸,李学伟;猪FSHβ亚基基因的研究进展[J];安徽农业科学;2005年05期
2 张冬杰;沙伟;杨国伟;刘娣;;催乳素受体基因(PRLR)与产仔数关系的研究[J];安徽农业科学;2005年12期
3 徐振彪;宋林霞;;基因芯片技术与现代农业[J];安徽农业科学;2006年19期
4 段永波;赵丰兰;赵德刚;;转ipt基因水稻种子萌发及苗期耐冷生理研究[J];安徽农业科学;2007年06期
5 张文慧;郭华;王伟利;刘明;钱爱东;;禽流感病毒H5亚型及H7亚型基因的引物设计与多重RT-PCR扩增[J];安徽农业科学;2008年16期
6 马志虎,颜素芳,罗秀龙,郝华忠;辣椒黄绿苗突变体对良种繁育及纯度鉴定作用[J];北方园艺;2001年03期
7 黄锡志,寿森炎,廖乾生;转基因番茄研究进展[J];北方园艺;2001年03期
8 郭景伦,赵久然,尉德铭,郭强,王斌,张超良,金德敏,李荣旗,张开春;玉米单粒种子DNA提取新方法[J];北京农业科学;1997年02期
9 龚勋;蔡海亚;刘少佳;章志宏;;水稻芽期耐冷性主效QTLqSCT-11的分子标记定位[J];毕节学院学报;2008年04期
10 石鸥燕;杨文万;;生物信息数据库及其利用[J];包头医学院学报;2006年03期
中国博士学位论文全文数据库 前3条
1 张淑君;猪产仔数分子标记及其效应的研究[D];四川农业大学;2001年
2 高丽锋;表达序列标签(ESTs)中开发的SSRs和SNPs标记及其应用[D];中国农业科学院;2003年
3 马海明;猪4个新基因的分离、物理定位及MyoG基因SNP研究[D];湖南农业大学;2005年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 安鑫龙;玉米大斑病菌生理小种的鉴定和有性态的诱导[D];河北农业大学;2001年
2 桂秀梅;玉米大斑病菌遗传多态性与有性态诱导[D];河北农业大学;2002年
3 刘志伟;ESR、FSHβ基因对母猪多产性影响的研究[D];湖南农业大学;2003年
4 彭淑红;金华猪六个基因的多态性及其效应的研究[D];浙江大学;2003年
5 侯振平;猪骨形成蛋白15基因编码区序列的克隆、测序及多态性研究[D];华中农业大学;2003年
6 侯晓强;玉米大斑病菌(Setosphaeria turcica)有性杂交后代的生理分化和遗传多态性[D];河北农业大学;2004年
7 徐华;中国荷斯坦奶牛催乳素基因和微卫星DNA多态性与产奶性能的相关分析[D];河北农业大学;2004年
8 李长龙;猪ADD1基因的克隆及其与肉质性状关系的研究[D];东北农业大学;2004年
9 程丰;猪CAST基因多态性与肉质性状相关性的研究[D];西北农林科技大学;2004年
10 孙淑琴;玉米大斑病菌F_2代菌株的寄生适合度变异与遗传多态性[D];河北农业大学;2005年
【二级引证文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 陈宏;张春雷;;中国肉牛分子育种研究进展[J];中国牛业科学;2008年04期
2 程春明;杨存义;马启彬;年海;;华南野生大豆GmPAP1基因多样性分析[J];大豆科学;2010年06期
3 方立魁;桑贤春;何光华;;水稻分蘖角度遗传机理的研究进展[J];分子植物育种;2008年05期
4 程朝平;刘成德;杨德卫;卢礼斌;叶宁;郑向华;叶新福;;分子标记辅助选择籼型直立恢复系[J];分子植物育种;2011年05期
5 王淑新;连林生;;单核苷酸多态性作为新一代分子标记的优越性[J];中国畜牧兽医;2008年04期
6 于旭蓉;仇雪梅;常亚青;王秀利;刘洋;;长牡蛎钙调蛋白基因克隆及多态性分析[J];南方农业学报;2012年06期
7 李玲;包振民;李纪勤;王师;张玲玲;陆维;胡晓丽;;栉孔扇贝转录组来源单核苷酸多态性位点的多态性分析[J];水产科学;2012年12期
8 孙清明;李永忠;向旭;陈道明;杨晓燕;方静;吴绪波;周东辉;马帅鹏;马文朝;;利用SNP和EST-SSR分子标记鉴定荔枝新种质御金球[J];分子植物育种;2013年03期
9 吴智明;程蛟文;唐鑫;崔俊杰;胡开林;;辣椒线粒体基因转录本编辑位点研究[J];核农学报;2012年01期
10 周玮;刘齐元;朱腾义;范东东;朱肖文;程元强;;雄性不育烟草atp6基因育性相关生物信息学分析[J];核农学报;2012年01期
中国重要会议论文全文数据库 前1条
1 周素娟;张铁军;何纳;;HCV的C/E1区PCR扩增方法的改进[A];华东地区第十次流行病学学术会议暨华东地区流行病学学术会议20周年庆典论文集[C];2010年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 杨慧;云南糯稻遗传多样性研究[D];云南农业大学;2011年
2 王丽鸳;基于EST数据库和转录组测序的茶树DNA分子标记开发与应用研究[D];中国农业科学院;2011年
3 张圣平;黄瓜果实苦味基因遗传分析及精细定位[D];中国农业科学院;2011年
4 邓桂馨;牛溶酶体组织蛋白酶家族及其抑制基因的克隆、表达及遗传效应分析[D];中国农业科学院;2011年
5 翟焕趁;稻瘟病菌菌株FJ81278无毒基因Avr-Pid2的定位及深度测序分析[D];福建农林大学;2011年
6 朱华玉;利用棉纤维发育相关基因研究不同棉种的起源与进化[D];南京农业大学;2010年
7 程浩;大豆异黄酮合酶,黄烷酮3-羟化酶基因SNPs与种子异黄酮含量及抗逆性的关联分析[D];南京农业大学;2008年
8 张丽;黄牛NPY和HCRTR1基因的克隆表达及其遗传多样性研究[D];西北农林科技大学;2007年
9 李强;猪TLR7和MyD88基因克隆,组织表达谱分析及MyD88酵母表达的研究[D];四川农业大学;2008年
10 赵华;甘蓝型油菜硼高效近等基因系的构建及硼高效基因BnBE2的定位[D];华中农业大学;2008年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 黄志城;旱稻极窄叶突变体和长穗颈隐性高秆突变体的遗传分析和基因定位[D];华中农业大学;2010年
2 吴孝杰;牦牛钙激活蛋白酶(CAPN1)基因多态性与肉质性状的相关性研究[D];甘肃农业大学;2010年
3 杨旺兴;水稻籼粳交种质遗传多样性分类及其杂种优势利用分析研究[D];福建农林大学;2010年
4 邹声浩;分子标记辅助改良03S的稻瘟病和褐飞虱抗性[D];福建师范大学;2010年
5 张猛;西门塔尔牛部分经济性状全基因组选择的初步研究[D];中国农业科学院;2011年
6 王艳;白菜参考遗传图谱的构建[D];中国农业科学院;2011年
7 沈年伟;水稻半卷叶突变体的遗传分析与基因定位[D];中国农业科学院;2011年
8 张鹏;鲢InDel-RFLP标记开发及其在遗传多样性分析、连锁图谱构建中的应用[D];中国海洋大学;2011年
9 莫莎;家畜布鲁氏菌病流行病学调查及布鲁氏菌单核苷酸多态性分子分型研究[D];南京农业大学;2011年
10 杨鹏;荞麦种质CHS基因遗传多样性研究[D];山西大学;2011年
【相似文献】
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1 符稳群;林莹;黄惠玲;张云珊;池华;杨晓琦;张敏敏;张振华;;水稻组蛋白脱乙酰化酶HD2 HDACs蛋白质的生物信息学分析[J];漳州师范学院学报(自然科学版);2009年04期
2 黄耀江;李雪;董明盛;刘越;;人类基因组中单核苷酸多态性的检测技术[J];生物学通报;2007年06期
3 吴慧光;许尚忠;孙少华;高雪;任红艳;;基于生物信息学的SNPs候选位点的筛查[J];中国畜牧兽医;2006年08期
4 谢民主;王建新;陈建二;;单体型组装问题MEC/GI模型的参数化算法[J];高技术通讯;2008年04期
5 郑国清,高亮之;农业生物信息学[J];计算机与农业;2002年09期
6 朱永生,张端品;生物信息学及其在水稻研究中的应用[J];中国水稻科学;2002年03期
7 陈炜,张戈,张思仲;基于生物信息学的SNP候选位点搜寻方法[J];遗传;2001年02期
8 向昌盛;周建军;;我国生物信息学的现状与展望[J];科技咨询导报;2007年03期
9 宋杰;;仿生计算的生物信息学应用及思考[J];科技信息;2009年27期
10 吴旻;发展基因组学和生物信息学刻不容缓[J];中国科技月报;1999年12期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 李媛;崔尚金;李建伟;于康震;;分子生态学与生物信息学[A];中国畜牧兽医学会禽病学分会第十一次学术研讨会论文集[C];2002年
2 陆文聪;钮冰;;基于数据挖掘的生物信息学研究进展[A];中国化学会第27届学术年会第15分会场摘要集[C];2010年
3 陈婷婷;郭婷婷;李林;安冬;;基于生物信息学的功能蛋白基因序列分类研究[A];2011年全国通信安全学术会议论文集[C];2011年
4 卢学春;杨波;朱宏丽;姚善谦;;采用生物信息学方法优化依硫磷酸联合方案治疗MDS的应用研究[A];中国科协海峡两岸学术研讨会——2008血液肿瘤论坛会议会编[C];2008年
5 阮林;何颖;邹泽红;傅意玲;陈惠芳;陶爱林;;外源蛋白过敏原性生物信息学评价[A];中华医学会2010年全国变态反应学术会议暨中欧变态反应高峰论坛参会指南/论文汇编[C];2010年
6 冯文龙;赵清杰;;基于遗传算法的DNA多序列比对问题[A];2007年中国智能自动化会议论文集[C];2007年
7 康晓东;;生物信息学及其研究对象[A];2003年全国医学影像技术学术会议论文汇编[C];2003年
8 王智宇;童强松;曾甫清;刘媛;顾朝辉;郑丽端;蔡嘉斌;蒋国松;;小鼠睾丸特异性基因TSEG-4的克隆及表达分析[A];第十五届全国泌尿外科学术会议论文集[C];2008年
9 朱云平;刘湘军;魏丽萍;李亦学;;肝脏蛋白质组的生物信息学研究[A];中国蛋白质组学第三届学术大会论文摘要[C];2005年
10 孙琳琳;蒋继志;;生物信息学及其在作物抗性基因研究中的应用[A];中国植物病理学会2006年学术年会论文集[C];2006年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 本报记者 李恩青;生物信息学:促动BT与IT双赢[N];中国高新技术产业导报;2001年
2 刘义;生物信息学产业浮出水面[N];中国高新技术产业导报;2000年
3 英潮;生物信息学演绎“变脸”[N];中药报;2002年
4 中科院院士 强伯勤;生物信息学蕴有巨大效益[N];光明日报;2002年
5 白毅;加强生物信息学建设推动人类基因组研究[N];中国医药报;2002年
6 周颖;李梢:生物信息学为证候研究提供新视角[N];中国中医药报;2006年
7 中国科学院院士 张春霆 郝柏林;生物信息学孕育大产业[N];经济日报;2000年
8 刘丽丽;高性能计算为生物信息学加速[N];计算机世界;2007年
9 严飞;生物信息学 新世纪的新科学[N];大众科技报;2002年
10 张亚东;“交点”上的舞蹈[N];计算机世界;2002年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 李艳芸;HLA-DRB1基因编码区SNPs的分析及其与宫颈癌的相关性研究[D];天津医科大学;2006年
2 彭彦辉;膜通道蛋白与植物对渗透胁迫的响应[D];中国科学院研究生院(上海生命科学研究院);2005年
3 张敏;生物信息学中多序列比对等算法的研究[D];大连理工大学;2005年
4 曾智勇;猪呼肠孤病毒SC-A株的分离鉴定及全基因组cDNA文库的构建和分子遗传特征分析[D];四川农业大学;2006年
5 肖庆;硬粒小麦硒蛋白的生物信息学研究[D];华中科技大学;2008年
6 郎有忠;水稻高产株型有关重要性状的产量生理研究[D];扬州大学;2004年
7 祁碧菽;水稻Ca~(2+)/H~+反向转运体OsCAX3的功能、表达特性及调控序列研究[D];中国农业大学;2005年
8 刘洪家;水稻不定根发生基因ARL1的克隆与功能分析[D];浙江大学;2005年
9 程玉祥;水稻NADP-苹果酸酶与逆境关系的研究[D];东北林业大学;2005年
10 姚凤梅;气候变化对我国粮食产量的影响评价[D];中国科学院研究生院(大气物理研究所);2005年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 黄志华;水稻基因组中的假基因研究[D];浙江大学;2005年
2 亓涛;IL-18基因单核苷酸多态性生物信息学研究与临床评价[D];南方医科大学;2007年
3 王华;类风湿关节炎患者HLA-Ⅱ类基因SNP的初步研究[D];江苏大学;2009年
4 金健鹏;水稻全基因多态数据库的建立及其辅助系统的设计[D];上海师范大学;2005年
5 赵玄之;超级杂交稻母本株1S CHLH cDNA的生物信息学分析与克隆[D];湖南农业大学;2008年
6 陈红旗;分子标记辅助聚合3个稻瘟病抗性基因[D];扬州大学;2005年
7 詹超;支持向量机在基因表达数据分类中的研究[D];武汉理工大学;2006年
8 郭俊恩;蚁群遗传算法在序列比对中的应用[D];江南大学;2008年
9 潘志宏;植物化感作用代谢途径模拟预测系统的构建与应用[D];福建农林大学;2009年
10 郭洪峰;特异上调HO-1基因表达的人工转录因子构建[D];第三军医大学;2009年
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