收藏本站
《中草药》 2017年01期
收藏 | 投稿 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

黄芪miRNA的预测及其干旱表达模式分析

韦春香  肖自华  黄曦  李华云  高飞  周宜君  
【摘要】:目的利用生物信息学手段预测黄芪Astragalus membranaceus的miRNA及其靶基因,应用定量PCR分析其干旱胁迫表达模式,为黄芪miRNA研究奠定基础。方法下载公共核酸数据库中的黄芪高通量测序序列,使用Trinity软件拼接获得转录本数据。利用生物信息学预测方法进行黄芪miRNA及其靶基因的预测,并对靶基因进行功能分类分析。利用茎环引物荧光定量PCR方法验证miRNA的存在,并分析miRNA在干旱胁迫下的表达模式。结果序列拼接获得88 263条黄芪转录组数据。使用这些数据预测到分属于17个家族的17个miRNA序列以及相应的茎环结构前体。这些miRNA靶向的145个基因主要参与基因转录调控、物质代谢、信号转导、胁迫应答和蛋白翻译后修饰等生物学过程。随机选取8个miRNA进行茎环引物荧光定量PCR验证,其干旱逆境表达模式分析表明miR2118和miR166可能参与了黄芪的干旱胁迫应答。结论预测的黄芪miRNA、靶基因以及干旱应答miRNA,为理解miRNA在黄芪中的生物学功能提供了重要数据。

手机知网App
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前8条
1 李华云;王宁;韦春香;张彤;付晨熙;高飞;周宜君;;甘草microRNA及其靶基因的生物信息学预测[J];中草药;2016年14期
2 梁建萍;贾小云;刘亚令;吴云;周然;冯前进;;干旱胁迫对蒙古黄芪生长及根部次生代谢物含量的影响[J];生态学报;2016年14期
3 曾奇峰;曾光尧;周应军;;MicroRNA与药用植物[J];中国生物化学与分子生物学报;2015年04期
4 Wang Zhi-hao;Jin Hui-hui;Chen Qing-shan;Zhu Rong-sheng;;Evolution Analysis About Soybean MIR166 Family[J];Journal of Northeast Agricultural University(English Edition);2015年01期
5 艾佳;李永光;王涛;宋北光;杨德光;李文滨;;植物逆境microRNA的研究进展[J];基因组学与应用生物学;2014年05期
6 易炳学;余书琦;张金莲;李志强;龚千锋;;黄芪的研究概况[J];江西中医药大学学报;2014年02期
7 罗书芳;崔浪军;王健;屈生宪;;干旱胁迫下15种丹参miRNAs差异表达分析[J];广东农业科学;2013年05期
8 周芳名;白志川;卢善发;;药用植物microRNA[J];中草药;2013年02期
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 李云鹏;;香砂八珍汤联合谷氨酰胺肠内营养对老年食管癌患者放疗后营养状态及免疫功能的影响[J];现代中西医结合杂志;2017年03期
2 韦春香;肖自华;黄曦;李华云;高飞;周宜君;;黄芪miRNA的预测及其干旱表达模式分析[J];中草药;2017年01期
3 姚裕群;王定坤;李良波;黄荣韶;蓝芳;;山豆根甲醇提取物对三七重要病原真菌的抑菌研究[J];基因组学与应用生物学;2016年09期
4 张金莲;谢日健;刘艳菊;刘明贵;龚千锋;罗文华;范晖;;星点设计-效应面法优选蜜糠炙黄芪的炮制工艺[J];中国实验方剂学杂志;2016年19期
5 李华云;王宁;韦春香;张彤;付晨熙;高飞;周宜君;;甘草microRNA及其靶基因的生物信息学预测[J];中草药;2016年14期
6 张宇鹏;翟红;吴红艳;夏正俊;;大豆microRNA研究进展[J];土壤与作物;2016年01期
7 李绥邦;许延林;;香砂八珍汤联合肠内营养对消化道肿瘤术后患者免疫功能的影响[J];中国实验方剂学杂志;2015年24期
8 陈军;高贵珍;赵亮;徐礼生;张兴桃;薛文;;干旱胁迫下壳聚糖浸种对小麦萌发期保护酶活性的影响[J];基因组学与应用生物学;2015年10期
9 陈洁;金晓玲;宁阳;曾雯;李瑞雪;曹基武;;低温胁迫下3种含笑对外源ABA及SA的生理响应[J];广东农业科学;2015年20期
10 王翔宇;程荣;范海延;于洋;孟丹娜;;植物microRNAs与逆境应答研究进展[J];植物生理学报;2015年10期
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 曾奇峰;曾光尧;周应军;;MicroRNA与药用植物[J];中国生物化学与分子生物学报;2015年04期
2 李崇奇;沈文涛;言普;黎小瑛;周鹏;;巨桉miRNA及其靶基因生物信息学预测[J];南方农业学报;2014年09期
3 夏薇;李静;周丽霞;杨耀东;肖勇;马子龙;;椰子保守microRNA预测和特征分析[J];广东农业科学;2014年14期
4 司灿;张君毅;徐护朝;;药用植物在干旱胁迫下生长代谢变化规律及应答机制的研究进展[J];中国中药杂志;2014年13期
5 赵春丽;李先恩;都晓伟;孙鹏;;地黄microRNAs和靶基因的生物信息学预测及验证[J];中草药;2014年08期
6 Sujay Paul;Anirban Kundu;Amita Pal;;Identification and expression profiling of Vigna mungo microRNAs from leaf small RNA transcriptome by deep sequencing[J];Journal of Integrative Plant Biology;2014年01期
7 刘洋洋;刘春生;曾斌芳;范冰舵;李朋收;徐暾海;刘铜华;;甘草种质资源研究进展[J];中草药;2013年24期
8 刘海丽;丁艳菲;潘家荣;江琼;王光钺;朱诚;;microRNA在植物生长发育中的作用[J];核农学报;2013年07期
9 Gang Wu;;Plant MicroRNAs and Development[J];Journal of Genetics and Genomics;2013年05期
10 Danfeng Jin;Yue Wang;Yuhua Zhao;Ming Chen;;MicroRNAs and Their Cross-Talks in Plant Development[J];遗传学报;2013年04期
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 陈成;生物信息学的现状与未来[J];生物技术通报;2000年02期
2 庞洪泉 ,樊龙江;有关生物信息学的几点误解[J];生物技术通报;2002年02期
3 ;《生物信息学导论》出版[J];遗传学报;2005年01期
4 刁雪涛;张小芳;宋洁;金梅;;生物信息学研究进展[J];安徽农学通报;2008年22期
5 M.泽瓦勒贝;JO.鲍姆;;理解生物信息学[J];新疆农业科学;2012年02期
6 施季森,何祯祥;21世纪的生物信息学述评[J];南京林业大学学报(自然科学版);2001年02期
7 郑国清,张瑞玲,段韶芬,徐丽敏;生物信息学的形成与发展[J];河南农业科学;2002年11期
8 郑国清,段韶芬,徐丽敏;生物信息学研究领域概述[J];河南农业科学;2002年12期
9 郑国清,黄静,段韶芬,徐丽敏;生物信息学研究进展与展望[J];河南农业科学;2003年01期
10 郑珂晖;生物信息学的背景、现状及前景[J];农业网络信息;2005年02期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 唐一源;沈钧贤;徐志敏;;生物信息学与神经信息学数据库的整合[A];第九次全国生物物理大会学术会议论文摘要集[C];2002年
2 高亚梅;韩毅强;余丽芸;;生物信息学本科教学研究初探[A];高教科研2006(中册:教学改革)[C];2006年
3 杨剑;;生物信息学在新发再发传染病研究中的应用[A];新发和再发传染病防治热点研讨会论文集[C];2011年
4 潘洁;;生物信息学对中药现代化的作用[A];2006第六届中国药学会学术年会论文集[C];2006年
5 葛剑徽;李成;谢迅雷;;生物信息学发展现状与前景展望[A];2008年中华临床医学工程及数字医学大会暨中华医学会医学工程学分会第九次学术年会论文集[C];2008年
6 刘湘军;;生物信息学的研究现状[A];第九次全国生物物理大会学术会议论文摘要集[C];2002年
7 孙金立;李路路;王栋;;生物信息学多媒体教学系统结构框架[A];图书馆改革与发展——陕西省社会科学信息学会第六次学术讨论会论文集[C];2003年
8 陆文聪;钮冰;;基于数据挖掘的生物信息学研究进展[A];中国化学会第27届学术年会第15分会场摘要集[C];2010年
9 康晓东;;生物信息学及其研究对象[A];2003年全国医学影像技术学术会议论文汇编[C];2003年
10 吕晖;;生物信息学与个体化医学[A];第九届全国遗传病诊断与产前诊断学术交流会暨产前诊断和医学遗传学新技术研讨会论文集[C];2014年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 刘义;生物信息学产业浮出水面[N];中国高新技术产业导报;2000年
2 张雅丽;加强交流 立足中国生物信息学最新进展[N];科技日报;2000年
3 本报记者 白毅;生物信息学院士谈[N];中国医药报;2002年
4 刘丽丽;高性能计算为生物信息学加速[N];计算机世界;2007年
5 中科院生物学部 张春霆;对生物信息学的展望[N];北京科技报;2000年
6 魏中文;生物信息学是开启后基因组时代的“金钥匙”[N];北京科技报;2002年
7 记者 王雪飞;我国科学家向政府建议——加强生物信息学学科建设[N];健康报;2000年
8 白毅;加强生物信息学建设推动人类基因组研究[N];中国医药报;2002年
9 王雪飞 吴黎;中国生物信息学研究快速发展[N];健康报;2002年
10 春晓;国外生物信息学的发展与现状[N];中国医药报;2002年
中国博士学位论文全文数据库 前6条
1 杨帅;面向组学大数据的生物信息学研究[D];中国人民解放军军事医学科学院;2016年
2 乔立安;基于网格的生物信息学计算流程系统的研究[D];清华大学;2005年
3 赖煦卉;基于生物信息学的抗结核药物靶点的筛选与验证[D];复旦大学;2008年
4 张成岗;基于本地和WEB的生物信息学综合分析体系的建立及部分新基因的初步实验研究[D];中国人民解放军军事医学科学院;2000年
5 朱英杰;药用植物基因资源的生物信息学研究[D];北京协和医学院;2014年
6 王娴;蛋白残基可溶性预测及基因表达数据分析方法研究[D];中国科学技术大学;2007年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 李中辉;Ⅱ型糖尿病相关基因的生物信息学研究[D];南方医科大学;2015年
2 张书欣;生物信息学若干问题研究报告[D];吉林大学;2012年
3 刘维;生物信息学中的并行处理[D];扬州大学;2007年
4 张景祥;关于生物信息学的几个问题[D];江南大学;2008年
5 雷国庆;面向生物信息学结构预测领域的算法加速器设计[D];国防科学技术大学;2010年
6 刘丙强;生物信息学中的若干组合问题[D];山东大学;2006年
7 周萍;生物信息学多序列比对及种系生成树的几种技术和算法研究[D];电子科技大学;2007年
8 汤思捷;蛋白质可溶性预测的生物信息学模型及应用[D];苏州大学;2014年
9 黄金;聚类和分类技术在生物信息学中的应用[D];黑龙江大学;2005年
10 朱贤芳;生物序列的比对算法比较研究[D];南京理工大学;2005年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026