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《原子与分子物理学报》 2007年02期
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分子模拟在生物化学中的应用实例

王春芳  王靖方  栗琳  魏冬青  
【摘要】:分子模拟是一种描述和模拟分子和分子体系运动状态和性质的方法.随着电子计算机技术的飞速发展,分子模拟进入了一个前所未有的新时代.在此之前,人们只能通过机械模型和纸笔计算进行简单的分子模拟,现在通过利用电子计算机人们可以做更为复杂、更为全面的分子模拟.本文通过两个实例来简单阐述了分子模拟在生物化学中的应用.一则是通过模拟膦酰基氧化腈和丙乙腈的1,3偶极环加成反应过程,用密度泛函理论方法在B3LYP/6-31G(d,p)水平上解释了得到2∶1的加成产物的现象,来解释1,3偶极环加成反应得到2:1加成产物的现象.一则是通过结构生物信息学的方法建立H5N1高致病性禽流感病毒蛋白的三维结构,模拟其与一些药物分子的相互作用,研究H5N1的活性中心.

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【引证文献】
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1 黄金保;刘朝;江德正;;分子动力学模拟在聚合物热解中的应用[J];功能高分子学报;2009年01期
2 颜清;彭小平;;基于蒙特卡罗最小二乘的实验数据拟合方法[J];计算机与应用化学;2011年11期
3 冯婷婷;潘海波;沈水发;;金红石相Fe~(3+)/TiO_2结构与磁特性分子动力学模拟[J];原子与分子物理学报;2008年06期
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1 黄金保;纤维素快速热解机理的分子模拟研究[D];重庆大学;2010年
中国硕士学位论文全文数据库 前4条
1 吴国权;氯甲烷回收过程的建模与分析[D];浙江工业大学;2010年
2 刘华;受限于碳纳米管中流体分子的结构和扩散的分子动力学模拟研究[D];中北大学;2012年
3 江龙;高性能热塑性复合材料组成结构与界面的分子模拟[D];哈尔滨工业大学;2007年
4 邢瑞;人参根总皂苷的酸降解工艺及新人参二醇的糖苷化研究[D];吉林大学;2009年
【参考文献】
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【共引文献】
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1 夏冬辉;尚永辉;李华;;分子对接研究β-受体阻滞剂及其类似物毛细管电泳手性识别机理[J];分析化学;2011年03期
2 王嵩;赵熹;郑清川;黄旭日;孙家锺;;Exendin-4中13号残基的分子动力学模拟[J];高等学校化学学报;2009年08期
3 李荣;王晓栋;杨旭曙;;简析分子对接模拟中雌激素受体的柔性[J];环境化学;2011年03期
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9 李亮助,孙强明;生物信息学在药物设计中的应用[J];生命的化学;2003年05期
10 傅兵;郭红;;一种采用自适应免疫遗传算法的分子对接构象搜索方法[J];信息系统工程;2011年10期
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1 刘敏;曾涛;徐开阔;包小源;孙华志;刘燕茹;;一种基于免疫遗传算法的分子对接构象搜索策略[A];第26届中国数据库学术会议论文集(B辑)[C];2009年
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1 刘雅琴;整合素抑制剂RGD环肽的合成、筛选及其生物活性研究[D];浙江大学;2009年
2 谢晓芸;几种典型内分泌干扰物与人血清白蛋白相互作用的研究[D];兰州大学;2011年
3 姚向阳;牛蒡子苷元抗肿瘤的分子机制研究[D];南京师范大学;2011年
4 李锦莲;有机配体靶向DNA G-四链体的分子模拟研究[D];延边大学;2011年
5 吕永琴;新型功能化整体柱的制备、应用和分离识别机理的研究[D];北京化工大学;2010年
6 李帅;几种蛋白质分子功能的理论研究[D];吉林大学;2011年
7 李纯莲;药物设计中分子对接优化设计的算法和软件研究[D];大连理工大学;2004年
8 郭权;网格相关技术及其在药物网格中的应用研究[D];大连理工大学;2005年
9 孔德信;计算机辅助药物设计方法对HMGR、ThyX、MurF和抗氧化剂四体系的研究[D];中国海洋大学;2005年
10 郑清川;蛋白质结构及分子对接的理论研究[D];吉林大学;2006年
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1 王超楠;计算机辅助流感病毒药物神经氨酸酶抑制剂的筛选与设计[D];河南师范大学;2010年
2 牛瑞娟;P450酶系中两类重要蛋白的理论研究[D];吉林大学;2011年
3 陈仕高;基于stitch数据库的老年痴呆药物虚拟筛选[D];上海交通大学;2012年
4 宋伟;蛋白质与底物小分子的相互作用、结构预测与结合自由能计算[D];北京工业大学;2002年
5 罗海波;肿瘤坏死因子α表位结合肽与模拟肽的研究[D];第一军医大学;2002年
6 冯琛;β-琼胶酶A和B的结构生物信息学研究及氨基酸突变实验[D];中国海洋大学;2004年
7 李正夫;药物设计的网格平台搭建[D];大连理工大学;2006年
8 郭辉;两种酶抑制剂的计算机辅助分子设计研究[D];浙江大学;2006年
9 张俊钦;亚洲玉米螟几丁质酶3D模建及其抑制剂的虚拟筛选[D];大连理工大学;2006年
10 茅冬华;抗禽流感药物的计算机辅助设计研究[D];同济大学;2007年
【同被引文献】
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1 林有希,高诚辉;PEEK的改性及应用[J];工程塑料应用;2005年09期
2 陶瑞松;;老年痴呆症(AD)发病的Aβ假说及相关药物研究进展[J];安徽教育学院学报;2007年03期
3 程锦荣;丁振锋;汪志;王晓;方兴;;求解线性和非线性方程组的一种通用算法[J];安徽大学学报(自然科学版);2008年02期
4 桂双英,周亚球;比色法测定人参中人参总皂苷的含量[J];安徽中医学院学报;2003年04期
5 迟姚玲;丁福臣;易玉峰;冀德坤;王虹;;生物质能的开发利用[J];北京石油化工学院学报;2008年02期
6 关铭,徐景达;吉林人参根的化学成分研究——人参皂甙分离与鉴定[J];白求恩医科大学学报;1982年05期
7 吴广宣,王春荣,卫永第,马兴元,徐景达;西洋参皂甙的高效液相色谱分析[J];白求恩医科大学学报;1989年03期
8 张振华,彭景翠,陈小华;碳纳米管弹性模量的研究[J];稀有金属材料与工程;2004年12期
9 蹇锡高,张守海,朱秀玲,陈连周;杂环聚芳醚砜、聚芳醚酮及其共聚物合成与性能研究[J];大连理工大学学报;2001年05期
10 赵立亚,鱼红闪,金凤燮;酶法生产稀有人参皂甙及其产物成分的分析[J];大连轻工业学院学报;2002年02期
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1 廖艳芬;纤维素热裂解机理试验研究[D];浙江大学;2003年
2 谭洪;生物质热裂解机理试验研究[D];浙江大学;2005年
3 赵海涛;钌原子簇和部分有机化学反应的量子化学研究[D];天津大学;2004年
4 殷开梁;分子动力学模拟的若干基础应用和理论[D];浙江大学;2006年
5 邵之江;连续工业过程的在线优化[D];浙江大学;1997年
6 王宝俊;煤结构与反应性的量子化学研究[D];太原理工大学;2006年
7 石威;不同生长期人参中化学成分及农药残留的研究[D];吉林大学;2007年
8 刘清芝;反渗透膜及水溶液内扩散过程的分子模拟研究[D];中国海洋大学;2007年
9 董秀丽;蛋白质与羟基磷灰石表面的相互作用机理研究[D];浙江大学;2008年
10 丁冰晶;短链烃类在离子交换ZSM-5分子筛上催化转化反应的量子化学研究[D];北京化工大学;2008年
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1 王铁柱;生物质焦油催化裂解试验研究[D];浙江大学;2003年
2 黎军;载铜活性炭络合吸附一氧化碳的分子模拟研究[D];南京工业大学;2004年
【二级引证文献】
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1 庄昌清;岳红;张慧军;;分子模拟方法及模拟软件Materials Studio在高分子材料中的应用[J];塑料;2010年04期
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1 张汉力;蜜胺树脂的增韧改性及热解动力学研究[D];郑州大学;2011年
2 李豪杰;生物质热解机理研究[D];重庆大学;2011年
3 刘华;受限于碳纳米管中流体分子的结构和扩散的分子动力学模拟研究[D];中北大学;2012年
4 张钧惠;不同温度和压力下液体粘度的分子动力学模拟[D];燕山大学;2010年
5 李艳艳;人参皂苷的结构修饰及其体外抗肿瘤活性的研究[D];吉林大学;2012年
6 赵向国;人参、黄芪炮制前后化学成分及活性研究[D];长春中医药大学;2012年
【二级参考文献】
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1 张经浩,余述清,肖家儒;人体免疫缺损病毒(HIV)的形态、症状及预防[J];安徽教育学院学报;2001年06期
【相似文献】
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1 王洪海,乔雯;细胞因子受体与分子模拟现象[J];上海免疫学杂志;1996年03期
2 孙万虹;莫尊理;;聚酰胺-胺树状大分子的分子模拟[J];西北民族大学学报(自然科学版);2007年04期
3 韩德艳,白志平,陈慧兰;分子模拟计算研究辅酶B_(12)及其类似物光解产生的自由基加合物与β-环糊精的作用[J];无机化学学报;1999年04期
4 徐敬;;用分子模拟方法研究羟基乙叉二膦酸(HEDP)在方解石表面的吸附行为[J];物理学报;2006年03期
5 林治华;王槐亮;唐艳;吴玉章;;计算机辅助筛选酪氨酸激酶相关蛋白TRP-2 CTL模拟表位[J];化学学报;2007年08期
6 张明杰;;试论抗体的催化活性[J];医学与哲学(人文社会医学版);1990年06期
7 郭玉宝,杨儒,曹维良,张敬畅;甘氨酸在纳米碳管中的吸附及性质的分子模拟[J];化学物理学报;2004年04期
8 孙炜,陈中,黄素逸;模型流体扩散系数与温度关系的分子动力学模拟[J];武汉化工学院学报;2005年04期
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10 庄文昌,陈晓,杨春杰,王庐岩,柴永存;小角X射线散射表征AOT/水层状溶致液晶的有序性(英文)[J];物理化学学报;2005年09期
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1 王玲;程涛;孙淮;;胍盐离子液体粘度性质的预测[A];第十届全国计算(机)化学学术会议论文摘要集[C];2009年
2 焦勇;韩大雄;杨频;;金属离子离子影响Aβ多肽聚集机理的分子模拟[A];中国化学会第二十五届学术年会论文摘要集(上册)[C];2006年
3 尤秀丽;叶农钦;陈秀琴;姚碧霞;王庆华;翁文;;分子模拟法在手性识别机理研究中的应用[A];中国化学会全国第十三届大环化学暨第五届超分子化学学术讨论会论文选集[C];2006年
4 谭晶;李英;李全伟;胡晓莹;朱鹏飞;李志强;;强化采油用低张力泡沫剂的分子模拟与性能研究[A];中国化学会第十二届胶体与界面化学会议论文摘要集[C];2009年
5 王芳;李晓朋;姜楠;胡利明;;一类新的高效HIV-1整合酶抑制剂:二肽衍生物设计、合成[A];中国化学会第二十五届学术年会论文摘要集(下册)[C];2006年
6 王乃兴;赵嘉;唐石;;C3对称手性NAD(P)H模型化合物的合成[A];中国化学会第26届学术年会有机化学分会场论文集[C];2008年
7 李克坚;魏继福;金扬;吕秋敏;李瑞;熊郁良;王婉瑜;;从云南南部产的单斑眼镜蛇(Naja kaouthia)克隆出的一个新的细胞毒以及分子模拟[A];中国毒理学会生物毒素毒理专业委员会第4次、中国生物化学与分子生物学会毒素专业组第5次学术研讨会论文摘要[C];2001年
8 庄文昌;陈晓;杨春杰;王庐岩;柴永存;;小角X射线散射表征AOT/水层状溶致液晶的有序性[A];中国化学会第二十五届学术年会论文摘要集(下册)[C];2006年
9 李英;何秀娟;马保民;邵月华;李伯勤;;温控硬脂酸钠凝胶的自组装及微观结构[A];中国化学会第二十五届学术年会论文摘要集(下册)[C];2006年
10 卞潇雨;兰惠清;;分子模拟在磁性液体的研究进展[A];2006年全国功能材料学术年会专辑[C];2006年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 石克轩;石科院分子模拟研究掀新页[N];中国石化报;2000年
2 陆小华;化工热力学活跃在产业前沿[N];中国化工报;2005年
3 本报实习记者 高成森;计算机分子模拟技术——使生命科学研究更精彩[N];中国医药报;2002年
4 暨南大学医药生物技术研究开发中心 郑青;生物信息学唱主角[N];医药经济报;2001年
5 岳阳;构建计算生物学平台 促进新药开发[N];中国医药报;2007年
6 李晓岩;我国部署研发二氧化碳减排技术[N];中国化工报;2008年
7 本报驻美国记者 张孟军;学科交叉出成果[N];科技日报;2005年
8 山水;艾斯本与NIST集合数据集[N];中国石化报;2007年
9 胡德荣;“神奇小分子”剑指2型糖尿病[N];健康报;2007年
10 ;从模拟肉毒杆菌开始[N];中国计算机报;2005年
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1 许青;金属—有机骨架材料中气体吸附分离及材料改性设计的分子模拟研究[D];北京化工大学;2010年
2 孙命;分子模拟在生命有机磷化学中的应用[D];清华大学;2004年
3 汪敬;四唑衍生物热分解机理的分子模拟研究[D];四川大学;2002年
4 熊振海;大环芳香配体配合物对正常和错配DNA结构识别作用的分子模拟[D];山西大学;2004年
5 韩大雄;分子模拟研究老年痴呆致病蛋白结构以及基于酶结构的药物设计[D];山西大学;2004年
6 卢凌彬;基于可生物降解的脂肪族聚碳酸酯的功能化改性及分子模拟[D];中南大学;2005年
7 贾建波;神东煤镜质组结构模型的构建及其热解甲烷生成机理的分子模拟[D];太原理工大学;2010年
8 旭日;异基因脐带血移植后急性GVHD的预测研究[D];中国人民解放军军事医学科学院;2004年
9 王健;可诱导共刺激分子重组蛋白的研制及其在过敏性哮喘炎症中的治疗作用[D];第二军医大学;2006年
10 丛方地;脂肪酶催化拆分手性中间体及手性药物的合成研究[D];吉林大学;2006年
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1 肖勇;流体汽液相平衡的分子模拟研究[D];重庆大学;2005年
2 司瑞;乙醇汽油分层问题研究[D];天津大学;2008年
3 刘华鼐;氨基酸相关复合物的分子模拟与质谱分析[D];天津师范大学;2005年
4 马贺;碳纳米管的制备、能带和电子发射计算[D];沈阳工业大学;2006年
5 程杰;自组装谷氨酸螺旋纳米管的分子模拟[D];哈尔滨理工大学;2005年
6 魏传宇;QCM甲醛传感器的有机敏感薄膜研究[D];大连理工大学;2006年
7 张阳;分子模拟在纯超临界流体及其二元混合物体系中的应用[D];清华大学;2005年
8 闫金红;环糊精及其衍生物与丹参酮ⅡA超分子包合作用的研究[D];山西大学;2006年
9 李楚新;环氧树脂、固化剂数据库应用系统的开发和QSPR、分子模拟研究[D];湖南大学;2006年
10 高猛;碱金属修饰的三维共价有机骨架材料储氢性能研究[D];哈尔滨工业大学;2010年
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