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辣椒转录组SNP挖掘及多态性分析

刘峰  谢玲玲  弭宝彬  欧阳娴  茆振川  邹学校  谢丙炎  
【摘要】:利用SNP分析软件从辣椒(Capsicum annuum L.)251 068条Unigenes中筛选出18 159个SNP,其中有1 781个SNP位点被匹配在1 291个注释基因上,基因功能分类和代谢途径分析表明,其中有853个基因参与初生代谢(28.7%)、细胞代谢(17.3%)、生物合成过程(15.7%),另有125个(9.7%)基因序列参与新陈代谢途径,53条(4.1%)序列参与次生代谢产物合成途径,31条(2.4%)序列参与植物激素合成途径。EST-SNP序列中4 172条(22.9%)满足设计CAPS引物条件,为了验证EST-SNP正确性,并选取了15对CAPS引物对5份辣椒材料进行扩增,结果发现有8对(53.3%)引物表现出多态性。表明筛选出这些EST-SNP标记可作为辣椒基因分型、图谱构建等的候选分子标记。

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