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《中国医学物理学杂志》 2018年07期
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一种基于均匀设计原理的自适应克隆选择分子对接构像搜索策略

刘燕茹  石继飞  罗利霞  
【摘要】:为提高分子对接精度与速度,设计且实现了基于均匀设计原理的自适应克隆选择自动分子对接搜索策略。该策略首先引入抗体浓度,用抗体浓度和最低结合自由能共同衡量抗体品质;并利用均匀设计原理设计了克隆选择算法各参数的组合式样;然后利用自适应的克隆增殖、自适应的变异以及自适应的重组算子替代了克隆选择、高频变异以及简单重组算子。为验证该对接方法的有效性,用此方法对布克海文蛋白质数据库中的6种蛋白质—配体复合物进行实验测试,并将实验结果与拉马克遗传算法、模拟退火算法、免疫遗传算法和简单克隆选择算法进行比较,实验表明该对接策略具有更快的收敛速度和更好的寻优能力。
【作者单位】包头医学院
【基金】:内蒙古自治区高等学校科学研究项目(NJZY14266)
【分类号】:R91;TP18

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