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居群遗传结构研究中显性标记数据分析方法初探

钱韦  葛颂  
【摘要】:为对比显性标记应用于居群遗传结构研究时不同统计参数的适用性,利用RAPD技术对中国5个居群的100个疣粒野生稻个体进行了遗传结构分析。在衡量居群遗传多样性水平时,多态位点比率(PPB)会低估遗传变异的量,其价值不如 Shannon多样性指数和 Nei基因多样性指数,而采用Nei指数时不必进行Lynch--Milligan矫正。对个体间遗传关系进行分析时,17种遗传相似性指数矩阵两两之间的Mantel检测都表现出极显著的相关性(r> 0.95,t>t0.01),且 UPGMA聚类图的模式基本相似。基于φ统计量(φst)的分子方差分析(AMOVA)和基于Hardy-Weinberg平衡假设的Nei遗传距离分析结果具有显著相关性,它们都适合用于遗传结构分析,且应用后者时应通过Lynch-Milligan矫正减少显性遗传对变异估计偏低的影响,增加检测居群间遗传分化的能力。此外,AMOVA分析、Gst分析和Shannon多样性指数巢式分析都得出一致的结果,表明疣粒野生稻的遗传变异绝大部分存在于地区之间,而地区内和居群内的多样性程度较低。

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