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《遗传学报》 1997年05期
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MHC DQA基因的分子进化研究——Ⅱ.基于核苷酸替换和SCU偏移的系统发育的分析

潘星华  傅继梁  
【摘要】:根据23个等位基因不同外显子(EN)的核苷酸(NT)替换及同义密码子使用谱(SCU)偏移研究了哺乳类7种动物MHC DQA座位的系谱发育关系。发现:(1)在大时间尺度内,MHC DQA基因进化速率(1.0×10~(-9),其中EN2为1.3×10~(-9)9NT/位点/年)与一般核基因相似;鼠类DQA基因的NT替换速率大致是其他哺乳类的2倍;(2)证实DQA等位基因多态性是在哺乳动物分化以后才逐渐形成的;推测牛类也存在与绵羊DQA2即OLA-DQA(c17-2)对等的具有最近共同祖先的DQA2基因座位有待发现;HLA-DQA2系谱与HLA-DQA1祖先的分化年代在20~12Mya(百万年前),HLA-DQA1各等位基因分化时间在24Mya至1Mya以内,因此产生HLA-DQA2座位的基因重组发生在HLA-DQA1产生少数几个等位基因之后;(3)基于SCU分化度的进化树从一个新的角度体现了DQA基因的系统发育关系,并显示HLA-DQA2具有特殊的SCU,提示在DQA基因的进化中产生了SCU的分化,SCU系统树在进化上有重要价值和特殊意义。改进了基因的SCU分化度和SCU相似系数的估算方法。

【引证文献】
中国期刊全文数据库 前7条
1 徐飞;成述儒;刘秀;王继卿;胡江;罗玉柱;;藏绵羊MHC-DRB1基因第3外显子的PCR-SSCP检测及其序列分析[J];农业生物技术学报;2011年05期
2 徐飞;成述儒;罗玉柱;;绵羊DRB1基因生物信息学分析[J];生物技术通报;2011年01期
3 杜佳莹;丁少雄;张之文;王军;;鱼类MHC基因的研究进展[J];厦门大学学报(自然科学版);2006年S2期
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中国博士学位论文全文数据库 前3条
1 刘榜;15个猪品种MHCⅡ类区4个基因的SNPs分析及与免疫性状的关联[D];华中农业大学;2003年
2 徐日福;中国部分地方鸡种MHC B-LBⅡ、B-G基因变异及其群体遗传结构研究[D];华中农业大学;2005年
3 朱亮;大熊猫主要组织相容性复合体Ⅱ类基因研究[D];浙江大学;2006年
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前1条
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【共引文献】
中国期刊全文数据库 前6条
1 马婧;孙超;陶士珩;韩岗;杨健;;基因组偏好影响细菌直系同源蛋白质组成[J];安徽农业科学;2011年26期
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5 杨光,陈旭衍,任文华,严洁;MHC及其在种群遗传学和保护遗传学中的应用[J];遗传;2002年06期
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中国博士学位论文全文数据库 前5条
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2 李齐发;中国牦牛分子系统发育的初步研究[D];南京农业大学;2004年
3 徐日福;中国部分地方鸡种MHC B-LBⅡ、B-G基因变异及其群体遗传结构研究[D];华中农业大学;2005年
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5 王芳平;密码对的使用与基因组进化[D];内蒙古大学;2009年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 李云;张敏;;切花月季主要产量性状的遗传相关与通径分析[J];安徽农业科学;2009年02期
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中国博士学位论文全文数据库 前6条
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5 朱亮;大熊猫主要组织相容性复合体Ⅱ类基因研究[D];浙江大学;2006年
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【二级引证文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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2 严洁,杨光,周开亚,魏辅文;白鱀豚MHC基因类DQB1座位第二外元的序列变异分析[J];动物学报;2003年04期
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6 余智勇;彭林泽;申红;孙德江;俞银江;贾斌;;绵羊MHC基因的研究现状[J];贵州畜牧兽医;2006年04期
7 周思旋;徐健;周碧君;王开功;;高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒JL株Nsp10基因生物信息学分析[J];中国畜牧兽医;2012年01期
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10 李恩;吴孝兵;晏鹏;;乌龟MHCⅡ类B基因第二外显子的克隆及序列分析[J];激光生物学报;2006年01期
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 杨金娥;猪12号染色体上10个新基因的分离、定位及其与部分性状的关联分析[D];华中农业大学;2004年
2 徐日福;中国部分地方鸡种MHC B-LBⅡ、B-G基因变异及其群体遗传结构研究[D];华中农业大学;2005年
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4 杨国锋;大足黑山羊地方类群多胎性及与周边山羊品种亲缘进化关系分子标记研究[D];甘肃农业大学;2006年
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6 赵倩君;中国部分绵羊群体的起源、遗传多样性及保护研究[D];中国农业科学院;2007年
7 赵永贞;猪MMP-19和MMP-23基因的分离、定位和功能初步分析[D];西北农林科技大学;2007年
8 申红;中国美利奴羊和多浪羊DRB1、DQB1基因多态性与包虫病抗性关联分析[D];石河子大学;2008年
9 韩家波;中国海域斑海豹种群资源和分子遗传特征研究[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2009年
10 李波;梅花鹿(Cervus nippon)DRB基因的遗传特性、多态性及与产茸性状的相关性[D];东北林业大学;2008年
【相似文献】
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1 赵则春;;同义密码子使用偏嗜性的统计分析[J];数学杂志;2011年05期
2 ;[J];;年期
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中国博士学位论文全文数据库 前2条
1 刘榜;15个猪品种MHCⅡ类区4个基因的SNPs分析及与免疫性状的关联[D];华中农业大学;2003年
2 李洪军;遗传性尿崩症发病机理的分子遗传学研究[D];东北师范大学;2004年
中国硕士学位论文全文数据库 前3条
1 彭勇波;猪SLA-DQA基因的SNPs与单倍型检测及SNPs与部分性状关联的研究[D];华中农业大学;2005年
2 解学辉;大仓鼠SSR座位的筛选及黑线仓鼠MHC基因的克隆与序列分析[D];曲阜师范大学;2009年
3 樊少华;CG抑制作用是影响禽流感病毒同义密码子使用的重要因素[D];西北农林科技大学;2008年
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