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《烟草科技》 2018年01期
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群体遗传变异鉴定工具系统比较

李泽锋  卢鹏  张剑锋  张慧  许亚龙  金静静  
【摘要】:针对不同大小的数据集,为选出最适合的群体遗传变异鉴定工具,对常用的samtools、gatk、freebayes和sambamba软件进行了比较。利用不同的变异鉴定工具对3个不同大小基因组(拟南芥、水稻和人)的重测序数据和烟草1号连锁群进行了变异提取。单样本数据和多样本数据的比较结果都表明,samtools和sambamba软件倾向于寻找比较全面的变异,而gatk和freebayes软件倾向于寻找准确率较高的变异。在速度方面,sambamba软件明显快于其他软件,gatk软件在多样本数据分析方面具有一定的速度优势。在内存消耗方面,gatk软件明显大于其他软件。

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