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《烟草科技》 2017年10期
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基于烟草基因组重测序数据的SNP提取软件组合比较

余世洲  曹培健  李泽锋  林世锋  张洁  郭玉双  余婧  任学良  
【摘要】:为选择一个适合大规模烟草基因组重测序数据分析的软件组合,对常用的基因组重测序软件之间的差异进行了比较。分别采用3种过滤测序原始数据的软件(NGS QC Toolkit、Trimmomatic和ngs Sho RT)对烟草品种K326的全基因组测序数据进行过滤,然后用两种比对软件(BWA和Bowtie2)将过滤后的数据比对到红花大金元的参考基因组上,随后将比对结果用SAMtools软件进行变异提取,同时把BWA软件的比对结果用GATK软件进行变异提取,共有9个软件组合。比较9个软件组合的分析结果发现:不同软件组合的分析结果具有明显差异,各个组合结果的可信概率范围为55%~71%,其中Trimmomatic_BWA_SAMtools软件组合与其他组合相比,分析耗时较短、操作简便、准确度较高,适合测序深度较高的大规模全基因组重测序数据的前期处理。
【作者单位】贵州省烟草科学研究院;中国烟草总公司郑州烟草研究院;
【基金】:中国烟草总公司科技重大专项“烟草代表性品种资源基因差异和性状关联分析”[110201201004(JY-04)];中国烟草总公司重点项目“品种抗旱鉴定体系研究及抗旱烤烟品种选育”(110201302004)
【分类号】:Q943.2;S572
【正文快照】:
随着分子生物技术的高速发展,测序技术及研究逐步向重测序方向发展,研究的对象也从个其商业运作模式不断成熟,很多物种完成了全基体向群体过渡。随着测序成本的持续降低,大规因组从头测序(de novo sequencing)[1-2],使基因组模物种重测序从理想变成了可能,如千人基因组 计划[

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