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《生物信息学》 2013年01期
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蛋白质功能预测方法概述

刘言  沈素萍  方慧生  陈凯先  
【摘要】:蛋白质是生物体内最必需也是最通用的大分子,对它们功能的认识对于科学领域和农业领域的发展有着至关重要的作用。随着后基因组时代的发展,NCBI数据库中迅速涌现出大量不明结构与功能的蛋白质序列,这些蛋白质序列甚至一跃成了研究的热点。近几十年来蛋白质功能预测的方法不断被完善。由最初的仅基于蛋白质序列或3D结构信息的方法衍生出更多的基于序列相似性、基于结构基序、基于相互作用网络等新方法,这些新型方法采用新的算法、新的研究思路和技术手段,力求得到准确性与普遍性并存,能够被广泛应用的蛋白质功能预测方法。本文综述了近年来蛋白质功能预测的方法,并将这些研究方法分类归纳,各自阐明了每类方法的优缺点。
【作者单位】中国药科大学生命科学与技术学院;上海药物研究所药物发现与设计中心;
【分类号】:Q51-33
【正文快照】:
1引言基因组学和蛋白质组学在过去十年的发展过程中产生了大规模的新的蛋白质序列和试验数据,科学家为了确定这些新序列的功能借助计算机手段进行了大量的研究[1-2]。在过去的二十年里,人们利用计算机技术对蛋白质功能进行预测的文章发表了上千篇之多(http://www.ncbi.nlm.nih

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