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《中国细胞生物学学报》 2013年05期
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转录组测序(RNA-seq)策略及其数据在分子标记开发上的应用

李小白  向林  罗洁  胡标林  田胜平  谢鸣  孙崇波  
【摘要】:新一代测序技术已经广泛应用于转录组的研究(即RNA-seq),其数据几乎涵盖了特定组织和特定时期的所有转录本。由于其高通量和低成本的优势,RNA-seq越来越受到研究者的青睐,特别是在那些缺乏基因组信息的物种上。在此综述中,讨论了RNA-seq的测序策略,包括物种遗传背景的考量,测序平台和数据拼接软件的选择。RNA-seq数据对于SSR和SNP等分子标记的开发是非常有用的,由于这些标记在相关物种中有很高的通用性,因此在比较作图中有其不可替代的优势。

【参考文献】
中国期刊全文数据库 前4条
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2 李小白;崔海瑞;张明龙;;EST分子标记开发及在比较基因组学中的应用[J];生物多样性;2006年06期
3 李小白;张明龙;崔海瑞;;油菜EST-SSR标记的建立[J];分子细胞生物学报;2007年02期
4 李小白;张明龙;崔海瑞;;油菜EST资源的SSR信息分析[J];中国油料作物学报;2007年01期
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 赵传志;李爱芹;李长生;刘波;夏晗;王兴军;贾文斌;;山羊EST资源的SSR分析[J];山东农业科学;2009年06期
2 冯怡;张智俊;张舍龙;罗淑萍;;胡桃EST-SSR标记的筛选及引物设计[J];安徽农业科学;2011年36期
3 杨华;陈琪;韦朝领;史成颖;方从兵;宛晓春;;茶树转录组中SSR位点的信息分析[J];安徽农业大学学报;2011年06期
4 程小毛;王璇;黄晓霞;;茶树EST-SSRs信息分析[J];北方园艺;2011年10期
5 贾小平;史国安;孔祥生;范丙友;张龙;;牡丹EST序列中的微卫星分析[J];北方园艺;2011年17期
6 陈永霞;张新全;谢文刚;马啸;刘影;;利用EST-SSR标记分析西南扁穗牛鞭草种质的遗传多样性[J];草业学报;2011年06期
7 陈松波;龚丽;刘海金;;牙鲆EST资源的SSR信息分析[J];东北农业大学学报;2010年10期
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10 陈相艳;李伟;戴海英;张礼凤;;大豆EST资源的SSR信息分析[J];大豆科学;2009年03期
中国重要会议论文全文数据库 前2条
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2 付卫民;王淑芬;何启伟;徐文玲;刘贤娴;王萍;;心里美萝卜肉质根内花青素相关基因的EST-SSR标记筛选[A];中国园艺学会十字花科蔬菜分会第十届学术研讨会论文集[C];2012年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 刘福利;海带群体遗传分析及叶片长、宽性状QTL研究[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2011年
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3 宋晓宏;毛尖紫萼藓(Grimmia pilifera)cDNA文库构建及抗旱相关基因克隆与分析[D];东北林业大学;2011年
4 杨惠;条斑紫菜功能基因组及重复序列特征研究[D];中国海洋大学;2011年
5 谭美莲;柑橘有性杂种群体的获得及分子遗传连锁框架图的构建[D];华中农业大学;2007年
6 林明;辣椒应答逆境的转录谱分析及相关候选基因cDNA分离与鉴定[D];福建农林大学;2008年
7 陈长卿;中国小麦条锈菌分子群体遗传结构研究[D];西北农林科技大学;2008年
8 杨成君;人参cDNA文库构建,EST与相关基因表达分析及EST-SSR标记建立[D];东北林业大学;2008年
9 童晋;油菜柠檬酸合酶与柠檬酸裂解酶基因克隆及功能研究[D];中国农业科学院;2009年
10 李林;赤竹亚族(Sasinae Keng f.)系统分类的研究[D];南京林业大学;2009年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 李霞;人工合成甘蓝型黄籽油菜粒色基因的精细定位[D];华中农业大学;2009年
2 韩芳;甘蓝型油菜A3染色体遗传连锁图谱的构建[D];华中农业大学;2010年
3 王亚男;与棕色棉纤维颜色性状紧密连锁的分子标记研究[D];安徽农业大学;2010年
4 陆景标;高丹草SSR引物电子PCR及遗传多态性分析[D];安徽农业大学;2010年
5 盛新颖;利用SSR和EST-SSR标记鉴定“梅桥”大豆种质纯度[D];安徽农业大学;2010年
6 刘春滟;双孢蘑菇褐化相关PPO基因的研究及香菇EST-SSR标记的建立[D];安徽农业大学;2010年
7 刘春燕;小麦抗叶锈近等基因系TcLr45分子标记开发与凝集素类受体蛋白激酶基因的克隆[D];河北农业大学;2011年
8 胡旭;金钗石斛EST-SSR标记的开发及其在石斛属植物遗传多样性研究中的应用[D];杭州师范大学;2011年
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【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 金基强;崔海瑞;陈文岳;卢美贞;姚艳玲;忻雅;龚晓春;;茶树EST-SSR的信息分析与标记建立[J];茶叶科学;2006年01期
2 马占强,林良斌;分子标记技术在油菜育种中的应用[J];分子植物育种;2004年05期
3 朱作峰,孙传清,李自超,王象坤;用SSR标记对水稻品种的分类研究[J];农业生物技术学报;2001年01期
4 王军卫,张改生,刘宏伟,宋亚珍,牛娜;小麦显性多子房基因的RAPD标记[J];农业生物技术学报;2005年05期
5 高兰锋;姜海鹰;陈绍江;;高油玉米亲本遗传距离与杂种表现的相关性及分子选配的可行性[J];农业生物技术学报;2006年01期
6 范三红,郭蔼光,单丽伟,胡小平;拟南芥基因密码子偏爱性分析[J];生物化学与生物物理进展;2003年02期
7 刘列钊,林呐;油菜简单重复序列SSR(simple sequence repeat)研究进展[J];生命科学;2004年03期
8 张志峰,史洪才,武坚,简子健;微卫星DNA聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)银染法的改良[J];生物技术;2005年03期
9 张向群;玉米自交系两种配合力在杂种一代的表现[J];作物学报;1987年02期
10 陈军方,任正隆,高丽锋,贾继增;从小麦EST序列中开发新的SSR引物[J];作物学报;2005年02期
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 陈书霞,王晓武,程智慧,房玉林;芸薹属作物分子标记研究[J];西北农业大学学报;2000年03期
2 曹爱忠;陈全战;王海燕;王秀娥;陈佩度;;基于专化的反转录转座子序列开发鉴定簇毛麦染色质的PCR分子标记[J];西北植物学报;2007年06期
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4 盛安仪;分子标记:试管内鉴定蕈类种质特性的重要手段[J];中国食用菌;1995年06期
5 胡中立,周发松,何瑞锋,张学富;RIL群体中分子标记与QTL间重组率的矩估计[J];武汉大学学报(自然科学版);1996年02期
6 谭震波;近等基因系和群分法在植物基因定位中的应用[J];遗传;1996年S1期
7 李春丽;应用分子标记差异性预测作物杂种优势的研究进展[J];遗传;1997年01期
8 张德水,陈受宜;DNA分子标记、基因组作图及其在植物遗传育种上的应用[J];生物技术通报;1998年05期
9 李常保,宋建成;RAPD标记与作物改良[J];生物技术通报;1998年06期
10 吴敏生,戴景瑞;扩增片段长度多态性(AFLP)—— 一种新的分子标记技术[J];植物学通报;1998年04期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 李毳;李继萍;柴宝峰;;微卫星标记的发展及植物研究中的应用[A];全国经济管理院校工业技术学研究会第八届学术年会论文集(下册)[C];2004年
2 缪炜;余育和;沈韫芬;张锡元;;缘毛类纤毛虫分子系统发育学研究中3种分子标记的比较选择[A];中国原生动物学学会第十一次学术讨论会论文摘要汇编[C];2001年
3 邹喻苹;葛颂;;新一代分子标记——SNPs及其应用[A];中国植物学会七十周年年会论文摘要汇编(1933—2003)[C];2003年
4 方水姣;李楠;罗文永;;利用RGA分子标记对德保苏铁(Cycas debaoensis Y.C.Zhong et C.J.Chen)遗传多样性的初步研究[A];第五届全国苏铁学术会议论文摘要汇编[C];2007年
5 付永;夏热甫;比力克孜;肖非;王金富;;我国绵羊和山羊DNA分子标记的研究进展[A];全国动物生理生化第十次学术交流会论文摘要汇编[C];2008年
6 宋瑜;崔海信;李颖;李瑶;;量子点荧光标记物在生物学中的应用研究进展[A];2008全国功能材料科技与产业高层论坛论文集[C];2008年
7 徐志;段霞瑜;周益林;;植物病原真菌无毒基因研究进展[A];植物保护与现代农业——中国植物保护学会2007年学术年会论文集[C];2007年
8 杨春;黄晓春;苏秀榕;李太武;;海蜇毒素的分子标记研究[A];浙江省生物化学与分子生物学学术交流会论文集[C];2005年
9 方水姣;李楠;罗文永;;德保苏铁(Cycas debaoensis)回归自然遗传多样性的RGAP分子标记研究[A];广东省植物学会第十七期学术研讨会论文集[C];2008年
10 杜慧霞;侯睿;苏海林;王师;包振民;;仿刺参[Apostichopus japonicus(Selenka,1867)]转录组分析[A];中国的遗传学研究——遗传学进步推动中国西部经济与社会发展——2011年中国遗传学会大会论文摘要汇编[C];2011年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 中国科学院院士 贺福初;中国蛋白质组计划[N];科技日报;2002年
2 ;我国基因组研究向“海洋”延伸[N];中国海洋报;2000年
3 记者 吴鹤年;我植物蓝细菌共生研究进入世界前沿[N];科技日报;2002年
4 王雪飞 吴志军;首建人类器官蛋白质组“蓝图”[N];健康报;2006年
5 ;禽流感病毒是否传人,基因上两个点决定[N];新华每日电讯;2006年
6 中国科学院院士 贺福初;蛋白质组研究能给人类带来什么?[N];大众科技报;2009年
7 本报记者 姜晨怡;从1%到中国人的个体化基因组研究[N];科技日报;2009年
8 刘霞;遗传分析显示狗源自中东灰狼[N];科技日报;2010年
9 本栏目主持人 毛黎 张亮;人类生物学研究大事记(十九)[N];科技日报;2003年
10 衣晓峰 乔蕤琳;哈医大建立系列生物信息学研究方法[N];中国医药报;2010年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 JIXIANG WU;[D];浙江大学;2001年
2 杨龙;利用cDNA/EST序列大规模开发内含子多态性标记的研究[D];浙江大学;2008年
3 王芋华;粗枝云杉(Picea asperata Mast.)天然群体的遗传变异[D];中国科学院研究生院(成都生物研究所);2006年
4 董迎辉;泥蚶高通量转录组分析及生长相关基因的克隆与表达研究[D];中国海洋大学;2012年
5 陈作舟;EST转录组功能差异的数据挖掘系统及应用[D];浙江大学;2007年
6 李柱刚;芸薹属(Brassica)脂肪酸合成基因的分子标记及系统发育分析[D];东北农业大学;2002年
7 杨烈;鹅观草(Roegneria kamoji)与粗山羊草(Aegilops tauschii)的遗传多样性研究[D];四川农业大学;2005年
8 张忠华;水稻基因组微卫星多态性数据库构建及假基因分析[D];浙江大学;2006年
9 李稚锋;真核基因剪接机制相关特征研究[D];国防科学技术大学;2006年
10 陈国娟;卧龙自然保护区不同海拔的中国沙棘(Hippophae rhamnoides subsp.sinensis)天然群体的遗传多样性分析[D];中国科学院研究生院(成都生物研究所);2007年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 曾群;拟南芥晚花突变体的筛选、遗传分析和基因定位[D];山西大学;2005年
2 童芳芳;Ⅰ.用RAPD和SCAR复合分子标记对黄颡鱼属进行种质鉴定 Ⅱ.斑马鱼vasa基因的转基因表达[D];武汉大学;2005年
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6 孙博;海湾扇贝分子标记的研究及应用[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2003年
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8 孙春燕;粘孢子虫形态分类学和分子分类学的比较研究[D];重庆师范大学;2006年
9 严清;血吸虫EST数据分析体系的构建与运用[D];上海交通大学;2008年
10 张在宝;拟南芥雄性不育突变体遗传分析及相关基因的克隆[D];上海师范大学;2004年
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