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《中国细胞生物学学报》 2013年05期
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转录组测序(RNA-seq)策略及其数据在分子标记开发上的应用

李小白  向林  罗洁  胡标林  田胜平  谢鸣  孙崇波  
【摘要】:新一代测序技术已经广泛应用于转录组的研究(即RNA-seq),其数据几乎涵盖了特定组织和特定时期的所有转录本。由于其高通量和低成本的优势,RNA-seq越来越受到研究者的青睐,特别是在那些缺乏基因组信息的物种上。在此综述中,讨论了RNA-seq的测序策略,包括物种遗传背景的考量,测序平台和数据拼接软件的选择。RNA-seq数据对于SSR和SNP等分子标记的开发是非常有用的,由于这些标记在相关物种中有很高的通用性,因此在比较作图中有其不可替代的优势。
【作者单位】浙江省农业科学院;江西省农业科学院;
【基金】:国家自然科学基金(批准号:31201648) 中国博士后科学基金(批准号:2012M521203) 浙江省博士后科研项目择优资助(批准号:Bsh1201032) 浙江省花卉新品种选育协作组项目(批准号:2012C12909-10) 浙江省创新团队(批准号:2009R50034)资助的课题~~
【分类号】:Q789
【正文快照】:
1引言测序技术在过去几十年间得到了飞速发展,通过全基因组测序已经得到许多植物的整体基因组信息,如拟南芥(Arabidopsis thaliana)、大豆(Glycinemax)、葡萄(Vitis vinifera)、玉米(Zea mays)和水稻(Oryza sativa)等。随着生物技术和计算机技术的进步,大规模平行测序平台(mas

【参考文献】
中国期刊全文数据库 前2条
1 李小白;张明龙;崔海瑞;;油菜EST-SSR标记的建立[J];分子细胞生物学报;2007年02期
2 李小白;张明龙;崔海瑞;;油菜EST资源的SSR信息分析[J];中国油料作物学报;2007年01期
【共引文献】
中国硕士学位论文全文数据库 前6条
1 李亚非;我国北回归线区域野生稻遗传多样性研究及水稻多子房基因定位[D];中国农业科学院;2007年
2 刘峰;三种鳜属鱼类GH基因的序列及多态性研究[D];湖南农业大学;2007年
3 胡春艳;猪GNMT和GLP-1R基因的克隆、多态性分析及组织表达谱研究[D];华中农业大学;2007年
4 赵世浩;烟草EST-SSR标记的建立及其应用[D];湖南农业大学;2007年
5 董媛媛;甘蓝型油菜不同CMS的遗传标记及RT-PCR研究[D];浙江大学;2008年
6 吴鑫;柑桔DNA指纹图谱库的构建与分析[D];西南大学;2008年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前9条
1 金基强;崔海瑞;陈文岳;卢美贞;姚艳玲;忻雅;龚晓春;;茶树EST-SSR的信息分析与标记建立[J];茶叶科学;2006年01期
2 马占强,林良斌;分子标记技术在油菜育种中的应用[J];分子植物育种;2004年05期
3 朱作峰,孙传清,李自超,王象坤;用SSR标记对水稻品种的分类研究[J];农业生物技术学报;2001年01期
4 王军卫,张改生,刘宏伟,宋亚珍,牛娜;小麦显性多子房基因的RAPD标记[J];农业生物技术学报;2005年05期
5 张志峰,史洪才,武坚,简子健;微卫星DNA聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)银染法的改良[J];生物技术;2005年03期
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7 忻雅;崔海瑞;卢美贞;姚艳玲;金基强;林容杓;崔水莲;;白菜EST-SSR信息分析与标记的建立[J];园艺学报;2006年03期
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9 李永强,李宏伟,高丽锋,何蓓如;基于表达序列标签的微卫星标记(EST-SSRs)研究进展[J];植物遗传资源学报;2004年01期
【相似文献】
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2 黄骥,张红生,王东,曹雅君,杨金水;基因表达系列分析[J];遗传;2002年02期
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9 华孝挺;汪虎;王超;田兵;华跃进;;耐辐射球菌RNA聚合酶β亚基突变对基因表达全局的影响[J];中国科学:生命科学;2011年07期
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5 杨章民;王喆之;侯彬;李恩民;王绪敏;刘贵明;;中介蝮毒腺cDNA文库的构建及初步分析[A];第八届中国生物毒素学术研讨会论文摘要[C];2007年
6 许国旺;;代谢组学研究的新进展[A];中国蛋白质组学第二届学术大会论文摘要论文集[C];2004年
7 谢建平;胡昌华;申严杰;陈宏玲;柏冰;乐军;王洪海;王易伟;;结核分枝杆菌功能基因组学研究[A];首届全国微生物基因组学学术研讨会会程与论文摘要集[C];2006年
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9 许智宏;;植物科学和未来技术的发展[A];中国植物生理学会第十次会员代表大会暨全国学术年会论文摘要汇编[C];2009年
10 肖力宏;王慧;吉忠忠;包方;何奕騉;匡廷云;;小立碗藓配子体发育的转录组分析[A];Abstracts of International Symposium on Systematic Lichenology & Bryology[C];2010年
中国重要报纸全文数据库 前5条
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2 王雪飞 吴志军;首建人类器官蛋白质组“蓝图”[N];健康报;2006年
3 中国科学院院士 贺福初;蛋白质组研究能给人类带来什么?[N];大众科技报;2009年
4 本报记者 姜晨怡;从1%到中国人的个体化基因组研究[N];科技日报;2009年
5 通讯员 逄莎莎 刘佳 记者 刘传书;基因组测序诠释裸鼹鼠“长生不老”秘笈[N];科技日报;2011年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
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4 叶海燕;日本三角涡虫(Dugesia japonica)线粒体蛋白质组、转录组研究[D];陕西师范大学;2012年
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9 张勇群;新疆穴居狼蛛毒素分子多样性和功能研究[D];湖南师范大学;2009年
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中国硕士学位论文全文数据库 前10条
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3 戴雅丽;基于文昌鱼(Branchiostoma floridae)ESTs的转录组比较分析及EST数据库构建[D];安徽农业大学;2007年
4 徐波;辣椒应答UV-B的转录组差异分析及相关功能基因的分离[D];福建农林大学;2008年
5 柳强;奶牛X-,Y-精子抑制消减文库的构建[D];内蒙古农业大学;2009年
6 刘瑜;互花米草富集盐腺细胞转录组测序分析及耐盐相关基因的克隆与鉴定[D];烟台大学;2011年
7 秦云飞;日本三角涡虫转录组、再生表达谱及小RNA谱的鉴定与分析[D];郑州大学;2012年
8 牛丽红;Δ-15脱氢酶基因克隆、表达及其活性分析[D];中国农业科学院;2011年
9 陈文新;小立碗藓(Physcomitrella patens)植物microRNA结合靶位预测[D];首都师范大学;2008年
10 李新娜;耐辐射异常球菌冷激蛋白的功能鉴定及转录组分析[D];中国农业科学院;2011年
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