收藏本站
《沈阳农业大学学报》 2013年03期
收藏 | 投稿 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

基于聚类的蛋白质一级结构与三级结构关联研究

闫庆华  陈绮  
【摘要】:为了建立蛋白质一级结构与三维结构间的关联规则,以蛋白质数据库PDB为数据源,采用K均值聚类方法对蛋白质二级结构中α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲的疏水值、偶极矩、解离常数3种属性值序列进行分析。结果表明:80%的螺旋和85%的beta折叠都表现出了自身应有的规律,说明聚类分析方法在蛋白质三级结构预测研究中的合理性和有效性。
【作者单位】海南大学信息科学技术学院;
【基金】:海南省自然科学基金项目(609003)
【分类号】:Q51

【参考文献】
中国期刊全文数据库 前2条
1 牛卫东,潘宪明;蛋白质结构预测[J];世界科技研究与发展;1998年01期
2 张春霆;蛋白质结构分类与结构类预测研究[J];中国科学基金;2000年05期
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 陈绮;基于结构频谱的蛋白质三维结构研究[D];西北大学;2007年
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 王朝霞;生物信息学:一门前沿交叉学科[J];安徽教育学院学报;2002年06期
2 史冬燕;程在全;;云南疣粒野生稻部分cDNA片段的分离和注释[J];安徽大学学报(自然科学版);2008年03期
3 孟宪萍;李晓晓;李雅轩;蔡民华;胡英考;;日本百脉根γ-生育酚甲基转移酶基因的电子克隆及进化分析[J];安徽农业科学;2006年24期
4 王建平;柴立和;;蛋白质分子网络的分形结构[J];安徽农业科学;2007年06期
5 杨辉;彭正松;杨在君;冯晓;陈真勇;;小麦TP突变体幼苗在光胁迫条件下的基因表达差异[J];安徽农业科学;2010年07期
6 任秀艳;冯雪;侯志敏;张倩倩;;HpaG_(Xoo)蛋白的结构与功能分析[J];安徽农业科学;2010年09期
7 王晓波;解天然;潘陈陈;华宿南;;大豆质膜内在水孔蛋白的生物学功能预测[J];安徽农业科学;2010年34期
8 蔡渡江;王联结;;基于电子效应的氨基酸分类与二级结构的倾向性分析[J];安徽农业科学;2010年36期
9 张其威,李蕾,赵东赤,张楚瑜,李乐,游上游,黄静宁;人呼吸道合胞病毒感染的SPC-A1细胞相关基因zzz171con的电子克隆与分析[J];氨基酸和生物资源;2005年02期
10 付明哲;王联结;刘选治;;α-螺旋中2,3位氨基酸残基对螺旋结构稳定性的影响[J];安徽农业大学学报;2011年06期
中国重要会议论文全文数据库 前4条
1 庄绪静;曹雅忠;李克斌;尹姣;;同源建模和分子对接方法的应用与发展[A];植保科技创新与病虫防控专业化——中国植物保护学会2011年学术年会论文集[C];2011年
2 周鹏;商志才;;一种新的核序列自相关函数用于非同源蛋白质结构类预测[A];第十届全国计算(机)化学学术会议论文摘要集[C];2009年
3 张国文;陈秀霞;;牛蒡苷与人血清白蛋白的相互作用[A];2009年中国农业工程学会农产品加工及贮藏工程分会学术年会论文集[C];2009年
4 张天;李祥龙;周荣艳;李兰会;任玉红;赵驻军;;不同物种Oct-1基因编码区生物信息学分析[A];中国畜牧兽医学会养羊学分会2012年全国养羊生产与学术研讨会议论文集[C];2012年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 王冰;降解丝素放线菌的分离鉴定、发酵条件优化及其降解机制研究[D];山东农业大学;2009年
2 许光辉;基于基因芯片技术的刺五加改善果蝇睡眠作用的机制研究[D];黑龙江中医药大学;2010年
3 程敬丽;源自内生真菌的倍半萜类新颖高效抑菌化合物的衍生合成与生物活性研究[D];浙江大学;2010年
4 包梅荣;油茶种子成熟调控蛋白基因的分离克隆及功能研究[D];中南林业科技大学;2010年
5 陈欣;蛋白质在不同界面的识别、吸附及稳定性研究[D];浙江大学;2009年
6 韩瑞丽;鸡visfatin和PRDM16基因遗传变异及其效应与表达研究[D];西北农林科技大学;2010年
7 顾全;基于集成智能的膜蛋白受体结构与功能研究[D];东华大学;2010年
8 高杨;人源Survivin N-端剪切体的体外生物学和谱学研究[D];吉林大学;2011年
9 王硕;两种多肽类药物结构的谱学研究[D];吉林大学;2011年
10 张胜利;蛋白质与RNA中的若干问题研究[D];大连理工大学;2011年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 张艳萍;蛋白质序列的数学描述及其应用[D];浙江理工大学;2010年
2 张伟;分子光谱法研究蛋白质与小分子的相互作用及其分析方法研究[D];郑州大学;2010年
3 史舵;基于主成分分析方法的蛋白质亚细胞定位[D];大连理工大学;2010年
4 兰任;基于并行混合粒子群算法的蛋白质结构预测[D];大连理工大学;2010年
5 曹甲;柳蚕丝素重链基因的克隆和表达分析[D];安徽农业大学;2010年
6 李昂;中、日白姑鱼的形态学和遗传学研究[D];中国海洋大学;2010年
7 刘胜;高温菜籽粕蛋白质的提取及其酶法改性[D];南京财经大学;2010年
8 吴茜;新吉细毛羊皮肤组织均一化全长cDNA文库的构建及其ESTs的生物信息学分析[D];新疆农业大学;2010年
9 金宏;统计模拟肽及蛋白质的性质和活性[D];浙江大学;2010年
10 王惟;脲和盐酸胍以及钙离子和氯离子对猪胰腺和芽孢杆菌α-淀粉酶分子结构的影响[D];西北大学;2011年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 张其鹏,张丹,刘贝,朱晓华,卢铭,陈光慧,尚彤,汤健;心力衰竭相关基因和蛋白质数据库的初构[J];北京大学学报(医学版);2002年03期
2 黄京飞,刘次全;蛋白质结构的分形及其与进化关系的研究[J];动物学研究;1997年02期
3 赵明生,尚彤,孙冬泳,蒋景宏,汤健,吴佑寿;电子细胞的研究现状与展望[J];电子学报;2001年S1期
4 党耀国,刘思峰,刘斌,陶勇;基于动态多指标灰色关联决策模型的研究[J];中国工程科学;2005年02期
5 胡敏,彭群生;一种基于空间密度特征的蛋白质结构相似性判定方法[J];工程图学学报;2005年01期
6 陈传波,李其申;蛋白质结构的多分辨率分析及其应用[J];高技术通讯;2003年12期
7 李存华,潘祝山;聚类分析技术与基因数据知识发现[J];淮海工学院学报(自然科学版);2002年03期
8 李其申,陈传波;生物信息学中蛋白质结构的B样条结构曲线计算模型研究[J];计算机辅助设计与图形学学报;2005年07期
9 彭群生;胡敏;;蛋白质三维结构相似性比较方法综述[J];计算机辅助设计与图形学学报;2006年10期
10 杨育彬,林珲,朱庆;基于内容的三维模型检索综述[J];计算机学报;2004年10期
中国重要会议论文全文数据库 前1条
1 乔立安;公衍道;张秀芳;赵南明;;基于距离矩阵的蛋白质三维结构快速比较方法[A];第九次全国生物物理大会学术会议论文摘要集[C];2002年
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 姚志萍,朱德煦,毕汝昌;尿胰蛋白酶抑制剂的空间结构预测[J];科学通报;1996年17期
2 殷志祥,张家秀;神经网络在蛋白质结构预测中的应用[J];中国科技信息;2005年11期
3 崔光照,朱永锋,黄布毅,许进;基于联合残基力场的蛋白质能量优化[J];生物信息学;2005年03期
4 王勇献,王正华,张振慧;蛋白质结构预测算法的评估[J];计算机工程与科学;2005年08期
5 王志新;;Levinthal佯谬到蛋白质结构预测[J];黄石理工学院学报;2006年01期
6 孙侠;殷志祥;;蛋白质结构预测的理论方法及阶段[J];生物学杂志;2007年01期
7 郭雨珍;冯恩民;;蛋白质结构研究现状与展望[J];生物信息学;2007年04期
8 黄文奇,黄勤波,石赫;预测蛋白质三维结构的拟物算法[J];武汉大学学报(理学版);2004年05期
9 孙啸;生物信息学——揭示生物分子数据的内涵[J];电子商务;1998年11期
10 王燕;薛志东;史小红;许进;;广义α转角的预测研究[J];华中科技大学学报(自然科学版);2007年10期
中国重要会议论文全文数据库 前8条
1 吴爱平;田丽青;胡云;曹洋;苗智超;蒋太交;;蛋白质结构预测平台TJ_Jiang及其在CASP8中的表现[A];第十一次中国生物物理学术大会暨第九届全国会员代表大会摘要集[C];2009年
2 桑延超;彭志红;李谦;;PSO-GA协同优化算法及其在蛋白质结构预测中的应用[A];2007年中国智能自动化会议论文集[C];2007年
3 过涛;孙之荣;;膜蛋白跨膜区段序列分析和预测[A];第七届全国生物膜学术讨论会论文摘要汇编[C];1999年
4 李占潮;周漩;戴宗;邹小勇;;基于支持向量机预测G蛋白偶联功能类[A];第十届全国计算(机)化学学术会议论文摘要集[C];2009年
5 靳利霞;唐焕文;;基于能量极小化的蛋白质结构预测[A];中国运筹学会第六届学术交流会论文集(上卷)[C];2000年
6 胡秀珍;黄延昭;肖奕;;密码子上下文关联与蛋白质结构[A];第九次全国生物物理大会学术会议论文摘要集[C];2002年
7 王志新;;自然界中究竟有多少种蛋白质折叠类型[A];生命科学与生物技术:中国科协第三届青年学术年会论文集[C];1998年
8 鄒忠毅;韩榕生;李定国;;导引模擬退火法在蛋白质结构分析上的应用[A];Some Problems on the Protein Structure Analyses--Proceedings of CCAST (World Laboratory) Workshop[C];2002年
中国重要报纸全文数据库 前4条
1 中科院生物学部 张春霆;对生物信息学的展望[N];北京科技报;2000年
2 中国科学院生物物理研究所生物大分子国家重点实验室 王志珍;蛋白质的折叠:破译“第二遗传密码”[N];科技日报;2001年
3 王雪飞 吴黎;中国生物信息学研究快速发展[N];健康报;2002年
4 本报记者何世文;他们在解密第二遗传密码[N];科技日报;2002年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 罗亮;蛋白质结构预测模型研究[D];华中科技大学;2010年
2 黄旭;从头预测蛋白质结构元启发方法研究[D];苏州大学;2011年
3 孙鹏飞;基于计算智能技术的蛋白质结构预测方法研究[D];哈尔滨工程大学;2010年
4 熊正大;链式几何结构的拟人型优化方法[D];华中科技大学;2011年
5 郭雨珍;蛋白质结构预测和比较的优化研究[D];大连理工大学;2007年
6 谷俊峰;蛋白质结构预测中几个关键问题的研究[D];大连理工大学;2009年
7 欧阳霞辉;拟黑多刺蚁和意大利蜜蜂雌激素相关受体基因的克隆与表达研究[D];陕西师范大学;2007年
8 吕志鹏;蛋白质结构预测的现实求解方法[D];华中科技大学;2007年
9 刘桂霞;蛋白质关联图预测研究[D];吉林大学;2007年
10 张华;蛋白质残基深度、柔性和功能的预测与分析[D];南开大学;2009年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 冯永志;生物信息学中的模式发现算法研究[D];黑龙江大学;2005年
2 魏艳宇;蛋白质结构预测中二面角统计势研究[D];华中师范大学;2012年
3 宁静;蛋白质结构预测的多agent模拟退火算法研究[D];福建农林大学;2012年
4 刘宏伟;无序蛋白质结构预测方法研究[D];苏州大学;2013年
5 胡小燕;基于关联规则的AMPK蛋白激酶调控模式挖掘[D];广西大学;2012年
6 吴进珍;并行蚁群优化在蛋白质结构预测中的应用研究[D];苏州大学;2010年
7 范岩;基于监督流形学习算法的固有不规则蛋白质结构预测研究[D];哈尔滨工程大学;2011年
8 邓海游;蛋白质结构预测中基于原子对距离分布的统计势研究[D];华中师范大学;2011年
9 肖衡;基于CUDA的AB非格点蛋白质结构预测的并行化研究[D];武汉科技大学;2011年
10 岳晓辉;基于禁忌搜索算法的蛋白质结构预测的研究[D];大连理工大学;2006年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026