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《生物技术通讯》 2006年02期
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遗传算法在蛋白质结构预测中的应用

张超  卢艳  李冀新  黄卫宁  陈正行  
【摘要】:遗传算法(geneticalgorithm,GA)作为一种自适应启发式概率性迭代式全局搜索算法,具有不依赖于问题模型的特性、全局最优性、隐含并行性、高效性、解决不同非线性问题的鲁棒性特点,目前已经广泛应用于自动控制、机器人学、计算机科学、模式识别、模糊人工神经和工程优化等设计领域。本文首先介绍了GA的基本原理,即搜索的基本过程;随后总结了GA与传统算法相比所具有的优点;第三部分则分别综述了GA在蛋白质结构预测中主要使用的模型、设计和执行策略,以及使用GA与其他算法相互结合预测蛋白质结构的研究进展;最后提出了作者对GA研究中存在问题的认识和研究展望。

【引证文献】
中国期刊全文数据库 前2条
1 吴玫;陆金桂;;遗传算法的研究进展综述[J];机床与液压;2008年03期
2 孟翔燕;孟军;葛家麒;;基于遗传算法的蛋白质二级结构预测方法研究进展[J];农机化研究;2009年05期
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 徐凌洋;动物标记辅助基因聚合优化体系研究[D];中国农业科学院;2011年
中国硕士学位论文全文数据库 前3条
1 苏艳梅;热控涂层性能退化预测模型参数估计算法的研究[D];哈尔滨工业大学;2006年
2 于杨;基于智能算法的蛋白质折叠研究[D];哈尔滨工程大学;2008年
3 李春丽;基于网格的蛋白质结构预测的并行实现[D];武汉科技大学;2012年
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前6条
1 邓勃,刘嘉;遗传算法在分析化学中的应用[J];分析科学学报;1997年02期
2 郑立平,郝忠孝;遗传算法理论综述[J];计算机工程与应用;2003年21期
3 孙之荣,韩浩;锌指结构域序列的进化生成模拟——遗传算法在蛋白质结构研究中的应用[J];科学通报;1997年17期
4 孙之荣,韩浩;遗传算法在蛋白质变异理论研究中的应用[J];科学通报;1998年01期
5 臧辉;遗传算法及其应用[J];武汉科技学院学报;2005年04期
6 靖稳峰,魏红,段惠娣;遗传算法及其发展现状[J];西安工业学院学报;2000年03期
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 吴大宏,赵人达;基于遗传算法与神经网络的桥梁结构健康监测系统研究初探[J];四川建筑科学研究;2002年03期
2 张安勤;数据挖掘与进化算法[J];安徽教育学院学报;2002年03期
3 程家兴,陈万里;列车控制问题的计算分析及自适应算法[J];安徽大学学报(自然科学版);2002年02期
4 蒋中;遗传算法在PID参数优化中的应用[J];安徽建筑工业学院学报(自然科学版);2000年01期
5 阮怀忠,张建中;基于改进遗传算法的TSP问题求解[J];安徽建筑工业学院学报(自然科学版);2003年04期
6 陈杰,周冬华;浮点数编码的遗传算法在模糊控制器参数寻优中的应用[J];安徽建筑工业学院学报(自然科学版);2004年02期
7 方潜生;硬件进化(EHW)的研究与进展[J];安徽建筑工业学院学报(自然科学版);2004年06期
8 杨益;;基于FPGA的背包问题的求解[J];安徽建筑工业学院学报(自然科学版);2010年04期
9 刘艳华;张承中;王小平;龚葳;;基于遗传神经网络的采暖季PM_(10)浓度预测[J];安徽农业科学;2009年16期
10 叶勇;罗红恩;张立伟;;改进遗传算法下的畜禽冷链配送优化研究[J];安徽农业科学;2011年17期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 杨益;方潜生;汪力君;;基于Handel-C的数字芯片的设计方法研究与实现[A];2005年“数字安徽”博士科技论坛论文集[C];2005年
2 胡杨林;蒋洁琼;王明煌;曾勤;邱岳峰;邹俊;陈红丽;FDS team;;聚变裂变混合堆长寿命锕系废料嬗变处理的中子学优化分析[A];安徽新能源技术创新与产业发展博士科技论坛论文集[C];2010年
3 孙燕;孙峥;黄鹍;;基于模拟退火机制的隔离小生境混合遗传算法[A];第二十六届中国控制会议论文集[C];2007年
4 孙燕;孙峥;;利用正交遗传算法优化交通检测点分布[A];第二十六届中国控制会议论文集[C];2007年
5 郭玉堂;刘路路;;基于佳点集遗传算法的边缘检测[A];第二十七届中国控制会议论文集[C];2008年
6 刘向;邹逢兴;张湘平;高政;;面向节能的混合流水车间调度方法的研究[A];第二十七届中国控制会议论文集[C];2008年
7 汪民乐;高晓光;;GA早熟问题的定量分析及其预防策略[A];'2003系统仿真技术及其应用学术交流会论文集[C];2003年
8 田占东;张振宇;;用遗传算法确定反应速率方程参数[A];第三届全国爆炸力学实验技术交流会论文集[C];2004年
9 熊春光;孙喜晨;程乾生;;基于进化规划的属性均值Kohonen自组织网[A];第九届全国信号处理学术年会(CCSP-99)论文集[C];1999年
10 刘学观;陈雪勤;赵鹤鸣;;基于改进遗传算法的混叠语音分离研究[A];第十届全国信号处理学术年会(CCSP-2001)论文集[C];2001年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 董慧群;代建制项目风险预警管理研究[D];辽宁工程技术大学;2010年
2 时长江;豆科类杂草种子图像识别系统研究[D];中国海洋大学;2009年
3 韩艳玲;可能性构造空间理论与计算机作曲思维模型研究[D];华中科技大学;2010年
4 彭北青;第三方物流配送车辆路径问题模型及算法研究[D];华中科技大学;2009年
5 黄林峰;多目标进化算法研究[D];中国科学技术大学;2009年
6 刘飞;四足机器人步态规划与平衡控制研究[D];中国科学技术大学;2010年
7 何英;干旱区典型流域水资源优化配置研究[D];新疆农业大学;2010年
8 郑罡;频域有限差分方法的改进研究[D];电子科技大学;2010年
9 车勇;轮胎噪声的预测方法与试验研究及优化设计[D];武汉理工大学;2010年
10 李正军;林—浆—纸产业集群供应链协同管理研究[D];中南林业科技大学;2010年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 赫英毅;毫米波段基于TE_(21)模差网络设计[D];中国工程物理研究院;2009年
2 万成;动态环境下的元胞遗传算法研究[D];南昌航空大学;2010年
3 李坤;参数参与进化的自适应遗传算法研究[D];南昌航空大学;2010年
4 吴香庭;基于遗传算法的K-means聚类方法的研究[D];山东科技大学;2010年
5 王辉;基于改进遗传算法的物流配送路径优化研究[D];山东科技大学;2010年
6 纪二云;基于改进遗传算法的电力系统无功优化的研究[D];山东科技大学;2010年
7 施晓坤;煤炭企业人才结构优化[D];山东科技大学;2010年
8 马宗梅;遗传算法在考试系统组卷中的应用与研究[D];郑州大学;2009年
9 宋开胜;基于遗传算法的二维排样研究[D];哈尔滨工程大学;2010年
10 李魁星;基于信息熵遗传算法的舰船导航路径规划技术研究[D];哈尔滨工程大学;2010年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 江加和,宋子善,沈为群,邱力为;模拟退火算法在连续变量全局优化问题中应用[J];北京航空航天大学学报;2001年05期
2 乔立山,王玉兰,曾锦光;实验数据处理中曲线拟合方法探讨[J];成都理工大学学报(自然科学版);2004年01期
3 李春东,杨德庄,何世禹;质子、电子综合辐照作用下Teflon FEP/Al辐照损伤效应研究[J];材料研究学报;2003年04期
4 刘立平,牛熠;遗传算法综述[J];东莞理工学院学报;2005年03期
5 尹春阳;谭诚翔;;MPI程序在网格环境下移植的研究[J];电脑知识与技术(学术交流);2007年04期
6 张长林,余建星,杨振国;非线性约束最优化问题的多目标模拟退火算法[J];复旦学报(自然科学版);2003年01期
7 尚艳玲;牛红惠;;网格计算系统的应用与研究[J];福建电脑;2007年07期
8 宁正元;林世强;;蛋白质结构的预测及其应用[J];福建农业大学学报;2006年03期
9 唐焕文,靳利霞,计明军;蛋白质结构预测的优化模型与方法[J];工程数学学报;2002年02期
10 陈进,董志君,章林溪,姜舟婷,赵得禄;二维蛋白质模型分子在折叠过程中的构象研究[J];高分子学报;2003年04期
中国硕士学位论文全文数据库 前4条
1 王锋;基于竞价上网系统的电力负荷预测算法研究及应用[D];华中科技大学;2004年
2 张红娟;基于非格点模型的蛋白质结构预测研究[D];大连理工大学;2006年
3 张鸣;蛋白质折叠的简化模型[D];华中科技大学;2005年
4 林晓丽;基于AB非格模型与遗传退火算法的蛋白质折叠结构预测[D];武汉科技大学;2007年
【二级引证文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 夏小威;廖振良;;仿生智能算法在突发环境污染事件应急响应中的应用[J];环境科学与管理;2010年12期
2 尹文厚;董红斌;;一种基于进化博弈的遗传算法改进策略[J];黑龙江科技信息;2008年36期
3 周雪松;田密;马幼捷;马云斌;邵宝福;许立瑾;;基于GAAA算法的DSP控制系统对立体车库车位调度的研究[J];制造业自动化;2009年12期
4 李绍军;;一种基于Alopex的进化优化算法[J];模式识别与人工智能;2009年03期
5 杜宇;王秀凤;;板料激光弯曲过程中弯曲角度的预测[J];现代制造技术与装备;2010年02期
6 任志淼;卢慕超;;遗传算法及其在PID参数优化中的应用[J];山西电子技术;2008年03期
7 姚卫锋;刘原君;李燕;齐蔓莉;田敬群;刘全忠;;衣原体噬菌体Chp3衣壳蛋白Vp1二级结构及B细胞抗原表位预测[J];天津医科大学学报;2010年02期
8 李宜儒;姚卫锋;盛彩虹;李玲杰;尤聪;展小飞;刘原君;齐蔓莉;刘全忠;;衣原体MOMP蛋白生物多态性及细胞表位分析[J];天津医科大学学报;2011年04期
9 曹晶;张良均;曾莹;;二维不规则下料问题新型仿生算法的设计[J];湘潭大学自然科学学报;2011年01期
10 贺慧杰;;基于智能算法的PID控制器参数优化设计的应用研究[J];科技创新导报;2009年08期
中国博士学位论文全文数据库 前3条
1 肖清;液压挖掘机混合动力系统的控制策略与参数匹配研究[D];浙江大学;2008年
2 陈先来;基于干细胞机制的进化神经网络及其应用研究[D];中南大学;2010年
3 姚卫锋;衣原体噬菌体Chp3衣壳蛋白VP1的表达及蛋白间作用的研究[D];天津医科大学;2010年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 杨传鑫;参数模糊控制的智能优化算法及其应用[D];华东理工大学;2011年
2 李萍;小波网络在经济预测中的应用[D];浙江大学;2010年
3 张阳;清洁发展机制碳汇造林优化模型及其价值评价研究[D];华北电力大学(北京);2011年
4 王地;基于参数自适应差分进化算法的用水网络优化[D];华东理工大学;2011年
5 王海燕;遗传算法在网络优化问题中的应用[D];电子科技大学;2011年
6 李雷雷;船体型线自动生成及优化研究[D];华中科技大学;2009年
7 阳庆;基于支持向量机的高光谱图像分类方法研究[D];解放军信息工程大学;2009年
8 张成森;一种基于交点特征的图像匹配方法[D];华中科技大学;2010年
9 崔琳;布里渊光纤传感系统中的信号处理的研究[D];燕山大学;2012年
10 张训国;螺杆气压式高低平衡机的优化设计研究[D];南京理工大学;2012年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 张良杰,毛志宏,李衍达;遗传算法中突变算子的数学分析及改进策略[J];电子科学学刊;1996年06期
2 蔡煜东;分析化学中非线性多元函数拟合的遗传算法[J];分析化学;1995年07期
3 李通化,张众杰,朱仲良,丁林,李光盛;用数值遗传算法计算配合物的稳定常数[J];高等学校化学学报;1995年03期
4 罗映红;遗传算法求解组合优化问题研究[J];甘肃科学学报;1997年02期
5 李兵,蒋慰孙;一种新的全局优化方法及应用[J];华东理工大学学报;1995年03期
6 徐宗本,高勇;遗传算法过早收敛现象的特征分析及其预防[J];中国科学E辑:技术科学;1996年04期
7 林丹,李敏强,寇纪凇;基于实数编码的遗传算法的收敛性研究[J];计算机研究与发展;2000年11期
8 郭东伟,刘大有,周春光,张仲明;遗传算法收敛性的动力学分析及其应用[J];计算机研究与发展;2002年02期
9 梁艳春,王在申,周春光;选择和变异操作下遗传算法的收敛性研究[J];计算机研究与发展;1998年07期
10 唐飞;滕弘飞;;十进制整数编码遗传算法的模式定理研究[J];计算机科学;1999年06期
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 张超;张晖;李冀新;高红;;基于遗传算法的蛋白质结构预测方法[J];生物信息学;2006年03期
2 陆恒云;杨根科;潘常春;;一种基于关联图的蛋白质结构预测改进算法[J];上海交通大学学报;2011年01期
3 王华伟,许进;第二遗传密码与蛋白质结构优化算法[J];生物技术;2003年01期
4 林治华;蛋白质结构预测的方法学评述[J];免疫学杂志;2001年S1期
5 李绍新;张延娇;;标准遗传算法引入遗传策略和突变算子对蛋白质2D折叠模拟的影响[J];广东医学院学报;2008年05期
6 李绍新;张延娇;;基于改进遗传算法的蛋白质三维折叠模拟[J];分析化学;2009年01期
7 谌容;陈敏;杨春贤;廖志华;;基于SWISS-MODEL的蛋白质三维结构建模[J];生命的化学;2006年01期
8 徐建华,朱家勇;生物信息学在蛋白质结构与功能预测中的应用[J];医学分子生物学杂志;2005年03期
9 孟翔燕;孟军;葛家麒;;基于遗传算法的蛋白质二级结构预测方法研究进展[J];农机化研究;2009年05期
10 孙之荣,韩浩;锌指结构域序列的进化生成模拟——遗传算法在蛋白质结构研究中的应用[J];科学通报;1997年17期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 周海清;王恭先;陈正汉;;基于面向对象遗传算法的抗滑桩优化设计程序的研制[A];中国土木工程学会第九届土力学及岩土工程学术会议论文集(下册)[C];2003年
2 吴建生;金龙;;基于实数编码的遗传算法神经网络预报建模研究[A];推进气象科技创新加快气象事业发展——中国气象学会2004年年会论文集(下册)[C];2004年
3 申元霞;张翠芳;;GA-BP算法在系统辨识中的应用[A];中国自动化学会、中国仪器仪表学会2004年西南三省一市自动化与仪器仪表学术年会论文集[C];2004年
4 刘辙;彭亮;崔广才;吴学礼;;混合遗传算法在车间调度中的应用[A];中国自动化学会全国第九届自动化新技术学术交流会论文集[C];2004年
5 曹春红;李文辉;张永坚;;遗传蚂蚁算法在几何约束求解中的应用[A];中国仪器仪表学会第六届青年学术会议论文集[C];2004年
6 姜楠;张春森;;遗传算法在图像模板匹配中的应用[A];高精度几何量光电测量与校准技术研讨会论文集[C];2008年
7 朱秀娥;周宝焜;;振动筛设计的遗传算法[A];福建省科协第三届学术年会装备制造业专题学术年会论文集[C];2003年
8 何奉道;梁向阳;;基于遗传算法的机车周转图优化编制方法[A];1999年中国神经网络与信号处理学术会议论文集[C];1999年
9 刘忠凯;薛正辉;任武;李伟明;高本庆;;用遗传算法优化八木天线[A];2005'全国微波毫米波会议论文集(第二册)[C];2006年
10 汝勇;杨树强;;遗传算法在历史性约束组合优化问题中的应用[A];2010通信理论与技术新发展——第十五届全国青年通信学术会议论文集(上册)[C];2010年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 刘海英;蛋白质结构分析新技术创测定速度纪录[N];科技日报;2009年
2 记者 张孟军;美强力推动“蛋白质结构计划”[N];科技日报;2005年
3 记者 陈勇;免疫系统关键蛋白质结构被揭示[N];新华每日电讯;2000年
4 李文;在强气压下观察蛋白质结构[N];中国医药报;2003年
5 麦迪信;揭示感觉苦味的蛋白质结构[N];医药经济报;2003年
6 白木;家电产品结构预测[N];西南电力报;2001年
7 德功;生物钟“钟摆”蛋白质结构被发现[N];医药经济报;2004年
8 林京;《神经网络和遗传算法在水科学领域的应用》将面市[N];中国水利报;2002年
9 赛迪顾问股份有限公司 吕天文;2010年销售量有望突破百万台[N];中国计算机报;2006年
10 ;德国科学家发现V型蛋白质结构[N];中国高新技术产业导报;2001年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 张旭;具有拓扑结构布局优化的理论及算法[D];大连理工大学;2004年
2 廖平;基于遗传算法的形状误差计算研究[D];中南大学;2002年
3 周明;高新技术产业投资环境系统研究[D];西北工业大学;2006年
4 张需溥;小型化微带天线的设计与数值分析[D];上海大学;2004年
5 杨春成;空间数据挖掘中聚类分析算法的研究[D];解放军信息工程大学;2004年
6 方娟;基于移动代理的网格资源监控技术的研究[D];北京工业大学;2005年
7 崔晓芳;箱型结构焊接变形预测、控制及应用[D];大连交通大学;2005年
8 张材;薄带坯铸轧板形智能识别与控制系统研究[D];中南大学;2004年
9 田方;遗传算法的改进研究及其在压缩机性能分析与优化中的应用[D];东北大学;2006年
10 谷峰;柔性作业车间调度中的优化算法研究[D];中国科学技术大学;2006年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 朱奉梅;遗传算法在高校排课系统中的研究与应用[D];东北大学;2009年
2 孙晓丽;基于遗传算法的既有线平面及纵断面整正优化设计[D];中南大学;2010年
3 冯秋霞;解最小生成树问题的新的遗传算法[D];西安电子科技大学;2010年
4 郭佳;基于遗传算法的认知无线网络资源分配技术研究[D];西安电子科技大学;2010年
5 宋品;基于改进遗传算法的波束形成技术研究及其应用[D];西安电子科技大学;2010年
6 梁云静;基于遗传算法的主题爬虫搜索策略研究[D];湖北工业大学;2010年
7 高建兵;基于遗传算法的模糊推理控制系统的参数优化研究[D];辽宁工程技术大学;2011年
8 李振业;多向变异遗传算法及其优化神经网络的研究[D];华南理工大学;2011年
9 栾丽霞;遗传算法在潍坊商校排课系统的研究与应用[D];电子科技大学;2011年
10 王辉;基于改进遗传算法的物流配送路径优化研究[D];山东科技大学;2010年
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