收藏本站
收藏 | 投稿 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

拟穴青蟹线粒体COI基因序列克隆及SNPs位点分析

马群群  马洪雨  马春艳  崔海玉  马凌波  
【摘要】:根据拟穴青蟹(Scylla paramamosain)线粒体全序列设计引物,采用PCR产物双向测序法,克隆了线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因部分序列(761 bp),并筛选、分析了拟穴青蟹的SNPs位点。共分析了采自福建省宁德市的16只拟穴青蟹,另外,从GenBank数据库中下载了31条前人提交的拟穴青蟹COI基因序列(长度在425-522 bp之间)。利用MEGA4.0软件对所有序列进行比对分析,结果表明碱基T、C、A和G的平均含量分别为37.6%、17.8%、28.9%和15.7%,G+C的含量平均为33.5%。分析结果表明,在所克隆的761 bp的COI基因序列中共发现29个SNPs位点,其出现频率为3.8%。在这29个SNPs位点中,13个为C/T转换(占44.8%),12个为A/G转换(占41.4%),2个为A/T颠换(占6.90%),1个为G/C颠换(占3.45%),另有一个位点(201 bp处)发生了A/C颠换和C/T转换两种类型的碱基替换。氨基酸分析表明,在29个SNPs位点中,有9个位点属于非同义突变,引起了氨基酸的变化;其他20个位点属于同义突变,未引起氨基酸的变化。这将为拟穴青蟹遗传背景和群体遗传多样性研究提供新的分子标记。

知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前20条
1 陈丽梅,孔晓瑜,喻子牛,于珊珊,徐晖;3种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究[J];海洋科学;2005年08期
2 张凤英;马凌波;乔振国;陈立侨;;单个拟穴青蟹核内多拷贝线粒体COI假基因序列的研究(简报)[J];分子细胞生物学报;2008年02期
3 朱贵明;陈宏;卢建申;周艳荣;吴晓洁;陈红星;邓继先;;应用PCR-酶切连接法合成全长sFat1基因[J];遗传;2006年09期
4 陈子安;杜晓东;王庆恒;邓岳文;;3种星虫线粒体16S rRNA、COI和Cyt b基因片段的序列比较[J];广东海洋大学学报;2007年04期
5 刘广锦;陈绵绵;商可心;范洁;张炜;姚火春;陆承平;;利用16S-23S rDNA间隔区快速鉴定猪链球菌和马链球菌兽疫亚种[J];河北科技师范学院学报;2011年01期
6 丁鸽;张代臻;唐伯平;;基于mt COI和16S rDNA序列标记对陈旧组织标本的鉴定[J];四川动物;2010年04期
7 刘美芹;沈昕;卢存福;尹伟伦;;一种改进的固相扣除杂交法直接克隆全长差异表达基因[J];北京林业大学学报;2007年05期
8 蓝海云,王佑春,张华远,彭惠利,林京香,辜文洁,吴星,李河民;上海部分地区戊型肝炎病毒(HEV)基因型的分析[J];中国病毒学;2002年02期
9 国栋;范骁凌;王敏;;基于线粒体COI基因序列的挂墩稻弄蝶分类地位研究[J];华南农业大学学报;2010年02期
10 张龙岗;孟庆磊;安丽;董学飒;付佩胜;;两种鯻科鱼类线粒体16S rRNA基因片段序列分析[J];生物技术通报;2011年08期
11 陈爱辉;李朝霞;封功能;;基于线粒体COI基因序列的文蛤属(软体动物门:帘蛤科)系统发育关系(英文)[J];动物学研究;2009年03期
12 陈念;赵树进;;线粒体DNA序列分析鉴定4种蛇粗毒(英文)[J];时珍国医国药;2009年08期
13 吉鹏宇;沈琪;唐小林;张吕平;胡超群;;六个青蟹群体的线粒体16S rRNA和COI基因部分序列差异[J];海洋湖沼通报;2008年04期
14 池宇;王诗迪;张春田;;基于线粒体COI基因的双翅目昆虫研究进展[J];昆虫分类学报;2010年S1期
15 何玉凯;徐钤;张基增;;聚合酶链式反应(PCR)及其应用[J];国际遗传学杂志;1989年01期
16 雷忻;廉振民;雷富民;尹祚华;赵洪峰;;基于线粒体COI基因探讨鹟亚科部分属和种的分类地位[J];动物学研究;2007年03期
17 黄映萍;;锈斑蟳的COI基因序列的扩增和分析[J];中山大学研究生学刊(自然科学、医学版);2009年03期
18 张代臻;丁鸽;张华彬;唐伯平;;渤海湾口虾蛄线粒体COI基因的遗传多样性研究[J];南京师大学报(自然科学版);2010年04期
19 赵洪礼,程云,汪美先,马立人,刘耀清;用聚合酶链式反应扩增肾综合征出血热病毒基因组[J];第四军医大学学报;1990年06期
20 林炳辉;吕婷云;;聚合酶链式反应(PCR)的原理和应用[J];生物技术通报;1990年05期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 程剑;胡宝庆;文春根;;利用线粒体COI基因序列探讨蚌螨的系统发育[A];第五届广东、湖南、江西、湖北四省动物学学术研讨会论文摘要汇编[C];2008年
2 白丽萍;;线粒体DNA序列分析及其在法医学种属鉴定中的应用[A];加入WTO和中国科技与可持续发展——挑战与机遇、责任和对策(下册)[C];2002年
3 曹祥荣;刘伟;张锡然;王强;徐春茂;;毛冠鹿线粒体DNA序列的分析[A];中国遗传学会功能基因组学研讨会论文集[C];2006年
4 张剑宁;;散发轻中度非综合征型耳聋患者GJB2和线粒体12SrRNA基因突变及其听力学表型[A];2010全国耳鼻咽喉头颈外科中青年学术会议论文汇编[C];2010年
5 陈丽梅;孔晓瑜;喻子牛;于珊珊;徐晖;;3种蛏类线粒体16S rRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究[A];中国海洋湖沼学会、中国动物学会贝类学分会第十二次学术讨论会论文集[C];2005年
6 王广策;曾呈奎;;藻菌纲Achlya bisexualis两种不同的丙酮酸激酶基因(pyk1和pyk2)的发现以及全序列测定[A];新世纪 新机遇 新挑战——知识创新和高新技术产业发展(上册)[C];2001年
7 郝睿;王恩多;;人类线粒体tRNA~(Leu)(CUN)中存在T-茎的滑动现象[A];第四届全国RNA进展研讨会论文集[C];2005年
8 王跃明;游雪甫;蒋建东;;以线粒体凋亡途径为靶点的新型抗肿瘤药物[A];2007年全国生化与生物技术药物学术年会论文集[C];2007年
9 杨景华;张明方;;线粒体定位表达orf220基因介导的线粒体反向调控细胞质雄性不育发生的机制[A];中国园艺学会十届二次理事会暨学术研讨会论文摘要集[C];2007年
10 严庆丰;;核修饰基因MTO2调控线粒体DNA PR454突变表型表达研究[A];中国遗传学会第八次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编(2004-2008)[C];2008年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 叶中德;RFP13诱导细胞凋亡的调控[D];中国人民解放军军事医学科学院;2005年
2 康伟民;蛛网膜下腔出血急性期脑损伤和亚低温保护作用[D];天津医科大学;2006年
3 薛宏斌;运动训练预防小鼠帕金森病的神经生物学机理研究[D];中国人民解放军军事医学科学院;2007年
4 臧莹安;线粒体自由基在快大型黄羽肉鸡PHS防控中的应用[D];南京农业大学;2006年
5 贾利强;水稻侧根发育基因OsSLR1的克隆和功能研究[D];浙江大学;2008年
6 刘荭;聚合酶链式反应和基因芯片技术的研究及在主要水生动物病毒检疫和监测中的应用[D];华中农业大学;2004年
7 黄生强;SNP标记定位猪4号染色体QTLs及DECR1基因SNPs与猪经济性状关联研究[D];湖南农业大学;2010年
8 刘榜;15个猪品种MHCⅡ类区4个基因的SNPs分析及与免疫性状的关联[D];华中农业大学;2003年
9 刘希华;欧洲黑杨幼苗氮高效基因型及SNPs标记筛选研究[D];南京林业大学;2010年
10 王红星;弹性蛋白及其代谢通路相关基因SNPs及单体型与长沙汉族人群脑出血的关系研究[D];中南大学;2012年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 梁君妮;应用线粒体序列对几种海参的初步鉴定及其在海参深加工产品上的应用[D];中国海洋大学;2008年
2 付景;瓢虫科部分种类基于线粒体COI基因的系统发育与食性演化研究[D];陕西师范大学;2007年
3 周立石;鳎亚目鱼类系统学关系及带纹条鳎线粒体DNA控制区结构的初步研究[D];中国海洋大学;2005年
4 程剑;基于COI基因和ITS2基因序列对寄生蚌螨系统发育的研究[D];南昌大学;2008年
5 李涛;基于线粒体CoI基因序列的雀科鸟类分子系统发育[D];陕西师范大学;2008年
6 杨顺利;茶叶中β-葡萄糖苷酶基因cDNA克隆与序列分析[D];安徽农业大学;2003年
7 王宇平;扩张型心肌病与血小板活化因子乙酰水解酶基因的相关性研究[D];四川大学;2004年
8 张卫;雀形目15种鸟类CoI和Cyt b基因序列比较及伯劳属的系统发育[D];陕西师范大学;2007年
9 宁召峰;奶牛酵母菌性乳房炎的快速诊断及其中药治疗效果的研究[D];山东农业大学;2005年
10 戴黎华;不同的DNA制备方法对单细胞PCR扩增率和ADO率影响的比较研究[D];江西医学院;2005年
中国重要报纸全文数据库 前10条
1 吉林大学边疆考古研究中心 蔡大伟;家马的起源[N];中国文物报;2006年
2 奇云;“线粒体夏娃”何时走出“伊甸园”[N];大众科技报;2002年
3 李天舒;原发性高血压具有母系遗传特点[N];健康报;2007年
4 记者董映璧;细菌转变成线粒体的整个过程[N];科技日报;2002年
5 李学华;探究细胞“发电厂”的秘密[N];科技日报;2008年
6 ;中国科学院生物物理研究所科学家徐建兴教授探究呼吸链的奥秘独创线粒体超氧自由基代谢理论[N];大众科技报;2006年
7 朱进;神奇的DNA技术[N];人民公安报;2008年
8 曹丽君;英国批准培育“双母亲胚胎”[N];新华每日电讯;2005年
9 曹丽君;英批准培育“两母一父”胚胎[N];医药经济报;2005年
10 杨孝文;科学家研制基因注射剂“长生不老”不再是梦[N];江苏科技报;2007年
中国知网广告投放
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978