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《生物技术》 2017年04期
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肺癌中Hsa-miR-98靶基因生物信息学分析

杨毅  王兆松  牛瑞芳  
【摘要】:[目的]分析肺鳞癌中Hsa-miR-98的靶基因及参与的生物学过程和信号通路。[方法]分析TCGA中收录的肺鳞癌患者的Hsa-miR-98及生存数据,通过4个靶基因数据库和表达数据分析Hsa-miR-98靶基因,利用Bi NGO富集分析靶基因功能,通过DAVID数据库富集分析靶基因信号通路。[结果]高表达Hsa-miR-98延长肺鳞癌患者总生存率和无复发生存率。综合4个数据库分析结果,得到Hsa-miR-98的113个靶基因,其中82个在肺鳞癌患者癌与癌旁差异表达。GO分析表明4个基因参与细胞胶原的组成,59个基因参与细胞的生命活动,KEGG通路富集到7条通路,包括肿瘤发生发展、阿米巴运动、胞外基质的形成等。[结论]82个Hsa-miR-98靶基因通过7条信号通路,影响细胞生命活动,进而调控肿瘤发生发展,使高表达Hsa-miR-98患者生存期延长。
【作者单位】天津医科大学肿瘤医院天津市肿瘤研究所公共实验室国家肿瘤临床医学研究中心天津市肿瘤防治重点实验室天津市恶性肿瘤临床医学研究中心;
【关键词】肺鳞癌 Hsa-miR- 生物信息学 基因本体论 信号通路富集
【基金】:国家自然科学基金项目(“Anxa2介导IL-6诱导的SHP2/Erk和JAK2/STAT3信号通路激活并促进乳腺癌细胞上皮间质转化的分子机制研究”,No.81372844)
【分类号】:Q811.4;R734.2
【正文快照】:
微小RNA(MicroRNA,miRNA)是近来发现的真核细胞中的一类短的(21-23nt)非编码小RNA,它可以通过结合到mRNA的3’非编码区,调控基因转录效率或是使靶基因降解,进而来调控靶基因的表达情况[1-3]。从最早在隐杆线虫中发现至今[4],miRNA的研究越来越多[5],很多研究已经证实miR-NA调

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