新一代分子标记——SNPs及其应用

邹喻苹葛颂

【摘要】：单核苷酸多态性 (SNPs)是广泛存在于基因组中的一类DNA序列变异 ,其频率为 1%或更高。它是由单个碱基的转换或颠换引起的点突变 ,稳定而可靠 ,并通常以二等位基因的形式出现。采用生物芯片和DNA微阵列技术来检测SNP ,便于对基因组进行大幅度和高通量分析。因此 ,作为新一代分子标记 ,SNP在生物学诸多领域具有广阔应用前景。本文简要叙述SNPs技术的发展历史、研究动态以及相关的理论 ,介绍了与SNPs相关的基本术语、概念及其特点 ,列举了发现与检测SNPs主要技术的原理和方法 ,同时还根据一些具体实例介绍了SNPs在模式动、植物遗传图谱构建、品种鉴定、物种起源与亲缘关系、连锁不平衡与关联分析及其在群体遗传结构及其变化机制研究中的应用。最后展望了SNPs在群体遗传、分子育种和生物进化等研究领域中的应用前景

【作者单位】：中国科学院植物研究所系统与进化植物学重点实验室中国科学院植物研究所系统与进化植物学重点实验室
【关键词】： 单核苷酸多态性 原理和方法 现况和进展
【基金】：国家自然科学基金项目 ( 3 0 0 2 5 0 0 5 ) 国家重点基础研究发展规划“973”项目 (G2 0 0 0 0 4680 5 )
【分类号】：Q75
【正文快照】：

1　前言生命世界存在着极其丰富的多样性 ,这是人类早就认识到但迄今仍在试图解释的现象。如今 ,随着分子生物学的不断发展 ,来自分子水平的信息 ,尤其是海量的DNA序列数据为人们进一步认识和解释生命多样性提供了前所未有的机会。通常 ,基因组DNA序列存在三种类型的天然变异

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	【引证文献】
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前8条

1	余东亮;钟伯雄;傅衍;汪旭升;;家蚕品种P50和C108后部丝腺的表达序列标签及单核苷多态性比较[J];蚕业科学;2005年04期
2	王军,谢皓,郭二虎,李爱军,范慧萍;DNA分子标记及其在谷子遗传育种中的应用[J];北京农学院学报;2005年01期
3	王忠华;;DNA指纹图谱技术及其在作物品种资源中的应用[J];分子植物育种;2006年03期
4	霍艳军;陈宠霞;金一;;SNPs标记技术及其在牛遗传育种中的应用[J];现代畜牧兽医;2006年06期
5	黄建安;黄意欢;罗军武;李家贤;龚志华;刘仲华;;茶树多酚氧化酶基因的SNP分析[J];湖南农业大学学报(自然科学版);2007年04期
6	曾晓起,胡自民,段德麟;核酸分析技术在红藻分子系统学研究中的应用[J];中国海洋大学学报(自然科学版);2005年06期
7	朱秀志,彭正松,向成华;SNPs分析技术及其在小麦遗传育种中的应用[J];天津农业科学;2005年01期
8	李冬梅;朱根发;叶庆生;;分子标记在花卉种质资源研究中的应用(综述)[J];亚热带植物科学;2005年04期

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前8条

1	代君丽;我国普通小麦品种抗条锈病新基因的发掘和分子作图[D];西北农林科技大学;2005年
2	张新叶;杨树抗黑斑病相关基因表达谱分析[D];南京林业大学;2005年
3	黄建安;茶树分子遗传图谱构建及多酚氧化酶基因的SNP研究[D];湖南农业大学;2004年
4	崔永兰;石蒜属植物cDNA文库构建与表达序列标签（EST）分析[D];南京林业大学;2004年
5	樊守金;盐芥居群遗传多样性及分子进化研究[D];山东师范大学;2007年
6	黄富;水稻抗稻瘟病种质资源筛选评价及改造利用[D];四川农业大学;2006年
7	汪保华;湘杂棉2号强优势组合杂种优势表现的遗传机理研究[D];南京农业大学;2006年
8	陈磊;基于分子标记的刺苦草在长江中下游湖泊的种群动态与维持研究[D];中国科学院研究生院（武汉植物园）;2007年

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前10条

1	闫龙;木豆种质资源遗传多样性分析[D];中国农业科学院;2005年
2	陈吉宝;小麦TaDREB1基因的单核苷酸多态性及其与抗旱性的关系[D];西北农林科技大学;2005年
3	王炳艳;FcRn作为猪初乳中IgG浓度候选基因的分析[D];中国农业大学;2005年
4	常祥祯;峨眉冷杉和几种美国冷杉的杂交试验及杂种检测[D];北京林业大学;2004年
5	刘锐;LPL作为鸡脂肪性状候选基因分析[D];中国农业大学;2004年
6	孙雪梅;菜心种质资源遗传多样性的ISSR分析[D];西南大学;2008年
7	吴鑫;柑桔DNA指纹图谱库的构建与分析[D];西南大学;2008年
8	肖祖梅;观赏南瓜种质资源遗传多样性的RAPD和ISSR分析[D];西南大学;2008年
9	刘晓燕;濒危植物华东黄杉遗传多样性分析及保育[D];南昌大学;2007年
10	温爱萍;有机阴离子转运多肽1B1遗传多态性对普伐他汀药代动力学的影响[D];中国协和医科大学;2007年

	【共引文献】
	【共引文献】

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前10条

1	李宏伟,高丽锋,刘曙东,贾继增;用EST-SSR检测不同年代小麦育成品种基因多样性的变化趋势[J];西北植物学报;2005年01期
2	何水林,郑金贵;农业生物技术在作物品质改良中的应用[J];福建农业大学学报;2000年03期
3	何风华,曾瑞珍,席章营,Akshay Talukdar,张桂权;不同Waxy基因型水稻的遗传多样性[J];分子植物育种;2003年02期
4	王丰;杂交稻品质性状遗传研究进展[J];广东农业科学;2005年05期
5	张青林,罗正荣;ISSR及其在果树上的应用[J];果树学报;2004年01期
6	戚华雄,陈志军,张建华,李国荣;稻米直链淀粉含量的分子检测技术[J];湖北农业科学;2001年05期
7	陈跃进;水稻直链淀粉含量的分子遗传研究[J];湖南农业大学学报(自然科学版);2002年03期
8	廖晓兰,朱水芳,罗宽;基因突变和单核苷酸多态性分析技术新进展[J];湖南农业大学学报(自然科学版);2002年05期
9	吴殿星,段智英,舒庆尧,沈圣泉,韩娟英,夏英武;水稻胚乳突变体的诱发及其微卫星分子标记鉴定[J];核农学报;2003年03期
10	夏明元,李进波,张建华,万丙良,戚华雄;利用分子标记辅助选择技术选育具有中等直链淀粉含量的早稻品种[J];华中农业大学学报;2004年02期

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前2条

1	曾瑞珍;张泽民;张桂权;;利用微卫星标记鉴定水稻Wx座位上的复等位基因[A];作物科学研究理论与实践——'2000作物科学学术研讨会文集[C];2001年
2	戚华雄;李进波;张建华;夏明元;万丙良;;水稻直链淀粉含量分子标记辅助育种[A];2003年全国作物遗传育种学术研讨会论文集[C];2003年

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前10条

1	吴殿星;标记辅助选择改良稻米淀粉品质[D];浙江大学;2001年
2	方平平;优质杂交籼稻品质遗传及辐射诱变效应研究[D];福建农林大学;2001年
3	冯英;水稻DH群体的构建与微卫星标记分析[D];浙江大学;2002年
4	谈移芳;汕优63遗传改良的部分性状遗传学基础分析[D];华中农业大学;2000年
5	廖晓兰;几种植物病原原核生物实时荧光PCR检测方法的研究[D];湖南农业大学;2003年
6	朱振东;小麦抗白粉病新基因的发现[D];中国农业科学院;2003年
7	朱永生;云南稻三磅七十箩抗稻瘟病基因分析[D];华中农业大学;2003年
8	陈秀花;转反义Sbe基因提高稻米直链淀粉含量的研究[D];扬州大学;2003年
9	杨新泉;六倍体小麦（AABBDD）SSR标记遗传差异及HMW-GS多态性比较分析[D];中国农业大学;2004年
10	高丽锋;表达序列标签（ESTs）中开发的SSRs和SNPs标记及其应用[D];中国农业科学院;2003年

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前10条

1	厉建萌;稻米主要品质性状的QTL定位及其相关性研究[D];南京农业大学;2001年
2	张光恒;稻谷粒型、稻米胚及延伸性性状遗传分析[D];浙江大学;2002年
3	刘南南;根癌农杆菌介导的反义waxy基因对籼稻遗传转化的研究[D];东北农业大学;2003年
4	李浩杰;分子标记辅助选择改良G46米质的研究[D];四川农业大学;2003年
5	张建勇;水稻品种遗传多样性分析及杂交水稻指纹图谱构建[D];四川农业大学;2003年
6	刘爱秋;分子标记辅助选择和转反义Wx基因改良稻米淀粉品质[D];四川农业大学;2003年
7	赵守环;水稻RFLP-SSR连锁图谱的构建和稻米品质的QTL定位[D];福建农林大学;2003年
8	李宏伟;小麦EST-SSRs在其他作物中的通用性及96份小麦材料的遗传多样性检测[D];西北农林科技大学;2003年
9	蒋佩琪;水稻早熟基因显性抑制基因的遗传分析和分子标记定位[D];四川大学;2003年
10	吕英海;利用反义蜡质基因改良杂交稻食味品质的研究[D];上海师范大学;2004年

	【同被引文献】
	【同被引文献】

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前10条

1	王化坤;娄晓鸣;章镇;;叶绿体微卫星在植物种质资源研究中的应用[J];分子植物育种;2006年S1期
2	罗文永,胡骏,李晓方;微卫星序列及其应用[J];遗传;2003年05期
3	张培江,才宏伟,李焕朝,杨联松,孙传清,占新春,白一松,胡兴明,许传万;利用RFLP标记水稻亲本遗传差异及其在杂种优势中的利用[J];安徽农业科学;2001年01期
4	刘明,王继华,王同昌;DNA分子标记技术[J];东北林业大学学报;2003年06期
5	黄育民,王侯聪,马磊;利用SSR标记辅助选择杂交组合亲本[J];分子植物育种;2004年01期
6	陆美芳,刘巧泉,陈秀花,于恒秀,王宗阳,顾铭洪;反义Wx基因导入我国常规籼稻品种的研究[J];扬州大学学报(农业与生命科学版);2003年03期
7	杨足君,舒焕麟,李光蓉;利用种子储藏蛋白电泳分析小麦材料SY95-71及其亲本的遗传变异[J];四川农业大学学报;2000年01期
8	兰秀锦,魏育明,郑有良,刘登才,周永红;中国半野生小麦的酯酶同工酶分析[J];四川农业大学学报;2001年02期
9	张修军;微生物融合重组子的鉴定——DNA分子检测技术[J];生物学杂志;1999年02期
10	向太和,汪秀峰,李莉,吴家道,杨剑波;利用RAPD标记对我国主栽的汕优杂交稻和其亲本进行区别和鉴定[J];作物学报;2000年03期

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前4条

1	DEL PIANO L.;ABET M.;SORRENTINO C.;COZZOLINO E.;CUCINIELLO A.;孙希芳;;ISSR标记烟属不同种的遗传图谱[A];2004年CORESTA会议第58届烟草科学研究会议论文集[C];2004年
2	赵建军;王晓武;Guusje.Bonnema;Dick.Vreugdenhil;Maarten.Koornneef;许泽永;孙日飞;;白菜类作物(Brassica.rapa)遗传多样性的AFLP分析[A];蔬菜分子育种研讨会论文集[C];2004年
3	王国臣;张凤兰;余阳俊;张德双;赵岫云;;与大白菜桔红心基因紧密连锁的SCAR标记[A];中国园艺学会第十届会员代表大会暨学术讨论会论文集[C];2005年
4	王益;左云娟;周世良;;茶微卫星引物的开发[A];全国茶业科技学术研讨会论文集[C];2007年

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前10条

1	徐睿;解偶联蛋白2基因多态性与日本人肥胖的关系[D];第四军医大学;2005年
2	张永生;玉米遗传图谱构建和花粉管通道法转化玉米的研究[D];山东大学;2005年
3	曹永国;SSR标记在玉米杂种优势及遗传图谱中的应用研究[D];中国农业科学院;2000年
4	袁有禄;棉花优质纤维特性的遗传及分子标记研究[D];南京农业大学;2000年
5	刘二明;水稻品种与稻瘟病菌的遗传多样性及稻瘟病持续控制研究[D];四川农业大学;2001年
6	杨俊品;玉米分子遗传图谱构建及数量性状基因定位[D];四川农业大学;2001年
7	赵志辉;鸡下丘脑组织和猪脂肪组织表达序列标签的研究与分析[D];中国人民解放军军需大学;2001年
8	高蓝;RAPD法鉴定番茄杂种纯度及番茄WO和TM-2基因RAPD标记的研究[D];西北农林科技大学;2001年
9	姚芳杰;金顶侧耳基因连锁图谱与双—单交配机制解析及高温型菌株选育研究[D];吉林农业大学;2002年
10	李华;中国猪种SLA-DQB基因外显子2的遗传多样性及进化机制研究[D];四川农业大学;2002年

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前10条

1	王懿;低氧等应激对促红细胞生成素（Epo）的影响及NF-κB的调节[D];浙江大学;2006年
2	唐娟娟;黄山松分子标记图谱构建及群体遗传多样性分析[D];浙江大学;2002年
3	赵阿风;马尾松无性系指纹图谱构建[D];南京林业大学;2005年
4	陈德学;马尾松种子园无性系遗传多样性研究[D];南昌大学;2005年
5	刘爱萍;中国12个省（区）马尾松主要种质资源的RAPD与ISSR分析[D];福建农林大学;2007年
6	赵文生;三个中国小麦条锈菌鉴别寄主抗性遗传基础研究[D];中国农业科学院;2000年
7	孙志民;冰草属植物的收集与遗传多样性研究[D];中国农业科学院;2000年
8	张玉明;不结球白菜耐热性鉴定的研究[D];南京农业大学;2000年
9	沈程文;茶树安化云台山种有性个体基因组差异的研究[D];湖南农业大学;2001年
10	牛玉红;谷子抗除草剂基因Srf的分子标记[D];河北农业大学;2001年

	【二级引证文献】
	【二级引证文献】

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前3条

1	赵超艺;周李华;罗军武;黄建安;谭和平;;广东茶树种质资源AFLP分析[J];茶叶科学;2006年04期
2	曾贞;罗军武;晏嫦妤;;国内外茶树品种的利用研究[J];福建茶叶;2006年02期
3	朱伟锋;蔡贵庆;黄艳梅;徐基清;区敬华;伍新尧;;SNP分型前的PAGE检测[J];生物技术;2006年05期

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前1条

1	郭艳青;许尚忠;孙宝忠;高雪;任红艳;陈金宝;;牛LPL基因的遗传变异与肉品质性状的关联分析[A];第十次全国畜禽遗传标记研讨会论文集[C];2006年

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前7条

1	洑香香;杉木茎段皮层基因表达分析[D];南京林业大学;2006年
2	高彩球;NaHCO_3胁迫下刚毛柽柳基因表达谱的建立及相关基因的克隆[D];东北林业大学;2007年
3	张燕梅;杨盘二孢菌诱导的杨树差异表达基因的功能分析和染色体定位[D];南京林业大学;2007年
4	陈宏权;鹅胴体和羽绒性状候选基因的研究[D];湖南农业大学;2007年
5	刘琴;东方巴贝斯虫cDNA文库构建及其应用[D];华中农业大学;2007年
6	沈程文;广东茶树种质遗传多样性的形态和分子评价及其亲缘关系研究[D];湖南农业大学;2007年
7	富昊伟;水稻伽玛射线辐射诱变：突变体质量保证与若干重要突变性状的研究[D];浙江大学;2008年

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前10条

1	高磊;忽地笑叶相关基因表达及克隆分析[D];南京林业大学;2006年
2	何秋伶;长筒石蒜花瓣cDNA文库构建与表达序列标签（ESTs）分析[D];南京林业大学;2006年
3	李飞;水稻bel基因区域的单核苷酸多态性及bel基因的精细定位[D];南昌大学;2006年
4	周李华;广东茶树种质资源遗传多样性AFLP分析[D];湖南农业大学;2006年
5	李旻;用SSR及ISSR对白僵菌遗传多样性的研究[D];安徽农业大学;2006年
6	陈璐;海参肌肉组织全长cDNA文库的构建及初步鉴定[D];中国海洋大学;2006年
7	张敏;贵州省部分小麦种质资源SSR遗传多样性研究及指纹图谱构建[D];贵州大学;2007年
8	赵翀;披碱草属植物AFLP体系建立与不同海拔下穗部形态变异分析[D];甘肃农业大学;2007年
9	姜自红;珍珠黄杨遗传多样性研究及保护对策[D];南京林业大学;2007年
10	李炟;马尾松SSR引物开发[D];南京林业大学;2007年

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前10条

1	马群群;马洪雨;马春艳;崔海玉;马凌波;;拟穴青蟹线粒体COI基因序列克隆及SNPs位点分析[J];生物技术通报;2011年07期
2	;[J];;年期
3	;[J];;年期
4	;[J];;年期
5	;[J];;年期
6	;[J];;年期
7	;[J];;年期
8	;[J];;年期
9	;[J];;年期
10	;[J];;年期

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前10条

1	邹喻苹;葛颂;;新一代分子标记——SNPs及其应用[A];中国植物学会七十周年年会论文摘要汇编（1933—2003）[C];2003年
2	;Development and application of rice whole genome single nucleotide polymorphisms (SNPs) detection platforms[A];第十一届全国植物基因组学大会摘要集[C];2010年
3	陈慧;黄巍;杨渝珍;;基于PCR衍生技术和寡核苷酸芯片的SNPs检测方法的改良[A];湖北省暨武汉生物化学与分子生物学学会第八届会员代表大会和第十五次学术年会论文摘要汇编[C];2004年
4	曹红鹤;吴常信;张沅;;21世纪推动人类和动物基因组项目发展的新技术——以DNA芯片为基础的SNPs标记[A];畜牧兽医事业的发展和人类健康——21世纪畜牧兽医生产和科学技术论坛会文集[C];1999年
5	徐来祥;刘娟;孔繁华;张知彬;;大仓鼠种群年际之间AJ532562座位的SNPs研究[A];第二届全国野生动物生态与资源保护学术讨论会论文摘要集[C];2005年
6	陈争;张永科;范安;张亚男;吴艳平;赵倩君;周璨林;毛新民;藏玉亮;叶尔哈孜;哈森别克;爱哈布德力;卡马力亚;梁玲;古力努尔;马月辉;饶绍奇;;γ染色体单倍型群频率分布揭示新疆阿勒泰地区图瓦人的种族起源[A];中国遗传学会第八次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编（2004-2008）[C];2008年
7	周晶;王邦康;吕婴;沈岩;陈育才;;中国汉族人群生长激素受体基因SNPs与颅面形态的相关性[A];第四军医大学口腔医院2004第七届全国口腔正畸学术会议论文汇编[C];2004年
8	马琳琳;薛雅丽;刘彦;王哲;崔晓波;时文涛;傅松滨;;中国15个人群中ADH基因遗传变异的研究[A];中国的遗传学研究——中国遗传学会第七次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编[C];2003年
9	张细权;聂庆华;杨关福;刘德武;雷明明;;动物单核苷酸多态性研究[A];中国的遗传学研究——中国遗传学会第七次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编[C];2003年
10	张成孝;;Fluorescent identification of four mutation products of SNPs using a abasic site-containing DNA strand and four fluorescent ligands[A];第六届海峡两岸分析化学会议摘要论文集[C];2010年

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前10条

1	本报记者李雪墨李斌;单体型图破解人类基因组奥秘[N];医药经济报;2003年
2	本报记者游雪晴;解读“生命天书”更重要[N];科技日报;2000年
3	本报记者张荔子;生物信息学——解读“天书”的钥匙[N];健康报;2001年
4	向杰;方寸芯何以跨海越洋[N];科技日报;2005年
5	严飞;生物信息学新世纪的新科学[N];大众科技报;2002年
6	菲林;冠状动脉疾病早发线索被发现[N];中国医药报;2003年
7	英潮;生物信息学演绎“变脸”[N];中药报;2002年
8	易之;DNA芯片技术探秘[N];北京科技报;2001年
9	;生物芯片市场2004 33亿美元拿下[N];医药经济报;2001年
10	;科学家最新发现一个骨质疏松症遗传性风险因子[N];中国高新技术产业导报;2003年

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前1条

1	王焕岭;从猪胚胎骨骼肌cDNA文库中分离、定位新基因并分析部分基因的功能[D];华中农业大学;2006年

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前10条

1	刘旭东;牙鲆HSP70与HSC70基因的克隆、表达及其SNPs与耐热性状的相关性分析[D];中国海洋大学;2011年
2	赵庆华;大仓鼠（Tscherskia triton）种群年际遗传变异与生态适应研究[D];曲阜师范大学;2007年
3	周妙妮;中国人HD EDNRB/EDN3基因突变筛选及RET+3位点的多态性分析[D];浙江大学;2006年
4	瞿秀华;正相杂交型SNP检测芯片用于近交系小鼠遗传监测[D];第二军医大学;2006年
5	肖力宏;苦苣苔种群的分子生态学与进化研究[D];内蒙古大学;2005年
6	王东宽;黑线仓鼠PRLR基因的克隆及SNPs分析[D];曲阜师范大学;2009年
7	张利博;牛Nramp1基因5'端调控区的启动子功能和SNPs分析[D];吉林大学;2009年
8	陈刚;黄瓜性别表达相关分子标记的研究[D];湖南农业大学;2007年
9	张舰文;石油烃对马粪海胆酶活性的影响及基因的SNPS分析[D];大连海事大学;2010年
10	杜玉涛;中华民族全基因组中单核苷酸多态性的初步分析[D];河北医科大学;2003年

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