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《生命的化学》 2005年01期
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大规模蛋白质功能预测方法的进展

曾岚  徐晋麟  李亦学  石铁流  
【摘要】:全基因组测序的快速发展在获得大量序列信息的同时也迫切需要获取功能信息,用生物信息学方法进行大规模蛋白质功能预测在这种需求中获得发展。这些预测方法从基于序列同源性发展到基于genomic -context获得功能相关蛋白质对。基于genomic- context的方法具体有基因融合、染色体邻近、相似系统发生谱等。由于各种方法的偏向性,最新的趋势是整合多种方法的数据,组成蛋白质相互作用网络,通过分析网络的结构进行蛋白质功能预测。
【作者单位】上海交通大学生命科学技术学院 上海交通大学生命科学技术学院 中国科学院上海生命科学研究院生命信息中心 中国科学院上海生命科学研究院生命信息中心
【关键词】功能预测 genomic-context 网络
【基金】:国家高科技(863)资助项目(No.2002AA231051,No.2001AA231011)
【分类号】:Q51
【正文快照】:
全基因组测序的快速发展使我们获得越来越多的基因序列信息,但是这些基因相应的功能信息仍然十分缺乏。公认的研究少量目标蛋白质以确定其功能的传统方法费时费力,已经远远落后于基因组学高速发展的要求。生物信息学方法在这种需求中得到发展,并在基因组功能注释中发挥了重要

【引证文献】
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 郭雨珍;蛋白质结构预测和比较的优化研究[D];大连理工大学;2007年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前2条
1 解伟,王翼飞;蛋白质折叠的计算机模拟[J];上海大学学报(自然科学版);2000年02期
2 王勇;詹钟炜;吴凌云;章祥荪;;改进的自组织映射(SOM)蛋白质折叠算法和计算实现[J];系统科学与数学;2005年05期
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 靳利霞;蛋白质结构预测方法研究[D];大连理工大学;2002年
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 吴加金,李伍举,雷红星,孙涛;核酸和蛋白质序列分析的软件系统——GOLDKEY[J];生物技术通讯;1994年04期
2 田立峰,戴建凉,黄达蔷,付旭平,沈健民,范俊,张雷,马良宵,谢毅,毛裕民;2813条全长人类新基因编码蛋白质的功能预测[J];复旦学报(自然科学版);2000年06期
3 叶玉珍,解涛,丁达夫;蛋白质功能基团三维模体及其应用[J];科学通报;2000年12期
4 石嵘,马文丽,郑文岭;后基因组研究中蛋白结构与功能的预测[J];生物技术通报;2002年03期
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7 尹海芳,樊宝良,赵志辉,刘兆良,费菁,李宁;猪腮腺分泌蛋白基因序列和蛋白结构比较分析及组织表达谱鉴定[J];科学通报;2003年13期
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中国重要会议论文全文数据库 前10条
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4 尹文兵;黄勤妮;印莉萍;;水稻缺铁胁迫下信号体相关基因初探[A];中国植物生理学会第九次全国会议论文摘要汇编[C];2004年
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9 窦永喜;景志忠;侯俊玲;张强;骆学农;蒙学莲;才学鹏;;猪CD_(58)分子基因克隆、表达及其结构功能预测[A];中国畜牧兽医学会2006学术年会论文集(上册)[C];2006年
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中国重要报纸全文数据库 前5条
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中国博士学位论文全文数据库 前4条
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中国硕士学位论文全文数据库 前10条
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2 张亮;林麝、马麝SRY基因的克隆与编码蛋白质的结构、功能预测及其在系统进化分析中的应用[D];四川大学;2004年
3 闫莉婕;水稻缺铁上调基因中与膜泡运输相关基因Sec27p、ARHI的克隆、亚细胞定位与功能分析[D];首都师范大学;2005年
4 桑新华;拟南芥CBF3等位基因的功能分析以及地被植物再生体系的建立[D];中国农业大学;2005年
5 刘珍;蛋白质组学中的生物信息学研究[D];湖南师范大学;2005年
6 陈霄;β-氨基丁酸诱导番茄根部基因的表达及其功能初步分析[D];中国农业科学院;2005年
7 刘召锋;胃癌相关基因的筛选及其功能预测[D];曲阜师范大学;2006年
8 黄艳岚;马铃薯花青素转录激活基因的克隆与序列分析[D];华南热带农业大学;2006年
9 罗志文;HCMV UL49基因全长cDNA序列的克隆及其生物信息学分析[D];暨南大学;2006年
10 练智超;预测生物序列功能的自动方法研究[D];吉林大学;2008年
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