收藏本站
《生物化学与生物物理学报》 2003年04期
收藏 | 投稿 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

预测转录单位基础上的原核生物启动子预测(英文)

林建成  徐晋麟  骆建华  李亦学  
【摘要】:启动子及转录单位预测对于了解基因间的功能及相互间的调节关系具有重要的作用 ,这方面的研究一直是生物信息学的一个重要方向 ,但预测的准确率一直都很有限。本文建立了在转录单位预测基础上进行原核生物启动子预测的新方法 ,首先根据基因间距离、功能关系及多基因比对结果来进行转录单位预测 ,得到了比较理想的结果 ,而且对于研究得比较透和研究得较少的基因组都适用。其后在转录单位预测结果基础上进行启动子预测则采用了隐Markov链模型 ,并在Markov链中考虑状态驻留时间。结果显示 ,该方法能有效地预测出启动子序列及其位置 ,准确率达到 70 %以上。

手机知网App
【引证文献】
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 朱莉;苏云金芽胞杆菌γ-氨基丁酸代谢旁路相关基因簇的结构与功能研究[D];中国农业科学院;2007年
中国硕士学位论文全文数据库 前1条
1 杜胜军;不同GC含量的背景序列集在顺式调控模块预测模型中的比较研究[D];中国协和医科大学;2007年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 王正华,王勇献;后基因组时代生物信息学的新进展[J];国防科技大学学报;2003年01期
2 马文丽;费嘉;;后基因组时代的生物芯片技术[J];医学分子生物学杂志;2005年06期
3 邢德峰,任南琪,宫曼丽;PCR-DGGE技术解析生物制氢反应器微生物多样性[J];环境科学;2005年02期
4 吴家睿;后基因组时代的病毒研究[J];科学通报;2004年03期
5 钟绮丽,于波,程滨珠,廖康煌;变性梯度凝胶电泳和单链构象多态性分析检测皮肤癌p16、p53基因突变[J];中国麻风皮肤病杂志;2004年02期
6 罗丽娟,施季森;一种DNA侧翼序列分离技术——TAIL-PCR[J];南京林业大学学报(自然科学版);2003年04期
7 张利绒,罗辽复;线虫基因组外显子与内含子序列特征研究[J];内蒙古大学学报(自然科学版);2002年04期
8 陈颖丽,李前忠;用离散量预测原核生物蛋白质的亚细胞位置[J];内蒙古大学学报(自然科学版);2003年05期
9 鲍卫华,李前忠;预测线虫和酵母基因组中内含子、外显子及基因间序列的离散增量方法[J];内蒙古大学学报(自然科学版);2004年01期
10 张利绒,罗辽复;多样性指标用于基因中剪切位点的识别[J];生物化学与生物物理进展;2004年01期
中国博士学位论文全文数据库 前2条
1 熊清;真核启动子预测[D];重庆大学;2004年
2 童庆;面向基因预测的信息处理方法研究[D];中国科学技术大学;2006年
中国硕士学位论文全文数据库 前1条
1 汤玲;基于HMM模型的语音识别系统研究[D];国防科学技术大学;2005年
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 沈定树;余方友;;肠出血性大肠埃希菌O157:H7及其质粒O157的研究进展[J];中国卫生检验杂志;2011年06期
2 俞燕;;脂蛋白Cj0091执行空肠弯曲杆菌的黏附功能[J];中国家禽;2011年14期
3 朱娟;伍勇;;表皮葡萄球菌生物被膜形成的基因调控机制研究进展[J];临床检验杂志;2011年04期
4 陈倩;苏建强;叶军;朱永官;;微生物砷还原机制的研究进展[J];生态毒理学报;2011年03期
5 李月;傅楠;叶江;张惠展;;yigP——大肠杆菌生长所必需的基因[J];华东理工大学学报(自然科学版);2011年04期
6 黄静玮;汪铭书;程安春;;沙门氏菌分子生物学研究进展[J];中国人兽共患病学报;2011年07期
7 陈曦伟;崔玉东;张华;曹宏伟;;金黄色葡萄球菌生物膜形成的研究进展[J];黑龙江畜牧兽医;2011年11期
8 ;[J];;年期
9 ;[J];;年期
10 ;[J];;年期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 陆祖军;曹勇强;隆文杰;武波;;费氏中华根瘤菌(Sinorhizobium fredii HN01)与无机硫代谢相关操纵子的初步研究[A];第二届中国青年学者微生物遗传学学术研讨会论文集[C];2006年
2 毛旭明;程良英;黄霄檬;李永泉;;天蓝链霉菌sigT操纵子功能研究[A];2008年中国微生物学会学术年会论文摘要集[C];2008年
3 黄长武;邱君凤;许颂霄;;表皮葡萄球菌粘附机制的研究[A];中华医院管理学会第十届全国医院感染管理学术年会论文汇编[C];2003年
4 毛旭明;周展;冯微宏;汪智彬;李永泉;;天蓝色链霉菌中ECF sigma因子SigT转录后调控机制研究[A];2010年第四届全国微生物遗传学学术研讨会论文摘要集[C];2010年
5 李明;韩静;刘海龙;向华;;极端嗜盐古菌中CRISPR的进化分析[A];2010年第四届全国微生物遗传学学术研讨会论文摘要集[C];2010年
6 韩文君;古静燕;李俊刚;顾谦群;吴志红;李越中;;海洋细菌Flammeovirga yaeyamensis MY04分泌型多糖降解酶的基因克隆与序列分析[A];2010年第四届全国微生物遗传学学术研讨会论文摘要集[C];2010年
7 黄奇洪;初明珠;李彦生;倪金凤;申玉龙;;硫化叶菌Sulfolobus Mre11/Rad50关联蛋白体内功能的初步研究[A];2010年第四届全国微生物遗传学学术研讨会论文摘要集[C];2010年
8 方艳红;孙裴;魏建忠;王桂军;李郁;;沙门菌毒力基因研究进展[A];中国畜牧兽医学会食品卫生学分会第十一次学术研讨会论文集[C];2010年
9 陈劲秋;;单链DNA结合蛋白——一个研究蛋白-DNA相互作用的模式系统(英文)[A];生命科学与生物技术:中国科协第三届青年学术年会论文集[C];1998年
10 田海霞;景传勇;;SERS和FTIR技术在抗砷菌研究中的应用[A];第六届全国环境化学大会暨环境科学仪器与分析仪器展览会摘要集[C];2011年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 秦金红;钩端螺旋体表达谱的研究及噬菌体片段转录调控表达研究[D];四川大学;2006年
2 马勤;原核生物中调节子的研究和预测[D];山东大学;2010年
3 Mulwahali Wambale José(万巴利);基于λ red系统的大肠埃希菌基因及操纵子重组突变体的构建[D];吉林大学;2010年
4 朱新星;分枝杆菌基因组信息分析平台的设计、构建和实现[D];浙江大学;2009年
5 段云霞;产核黄素工程菌B. subtilis PY的代谢工程研究[D];天津大学;2009年
6 赵晓丽;基于DNA环调控的rrnB P1嵌合启动子表达载体的构建及应用[D];南京农业大学;2010年
7 朱春红;肠炎沙门氏菌SEF14菌毛功能探索[D];扬州大学;2010年
8 徐潇;霍乱弧菌ToxR调控单元中毒力基因的调控机制研究[D];中国疾病预防控制中心;2010年
9 邱宁;苏云金芽胞杆菌YBT-1520基因组中插入序列组的研究[D];华中农业大学;2010年
10 杨亮;铜绿假单胞菌中RND外排泵基因表达调节和功能研究[D];西北大学;2010年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 王俊姝;大肠杆菌操纵子改造及其应用初步研究[D];山东大学;2010年
2 李江江;嗜酸氧化亚铁硫杆菌petⅡ操纵子调节蛋白的鉴定和功能研究[D];中南大学;2011年
3 金富平;关联技术挖掘基因相互作用关系的研究[D];电子科技大学;2010年
4 朱涛;嗜铁钩端螺旋菌Leptospirillum ferriphilum UBK03抗镍操纵子表达调控机理研究[D];中国农业科学院;2011年
5 周军智;大肠杆菌磷酸烯醇式丙酮酸—糖磷酸转移酶系统(PTS系统)分子改造及敲除菌性能测定[D];安徽师范大学;2010年
6 张繁;结核分枝杆菌哺乳动物细胞入侵因子mce家族Rv0590A基因的性质及功能研究[D];西南大学;2011年
7 尹向田;解淀粉芽孢杆菌PEBA20与细菌群体行为相关基因研究[D];山东农业大学;2011年
8 朱娟;细菌生物被膜耐药及形成相关基因调控机制的研究[D];中南大学;2011年
9 汪屹;大肠杆菌sRNA编码基因yigP结构与功能研究[D];华东理工大学;2012年
10 王春晖;肠出血型大肠埃希菌O157:H7 EspF蛋白诱导细胞凋亡功能研究[D];南方医科大学;2012年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026