收藏本站
收藏 | 投稿 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

宫颈鳞状细胞癌中差异表达环状RNA筛选及生物信息学分析

朱小青  罗枫  
【摘要】:目的筛选宫颈鳞状细胞癌中差异表达的环状RNA(circRNA),并对其结合的miRNA及下游mRNA进行生物信息学分析。方法 GEO数据库查找宫颈鳞状细胞癌circRNA表达谱芯片,利用GEO2R软件分析芯片,获得差异表达的circRNA,选择表达上调、下调最显著的5个circRNA。利用CSCD网站预测circRNA结合的miRNA,进一步通过三个生物信息学网站(miRDB、Target Scan、RNAInter)联合预测miRNA下游的mRNA,并对其进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析。应用STRING在线工具分析预测出的靶基因的PPI网络,将数据输出并导入Cytoscape软件,通过MCODE插件筛选关键基因。用Kaplan-Meier Plotter在线数据库,分析关键基因表达水平与宫颈鳞状细胞癌预后的关系。结果宫颈鳞状细胞癌组织中差异表达的circRNA共199个,其中表达上调91个、下调108个。表达显著上调及下调的5个circRNA下游共预测出415个mRNA。GO及KEGG分析结果显示,这些mRNA主要参与转录调控、DNA模板、凋亡等生物学进程;主要参与p53信号通路、缝隙连接信号通路、趋化因子信号途径等。共筛选出6个关键基因(KLHL11、NMU、PARP11、CPLX2、RTKN2、LY6G6C),其中KLHL11高表达、LY6G6C低表达提示患者预后不佳。KLHL11对应的上游miRNA及circRNA分别是hsa-miR-132-3p、hsa_circ_0031027; LY6G6C对应的上游miRNA及circRNA分别是hsa-miR-4747-5p、hsa_circ_0075341。结论宫颈鳞状细胞癌组织中差异表达circRNA所结合miRNA的下游靶基因中,KLHL11、NMU、PARP11、CPLX2、RTKN2、LY6G6C可能为关键基因,其中KLHL11、LY6G6C与患者预后有关,二者对应的circRNA即hsa_circ_0031027、hsa_circ_0075341可能参与了宫颈鳞状细胞癌的发生、发展。

知网文化
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前15条
1 曾丹;华金仁;安云婷;;卵巢上皮性癌中RNA结合基序蛋白3及环氧化酶-2的表达与意义[J];医疗装备;2019年23期
2 张晓黎;张颖;陈国通;宋硕;;环状RNA在妇科恶性肿瘤中的研究[J];医学信息;2020年03期
3 李颖;杨宁;邹晓译;李远彬;张芯;魏茂提;李玉明;;血浆肝癌微血管侵袭相关的长链非编码RNA对子痫前期的预测价值[J];中华高血压杂志;2020年03期
4 张庆华;张彦骅;冯暄;张钏;马盼盼;何静;王晓黎;郝胜菊;;子宫内膜癌差异表达长链非编码RNA的筛选及分析[J];兰州大学学报(医学版);2020年03期
5 王晶;洪黎明;杨晓葵;;微小RNA在卵巢早衰中的研究进展[J];中国优生与遗传杂志;2016年01期
6 杨冰清;滕银成;;循环微RNA作为子宫内膜癌新型生物标志物的研究进展[J];上海交通大学学报(医学版);2016年05期
7 陈洁婷;石钢;;子宫内膜异位症相关微小RNA的研究进展[J];现代预防医学;2014年23期
8 李海萍;;RNA干扰在卵巢肿瘤治疗中的研究进展[J];世界最新医学信息文摘;2015年15期
9 黄晨;赵群;吴玉梅;;微小RNA与子宫颈癌[J];医学综述;2011年22期
10 梁山辉;鹿欣;;微小RNA在卵巢肿瘤中的研究进展[J];国际妇产科学杂志;2009年01期
11 郑伟,石一复,谢幸,徐建云,程琪,沈敏;TELOMERASE RNA AND TELOMERASE ACTIVITY IN TROPHOBLASTIC TUMORS[J];Journal of Zhejiang University Science;2000年02期
12 王祎祎;汪沙;沈雪;段华;;非编码RNA在子宫内膜异位症发病机制中的研究进展[J];实用妇产科杂志;2020年07期
13 王丹丹;杨清;;微小RNA与环状RNA在子宫内膜异位症发生发展中的作用[J];中国实用妇科与产科杂志;2020年04期
14 陈丹;杨星宇;程蔚蔚;;环状RNA与子痫前期发病机制的研究进展[J];中国计划生育和妇产科;2020年04期
15 赵一燕;鞠捷;孔祥;;环状RNA在人类生殖妊娠方面的研究进展[J];中国当代医药;2020年19期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 郭璕阳;郭奕斌;;利用孕妇血浆和尿样中胎儿游离DNA、RNA进行无创性产前基因诊断[A];遗传学进步与人口健康高峰论坛论文集[C];2007年
2 胡晓霞;李力;黎丹戎;张玮;唐步坚;;RNA干扰对卵巢癌细胞MMP-9基因表达的抑制作用[A];中华医学会第九次全国妇科肿瘤学术会议论文汇编[C];2006年
3 史颖莉;顾林;陈捷;倪婕;袁春桃;杜旭园;;微小RNA在子宫内膜异位症中的差异表达及其作用[A];中华医学会第十次全国妇产科学术会议妇科内分泌会场(妇科内分泌学组、绝经学组、计划生育学组)论文汇编[C];2012年
4 赵雅男;王文涛;韩博炜;洪顺家;陈月琴;;子宫内膜异位症患者血清微小RNA的表达及其作为内异症检测标记物的潜能[A];中华医学会第十次全国妇产科学术会议妇科内分泌会场(妇科内分泌学组、绝经学组、计划生育学组)论文汇编[C];2012年
5 Yan Ma;Ningxia Sun;Fei Sheng;Yixuan Ji;Haixia Ding;Qing Zhang;Shuhan Sun;Wen Li;;Long noncoding RNA H19 inhibits the growth and invasion of trophoblasts by inactivating Wnt/β-catenin signaling via downregulation of DDX3X[A];第9届中国中西医结合学会妇产科专业委员会第二次学术会议论文集[C];2017年
6 张有成;王和;;母血浆胎儿游离RNA等位基因比率分析无创性产前诊断唐氏综合征研究[A];中国的遗传学研究——遗传学进步推动中国西部经济与社会发展——2011年中国遗传学会大会论文摘要汇编[C];2011年
7 喜洋洋;蒋雪;李荣;陈梦莹;宋文英;李晓南;;人乳中微小RNA的水平及其与母亲体重与子代性别的关系[A];2015年泛长三角围产医学学术年会暨浙江省围产医学学术年会论文汇编[C];2015年
8 高小平;付强;郭巧娟;余静;吴焕磊;袁响林;;RNA干扰HIF-1α影响宫颈癌HeLa细胞上皮细胞-间质变的研究[A];湖北省抗癌协会青年委员会成立大会暨第一届青年学术论坛资料汇编[C];2009年
9 王树军;丁永霞;张勇;张惠珍;王颖;金姝;葛海良;;肿瘤相关抗原-线粒体蛋白12的RNA干扰对HeLa细胞增殖的影响[A];中国免疫学会第五届全国代表大会暨学术会议论文摘要[C];2006年
10 牛晓宇;彭芝兰;;RNA干涉抑制子宫颈癌HPV16E6基因的研究[A];第八次全国妇产科学学术会议论文汇编[C];2004年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 李巍;长链非编码RNA在子宫内膜癌及女性食管癌发生发展中的功能及机制研究[D];苏州大学;2018年
2 王涛;下调长链非编码RNA HOTAIR对人宫颈癌细胞增殖转移抑制作用及机制研究[D];武汉科技大学;2018年
3 林晨;维吾尔族妇女子宫颈癌微小RNA差异表达及其与靶基因关系的研究[D];新疆医科大学;2011年
4 陈军莹;鳞状上皮细胞癌抗原和微小RNA作为宫颈鳞癌患者淋巴结转移血清标记物的研究[D];广西医科大学;2013年
5 李芳;X染色体连锁的长链非编码RNA在子宫内膜癌发生发展中的功能及机制研究[D];苏州大学;2019年
6 蒋建发;子宫腺肌病在位内膜长链非编码RNA和信使RNA差异表达研究[D];北京协和医学院;2016年
7 周晓;子痫前期胎盘组织环状RNA表达谱分析及初步应用研究[D];南昌大学;2020年
8 张清华;凝血因子Ⅻ基因启动子区DNA甲基化及RNA表达水平与原因不明复发性流产的关系[D];新疆医科大学;2019年
9 王鑫;循环胎盘相关长链非编码RNA做为子痫前期潜在生物标记物的评估[D];广州医科大学;2017年
10 董晶;RNA干扰技术沉默iNOS基因对宫颈癌细胞株增殖活性及VEGF表达的影响[D];复旦大学;2012年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 马志;特异性环状RNA在多囊卵巢综合征患者卵丘颗粒细胞中的表达及其潜在意义[D];青岛大学;2019年
2 贾贵茹;人类妊娠中期胎儿主要组织中RNA m~6A修饰图谱建立[D];南方医科大学;2019年
3 王辉辉;环状RNA在妊娠期糖尿病患者胎盘表达的研究[D];南京医科大学;2018年
4 王旋旋;非同源末端连接修复通路相关长链非编码RNA(LINP1)调节宫颈癌放射治疗敏感性研究[D];浙江大学;2018年
5 王丽娟;阴道毛滴虫内双链RNA病毒的寄生及其对阴道毛滴虫相关特性影响的研究[D];郑州大学;2011年
6 程柯;人端粒酶RNA在预测低度宫颈上皮内瘤变患者疾病转归中的价值[D];南京大学;2014年
7 夏宝妹;RNA干扰联合氧化苦参碱抑制VEGF治疗子宫内膜癌的实验研究[D];南京中医药大学;2009年
8 洪婷;上皮性卵巢癌长链非编码RNA的表达及生物信息学初探[D];南华大学;2017年
9 罗茜;RNA干扰EGFR基因对卵巢癌细胞放疗敏感性影响的实验研究[D];重庆医科大学;2010年
10 张玉诺;RNA干扰Bcl-2对人卵巢癌细胞增殖抑制作用的研究[D];重庆医科大学;2005年
中国知网广告投放
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62982499
  • 010-62783978