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《生物医学工程研究》 2009年02期
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基于K近邻的蛋白质功能的预测方法

倪青山  王正志  黎刚果  孟祥林  
【摘要】:蛋白质功能预测是后基因组时代研究的重要问题之一。利用蛋白质相互作用网络,提出了一种基于K近邻的蛋白质功能的注释方法,该方法首先计算待注释的蛋白质与所有已知功能的蛋白质间的注释环境相似度,选择其中最相似的K个蛋白质,将该K个蛋白质的功能注释进行加权平均,作为待注释的蛋白质最终的功能注释。在构建的芽殖酵母的两组大规模相互作用数据集上的测试表明,该方法能够有效的对蛋白质功能进行预测,在蛋白质功能预测性能上优于现有的一些方法。
【作者单位】国防科技大学机电工程与自动化学院;
【关键词】蛋白质相互作用 蛋白质功能预测 K近邻算法 相似性 加权方法
【基金】:国家自然科学基金项目(60471003)
【分类号】:Q51
【正文快照】:
1引言确定未知蛋白质的功能对于了解生物体在生理或病理条件下的变化机制、疾病预防和药物开发都有重要的意义。虽然实验方法可以精确地确定未知蛋白质的功能,但复杂的实验设计、高昂的代价使其只适用于小规模的实验,不适用于在全基因组范围内对蛋白质进行功能注释。相关数据

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