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《水产学报》 2011年07期
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凡纳滨对虾EST微卫星标记初步筛选

王艳红  胡超群  张吕平  夏建军  任春华  
【摘要】:对161 075条凡纳滨对虾dbEST(database of"Expressed Sequence Tags")的数据进行SSR序列筛选,搜索参数为二~六核苷酸重复6次以上(包括6次),共获得含SSR的EST序列12 600条,占整个凡纳滨对虾dbEST数据库的7.8%,其中二核苷酸重复10 104条,占总EST-SSR序列的80.2%;三核苷酸重复2 036条(16.1%),四核苷酸重复336条(2.7%),五核苷酸重复35条(0.3%),六核苷酸重复89条(0.7%)。大部分发现的微卫星序列为完美型(perfect)的重复序列。在二核苷酸所获得的SSR重复单元中,AG/CT是优势重复单元,共分布4 820条,占二核苷酸各重复单元的47.8%;其次是AC/GT重复,共分布3 584条,占二核苷酸各重复单元的35.4%;最后是AT/TA和CG/GC,分别占二核苷酸各重复单元的16.6%和0.2%。通过对凡纳滨对虾EST序列中SSR位点信息的发掘分析,共设计77对微卫星引物,在10个个体中成功扩增的引物有54对,成功扩增率为70.1%。其中多态性丰富的引物28对,多态率为51.9%。等位基因数为2~5,PCR产物大小为140~600 bp。本研究筛选的EST-SSR标记将为凡纳滨对虾的分子遗传学研究、种质鉴定等提供可靠的工具。

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【参考文献】
中国期刊全文数据库 前4条
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2 高焕,刘萍,孟宪红,王伟继,孔杰;中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)基因组微卫星特征分析[J];海洋与湖沼;2004年05期
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【共引文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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中国博士学位论文全文数据库 前10条
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中国硕士学位论文全文数据库 前10条
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10 庞国兴;坛紫菜丝状孢子体EST的获取、生物信息学分析及功能基因的克隆和序列测定[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2004年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前10条
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6 高焕,刘萍,孟宪红,王伟继,孔杰;中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)基因组微卫星特征分析[J];海洋与湖沼;2004年05期
7 刘必谦,曾庆国,骆其君,王亚军,厉盛华;条斑紫菜(Porphyra yezoensis)dbEST中筛选微卫星位点及引物种间转移扩增[J];海洋与湖沼;2005年03期
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【相似文献】
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5 田美;申欣;孟学平;彭永兴;程汉良;;海水养殖凡纳滨对虾肌肉组织蛋白质组学研究[J];安徽农业科学;2010年02期
6 李刚;刘小林;黄皓;;凡纳滨对虾体重校正系数研究[J];安徽农业科学;2010年01期
7 杨志强;曹俊明;朱选;胡俊茹;赵红霞;陈水春;蓝汉冰;;凡纳滨对虾对7种蛋白原料的蛋白质和氨基酸的消化率[J];饲料工业;2010年02期
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中国重要会议论文全文数据库 前10条
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2 扈东青;林强;戴瑞强;赵卫国;张英华;刘赵越;刘利;;桑树光合系统Ⅱ MpsbR基因的克隆和不同部位表达分析[A];江苏省遗传学会第八届会员代表大会暨学术研讨会论文集[C];2010年
3 阎毛毛;戴晓港;李淑娴;尹佟明;;松树、杨树及桉树表达基因序列微卫星比对分析[A];江苏省遗传学会第八届会员代表大会暨学术研讨会论文集[C];2010年
4 宿甲子;邓效禹;杨焕民;;籽鹅卵巢组织中产蛋相关基因的定量、克隆及序列分析[A];全国动物生理生化第十一次学术交流会论文摘要汇编[C];2010年
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6 王小强;徐安英;李刚;张月华;钱荷英;孙平江;郭锡杰;;家蚕耐氟近等基因系SSH文库的构建及初步分析[A];江苏省遗传学会第八届会员代表大会暨学术研讨会论文集[C];2010年
7 刘小龙;杨林;习欠云;熊接华;江青艳;张永亮;;复合植物多糖对凡纳滨对虾免疫及抗氧化功能的影响[A];全国动物生理生化第十一次学术交流会论文摘要汇编[C];2010年
8 刘小龙;杨林;习欠云;汪元梅;江青艳;张永亮;;凡纳滨对虾过氧化物还原酶基因的克隆和鉴定[A];全国动物生理生化第十一次学术交流会论文摘要汇编[C];2010年
9 伍彬;章超桦;吉宏武;解万翠;冯小敏;付光中;;南美白对虾虾头自溶产物主要呈味成分分析[A];“食品加工与安全”学术研讨会暨2010年广东省食品学会年会论文集[C];2010年
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中国博士学位论文全文数据库 前10条
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中国硕士学位论文全文数据库 前10条
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5 李付美;莱芜猪心脏组织cDNA文库的构建及部分表达序列标签的分析[D];曲阜师范大学;2010年
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8 王海青;八种海洋经济动物肠道细菌群落的种群分子多样性分析[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2010年
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10 李岩;根蘖型苜蓿根部cDNA文库构建及部分表达序列标签分析[D];北京林业大学;2010年
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