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《软件学报》 2006年02期
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基于二分频率变换的序列相似性查询处理技术

王国仁  葛健  徐恒宇  郑若石  
【摘要】:作为基因功能预测的主要手段,序列相似性查询技术是生物信息学领域的研究热点.基因序列和结构的相似性往往决定了基因功能的相似性,因此可以通过基因序列的相似性查找来预测新基因的功能.分析了MRS索引中频率变化和小波变换等相关技术,讨论了它们的缺点和不足,提出了一种基于二分频率变换2-PFT的序列相似性查询处理技术.首先,设计了二分频率变换和相应的距离函数,使得系统较之频率变换和小波变换具有更高的过滤能力,极大地提高了系统的性能;其次,解决了处理任意长度查询的问题.理论证明和实验结果均表明,2-PFT系统的性能远远优于MRS系统.

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【引证文献】
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1 曲吉林;时间序列挖掘中索引与查询技术的研究[D];天津大学;2006年
【共引文献】
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1 张忠平;;Similarity Measure Based on Structure and Semantic Constraints for XML Documents[A];2006年全国理论计算机科学学术年会论文集[C];2006年
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1 徐海渊;基于XML的动态信息触发机制的研究[D];中国人民解放军国防科学技术大学;2002年
2 唐玉荣;生物信息学中的序列比对算法研究[D];中国农业大学;2004年
3 张忠平;基于约束的XML数据库模式规范化研究[D];复旦大学;2004年
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2 胡斌;变更信息管理机制及其在PDM变更管理中的应用[D];浙江大学;2004年
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4 徐晓华;光并行计算及其在图像处理和计算分子生物学中的应用[D];扬州大学;2005年
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7 郭晓敏;网络备份系统的研究与实现[D];东南大学;2005年
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3 李菁菁,邵培基,黄亦潇;数据挖掘在中国的现状和发展研究[J];管理工程学报;2004年03期
4 柯珂,张世英;ARCH模型的诊断分析[J];管理科学学报;2001年02期
5 蔡智,岳丽华,王熙法;时序模式发现算法研究[J];计算机研究与发展;2000年09期
6 陈哲,冯天瑾,张海燕;基于小波神经网络的混沌时间序列分析与相空间重构[J];计算机研究与发展;2001年05期
7 李建中,张兆功;超平面树:度量空间中相似性搜索的索引结构[J];计算机研究与发展;2003年08期
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中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 冯红伟;数据挖掘技术的研究及应用[D];西北工业大学;2002年
2 周海燕;空间数据挖掘的研究[D];中国人民解放军信息工程大学;2003年
3 刘君强;海量数据挖掘技术研究[D];浙江大学;2003年
4 曾海泉;时间序列挖掘与相似性查找技术研究[D];复旦大学;2003年
5 杨风召;高维数据挖掘中若干关键问题的研究[D];复旦大学;2003年
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7 兰秋军;金融时间序列隐含模式挖掘方法及其应用研究[D];湖南大学;2005年
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1 江浩;面向相似性的时间序列表示与搜索方法研究[D];华中科技大学;2004年
2 陆声链;孤立点挖掘及其内涵知识发现的研究与应用[D];广西师范大学;2005年
【二级引证文献】
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1 熊赟;生物序列模式挖掘与聚类研究[D];复旦大学;2007年
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2 梁俊杰;杨泽新;冯玉才;;大规模高维数据库索引结构[A];第二十三届中国数据库学术会议论文集(研究报告篇)[C];2006年
3 王波涛;陈贺;马俊;喜连川优;王国仁;;基于区域覆盖的移动对象索引的设计与实现[A];第26届中国数据库学术会议论文集(A辑)[C];2009年
4 赵亮;陈荦;景宁;钟志农;;一种高效的移动对象连续多范围查询处理框架[A];第26届中国数据库学术会议论文集(B辑)[C];2009年
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8 王生生;刘大有;;基于移动对象模型的车辆监控系统[A];中国仪器仪表学会第六届青年学术会议论文集[C];2004年
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1 ;数据仓库/商业智能应用的核心[N];中国计算机报;2003年
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1 师智斌;高性能数据立方体及其语义研究[D];北京交通大学;2010年
2 赵春宇;高性能并行GIS中矢量空间数据存取与处理关键技术研究[D];武汉大学;2006年
3 徐林昊;对等计算系统中的相似查询处理研究[D];复旦大学;2005年
4 庄毅;海量多媒体数据库的高效查询处理[D];浙江大学;2007年
5 梁俊杰;大规模图像库的高维索引技术研究[D];华中科技大学;2007年
6 徐红波;基于空间填充曲线高维空间查询算法研究[D];哈尔滨理工大学;2010年
7 刘德刚;对等计算环境中矢量空间数据索引模型与查询算法研究[D];华中科技大学;2009年
8 李支成;时空数据库复杂查询方法研究[D];华中科技大学;2012年
9 郭建奎;数据流相似性查询及模式挖掘研究[D];复旦大学;2008年
10 林伟华;多重近似空间索引及其相关检索技术研究[D];华中科技大学;2009年
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1 陈刚;基于公路网移动对象数据库中移动对象的索引与查询[D];华中科技大学;2006年
2 程静;数据库中字符型数据的加密方法研究[D];华中科技大学;2007年
3 申敏杰;Top-K查询中的动态映射策略研究[D];华中科技大学;2007年
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5 刘燊;空间网络环境下基于Voronoi图的时空轨迹查询研究[D];浙江大学;2011年
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7 张丹;图像检索中索引存储与检索方法的研究与实现[D];华中科技大学;2008年
8 蒋澜;P2P网络中高维数据对象相似性检索方法研究[D];中国科学技术大学;2009年
9 张吉根;基于多次映射的金字塔索引研究[D];华中科技大学;2006年
10 汤宇哲;基于DHT的索引结构研究[D];复旦大学;2009年
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