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《免疫学杂志》 2013年04期
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通过RNA-seq初步考察铜绿假单胞菌噬菌体PaP3对宿主转录组的全局性调控

赵霞  陈灿煌  倪青山  王竞  胡福泉  谭银玲  
【摘要】:目的定性定量地考察铜绿假单胞菌噬菌体PaP3在感染宿主菌PA3后对宿主转录组的全局性调控作用。方法利用高通量链特异性的RNA-seq对PaP3感染宿主菌PA3后5个时间点(5 min、10 min、20 min、30 min、80 min)的转录本进行深度测序,并以铜绿假单胞菌PAO1株及噬菌体PaP3基因组序列为参照,通过生物信息学对检测数据做定性定量的分析。结果以未感染噬菌体的细菌为对照,在铜绿假单胞菌PA3被噬菌体PaP3感染后的不同时间点共检测到5 536个差异表达基因,共归属于27条PseudoCAP功能注释,KEGG Pathway显著性富集分析发现差异表达基因共涉及45条代谢路径。此外,在5个样本中还预测出1 438个新转录本及1 329个新的候选sRNA,发现19种已注释的sRNA及91种新的候选sRNA出现差异表达。结论噬菌体PaP3可能通过抑制宿主菌PA3转录调节相关基因而对宿主的转录组进行全局性的调控,这为深入理解噬菌体与宿主相互作用的机制奠定了基础,也为探索噬菌体通过细菌与人体免疫系统的相互作用提供了多方面多层次的信息。
【作者单位】第三军医大学基础部微生物学教研室;
【基金】:国家自然科学基金面上项目(30770093) 重庆市自然科学基金重点项目(cstcjjB10018)
【分类号】:R378.991
【正文快照】:
现在噬菌体已经不仅仅被看做是一种细菌的病毒,对于人体,噬菌体能与血小板和淋巴细胞相互作用具有免疫调理功能[1]。而一些噬菌体能识别细菌的LPS受体并与之结合,阻碍LPS的释放,从而抑制中性粒细胞的活化[2]。另有体内研究显示,噬菌体都可以抑制吞噬细胞对E.coli的吞噬作用。

【参考文献】
中国期刊全文数据库 前1条
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【共引文献】
中国期刊全文数据库 前2条
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中国博士学位论文全文数据库 前1条
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中国硕士学位论文全文数据库 前4条
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【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前1条
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【相似文献】
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