收藏本站
《科学通报》 2013年33期
收藏 | 投稿 | 手机打开
二维码
手机客户端打开本文

一种基于RNA-Seq的基因组注解评估方法

王颖  刘麟  
【摘要】:新一代测序技术下RNA-Seq测序数据为解码真核生物的转录组带来了突破性的变革,其细致到碱基层面的高分辨率信息,使得仅采用RNA-Seq作为唯一数据源便可对现有的基因组进行注解.同样地,利用RNA-Seq信息也能验证现有的剪切位点、外显子乃至转录物的注解信息.因此本文提出利用RNA-Seq数据对现有的基因组注解数据库进行评估,基于RNA-Seq的配准信息提出在基因、转录物、外显子、剪切位点和碱基层面的特异性和敏感性度量指标,进而评估基因组注解数据库的完整性和精确性.基于该评估框架,通过来自人类16个组织的11亿条RNA-Seq读段(read)数据对5个代表性的人类基因组注解数据库进行评估,并基于评价结果构建人体综合准确注解数据库;此外,还对现有的恒河猴基因组注解数据库进行了评估,发现该数据库的完整性有很大欠缺,同时其注解的精确性与人类数据库的注解水平有较大的差距.基于该评估体系,可对各物种的基因组注解信息的完整性和精确性进行全面、快速和高效的评估及验证.
【作者单位】厦门大学信息科学与技术学院自动化系;
【基金】:国家自然科学基金(61203282,61202144) 美国国立卫生研究院基金(NIH/NIMH 5 RC2 MH090047-01)资助
【分类号】:Q78
【正文快照】:
RNA-Seq技术已经成为研究真核生物转录组很重要的工具[1,2],被用在许多相关的生物研究中,如量化转录物表达水平[3,4],高分辨率的分析可变剪切机理[5,6],识别新的剪切位点和转录物形式[7,8],探索遗传变异和表达量化特征位点(eQTL)[9,10].在上述的计算生物学研究中,基因组注释的

【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 谢伟东;曲士芮;庞义;王珣章;蒲蛰龙;;斜纹夜蛾传代细胞系的建立及病毒感染研究[J];中山大学学报(自然科学版);1988年04期
2 杨潼,李建秋;五种水蛭对不同pH值的生物效应[J];应用生态学报;1990年03期
3 吴惠英;贺争鸣;卫礼;刘佐民;张然;;多价鼠肝炎病毒抗体ELISA试剂盒的研制及应用[J];中国生物制品学杂志;1993年01期
4 叶明,潘迎捷,马桂荣,陈咏萱;香菇正反双单杂交后代的遗传分析[J];菌物系统;2001年01期
5 王高歌,臧晓南,张宝红,张学成;螺旋藻对六种抗生素的敏感性研究[J];高技术通讯;2001年07期
6 贺书云,胡三觉,王贤辉,韩晟;心脏对异丙肾上腺素反应性与心搏间期近似熵的关系[J];生物物理学报;2002年02期
7 牛东升;陈梅玲;温博海;李青凤;邱玲;张晶波;;立氏立克次体实时荧光定量聚合酶链反应检测方法的建立[J];中华流行病学杂志;2006年06期
8 魏光河;李莉;韩开菊;张成聪;刘忠元;;乳酸杆菌及芽孢杆菌对32种抗菌药物的敏感性研究[J];四川畜牧兽医;2007年12期
9 石晶红;;双歧杆菌对12种抗生素的敏感性[J];河套大学学报;2008年04期
10 蒋景华;;895例假丝酵母菌属分布及耐药性研究[J];中国消毒学杂志;2010年01期
中国重要会议论文全文数据库 前10条
1 金晶;臧爱萍;陈海莹;蔡伟明;;水稻向重性反应过程中地上部基部两侧的转录组研究[A];中国空间科学学会第七次学术年会会议手册及文集[C];2009年
2 胡钢清;朱怀球;;致病性大肠杆菌CFT073菌株基因组的再注释[A];中国生物医学工程进展——2007中国生物医学工程联合学术年会论文集(下册)[C];2007年
3 汤湘;张志勇;张栋;刘巧泉;唐威华;;水稻花粉母细胞的转录组[A];2009中国植物学会植物细胞生物学学术年会论文摘要集[C];2009年
4 王小芳;孙碧英;李倩;董莉;戎伟芳;;硫化氢参与肠道传入神经敏感性的调节[A];中国生理学会2007年消化内分泌生殖学术研讨会论文摘要汇编[C];2007年
5 肖昕;冯启言;季丽英;孟庆俊;薛建斌;;铜胁迫对小麦幼苗的毒性效应[A];第二届全国农业环境科学学术研讨会论文集[C];2007年
6 朱江;和夫红;胡松年;于军;;人体看家基因的界定与分析[A];中国遗传学会第八次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编(2004-2008)[C];2008年
7 杨章民;王喆之;侯彬;李恩民;王绪敏;刘贵明;;中介蝮毒腺cDNA文库的构建及初步分析[A];第八届中国生物毒素学术研讨会论文摘要集[C];2007年
8 杨章民;王喆之;侯彬;李恩民;王绪敏;刘贵明;;中介蝮毒腺cDNA文库的构建及初步分析[A];第八届中国生物毒素学术研讨会论文摘要[C];2007年
9 许国旺;;代谢组学研究的新进展[A];中国蛋白质组学第二届学术大会论文摘要论文集[C];2004年
10 谢建平;胡昌华;申严杰;陈宏玲;柏冰;乐军;王洪海;王易伟;;结核分枝杆菌功能基因组学研究[A];首届全国微生物基因组学学术研讨会会程与论文摘要集[C];2006年
中国重要报纸全文数据库 前8条
1 中国科学院院士 贺福初;中国蛋白质组计划[N];科技日报;2002年
2 王雪飞 吴志军;首建人类器官蛋白质组“蓝图”[N];健康报;2006年
3 中国科学院院士 贺福初;蛋白质组研究能给人类带来什么?[N];大众科技报;2009年
4 本报记者 姜晨怡;从1%到中国人的个体化基因组研究[N];科技日报;2009年
5 衣晓峰 乔蕤琳;哈医大建立系列生物信息学研究方法[N];中国医药报;2010年
6 记者 闫松;超级细菌不会在普通人群间传播[N];大众科技报;2010年
7 驻京记者 王乐;我国尚未发现“超级细菌”病例[N];文汇报;2010年
8 通讯员 逄莎莎 刘佳 记者 刘传书;基因组测序诠释裸鼹鼠“长生不老”秘笈[N];科技日报;2011年
中国博士学位论文全文数据库 前10条
1 赵丽娜;多维液相色谱质谱组合分析在志贺菌蛋白组基因组学中的应用[D];北京协和医学院;2010年
2 叶葭;基因组水平生物信息学工具的开发和应用(从ReAS到WEGO)[D];浙江大学;2006年
3 陈作舟;EST转录组功能差异的数据挖掘系统及应用[D];浙江大学;2007年
4 黄建军;铜绿假单胞菌噬菌体PaP2生物学特性及其基因组学的研究[D];第三军医大学;2004年
5 郝沛;生命科学研究中生物信息学技术的开发和应用[D];复旦大学;2008年
6 李涛;肝脏质膜蛋白质表达谱的构建及功能研究[D];中国人民解放军军事医学科学院;2009年
7 李稚锋;真核基因剪接机制相关特征研究[D];国防科学技术大学;2006年
8 李岩;小鼠胚胎干细胞定向分化为肝细胞过程中转录组和蛋白质组的动态变化[D];复旦大学;2009年
9 叶海燕;日本三角涡虫(Dugesia japonica)线粒体蛋白质组、转录组研究[D];陕西师范大学;2012年
10 郭溆;基于转录组测序的石斛生物碱和人参皂苷生物合成相关基因的发掘、克隆及鉴定[D];北京协和医学院;2013年
中国硕士学位论文全文数据库 前10条
1 孙远平;基于二阶Z变换的转录因子结合位点识别方法研究[D];东北师范大学;2009年
2 严清;血吸虫EST数据分析体系的构建与运用[D];上海交通大学;2008年
3 夏伟;Gluconobacter oxydans 621H全基因组自动注释结果的分析评估[D];江南大学;2013年
4 徐波;辣椒应答UV-B的转录组差异分析及相关功能基因的分离[D];福建农林大学;2008年
5 张志平;噬菌体KS461-2部分特性及全基因组分析[D];河北师范大学;2009年
6 魏来;MeJA诱导人参细胞皂苷生物合成的比较转录组分析[D];中南大学;2007年
7 戴雅丽;基于文昌鱼(Branchiostoma floridae)ESTs的转录组比较分析及EST数据库构建[D];安徽农业大学;2007年
8 井辉;基于EST全基因组定位的基因结构注释研究[D];华中科技大学;2007年
9 沈万赟;双酚A、壬基酚慢性暴露对斑马鱼(Danio rerio)生长和生殖影响的研究[D];华东师范大学;2007年
10 郭秉楠;RNAi抑制Mx1基因表达对肿瘤VSV溶瘤敏感性的促进作用[D];苏州大学;2010年
 快捷付款方式  订购知网充值卡  订购热线  帮助中心
  • 400-819-9993
  • 010-62791813
  • 010-62985026