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《计算机与应用化学》 2005年10期
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基于线粒体全基因组的非比对方法比较

蔡旭  方伟武  张文  
【摘要】:在系统发育分析等分子生物学的研究问题中,传统上要用到基于多序列比对的方法,然而这类方法有一定的局限性. 本文介绍了一类新的研究系统发育问题的方法——非比对方法,该类方法可以克服基于比对距离方法在计算规模和主观因素等方面的局限性以及由基因重组导致的比对失效。同时,本文选取新方法中的几种分子序列相似度度量,用于94种哺乳动物的线粒体全基因组序列的系统发育分析研究中。由比较结果看来,非比对方法中的FDOD度量得到的结果与传统的分类学结果最为一致;并进一步和由基于比对的距离方法对哺乳动物细胞色素b的系统发育分析得到的结果作比较,发现FDOD不仅不逊色于传统的基于比对的距离方法,而且在对哺乳动物纲各个目

【引证文献】
中国博士学位论文全文数据库 前1条
1 吴自凯;信息度量的蛋白质序列、结构、质谱数据研究[D];大连理工大学;2007年
【参考文献】
中国期刊全文数据库 前3条
1 张文,唐焕文,方伟武,修志龙;信息离散性度量方法在SARS病毒研究中的应用[J];计算机与应用化学;2003年06期
2 田兰香,梁冰,张树义;对翼手目的单起源与双起源假说的介绍[J];兽类学报;2003年04期
3 陈晓芳,李爽,王黎,袁晓东,汤敏谦,李庆伟;鸟类线粒体DNA研究概述[J];遗传;2002年03期
【共引文献】
中国期刊全文数据库 前3条
1 张文;唐焕文;方伟武;蔡旭;张伟伟;;基于全蛋白质组的微生物系统发育树构建[J];大连理工大学学报;2005年06期
2 李伟,张雁云;基于线粒体细胞色素b基因序列探讨红喉姬鹟两亚种的分类地位[J];动物学研究;2004年02期
3 马玉堃;牛黎明;国会艳;;DNA在鸟类分子系统发育研究中的应用[J];遗传;2006年01期
中国重要会议论文全文数据库 前1条
1 张文;方伟武;唐焕文;蔡旭;;基于信息离散性度量方法的微生物全蛋白质组的系统发育分析[A];中国运筹学会第七届学术交流会论文集(中卷)[C];2004年
中国博士学位论文全文数据库 前2条
1 吴自凯;信息度量的蛋白质序列、结构、质谱数据研究[D];大连理工大学;2007年
2 雷忻;鹟亚科与莺亚科部分鸟类分子系统发育研究[D];陕西师范大学;2007年
中国硕士学位论文全文数据库 前9条
1 石全华;中国7种鹤的鸣声及系统分类研究[D];东北林业大学;2007年
2 孔有琴;中国大鸨东方亚种(Otis tarda dybowskii)线粒体DNA遗传多样性的研究[D];东北林业大学;2003年
3 李贵春;对几种原鹟科鸟类的分类学研究[D];内蒙古大学;2004年
4 王朝锋;中国8个黄牛品种线粒体DNA遗传多样性研究[D];西北农林科技大学;2005年
5 牛黎明;21种雀形目鸟类细胞色素b基因序列分析及其系统发育研究[D];东北林业大学;2005年
6 刘丽云;沙鸡及鸥类分类地位的研究[D];内蒙古大学;2005年
7 国会艳;雀形目38种鸟类分子系统发育关系的初步研究[D];东北林业大学;2006年
8 赵生国;中国地方鸡种线粒体DNA(mtDNA)遗传多样性研究[D];甘肃农业大学;2006年
9 吴唤玲;从mtDNA控制区部分序列探讨勺鸡种群的遗传结构[D];安徽大学;2006年
【同被引文献】
中国期刊全文数据库 前7条
1 刘军,许甫荣;基于相对熵原理构建生物进化系统树[J];北京大学学报(自然科学版);2003年S1期
2 张文;唐焕文;方伟武;蔡旭;张伟伟;;基于全蛋白质组的微生物系统发育树构建[J];大连理工大学学报;2005年06期
3 刘贇,王宝翰,王存新,陈慰祖;基于相对熵的蛋白质设计新方法[J];中国科学G辑;2003年04期
4 张文,唐焕文,方伟武,修志龙;信息离散性度量方法在SARS病毒研究中的应用[J];计算机与应用化学;2003年06期
5 苏计国;王宝翰;焦雄;陈慰祖;王存新;;基于HNP三态模型及相对熵方法的蛋白质折叠研究[J];生物化学与生物物理进展;2006年05期
6 刘皛,廖志芳,樊晓平,李异凡,张阳德;基于决策树分类技术的大肠早癌诊断系统研究[J];中国医学工程;2005年05期
7 王家祥;张蛟;刘秋亮;王利;范应中;余捷凯;郑树;;基于支持向量机对肾母细胞瘤患者血清蛋白质标记物的检测分析[J];中华医学杂志;2006年42期
中国博士学位论文全文数据库 前2条
1 宋杰;生物信息数据挖掘中的若干方法及其应用研究[D];大连理工大学;2005年
2 张敏;生物信息学中多序列比对等算法的研究[D];大连理工大学;2005年
【二级参考文献】
中国期刊全文数据库 前6条
1 张亚平,陈欣,施立明;两种锦鸡和环颈雉线粒体DNA(mtDNA)的比较研究[J];动物学研究;1991年04期
2 廖顺尧,鲁成;动物线粒体基因组研究进展[J];生物化学与生物物理进展;2000年05期
3 姜海英,陆佩洪,李悦民;鶲科五种鸟线粒体DNA序列变化与亲缘关系的研究[J];遗传;2000年01期
4 向余劲攻,杨岚,张亚平;白腹锦鸡和红腹锦鸡的遗传分化[J];遗传;2000年04期
5 孔庆鹏,罗静,黄顺友,向余劲攻,张亚平;从线粒体细胞色素b探讨长臀鲃属三个种分类与进化的关系[J];遗传;2000年06期
6 李庆伟,田春宇,李爽;鹰科四种鸟类线粒体DNA的差异和分子进化关系的研究[J];遗传;2001年06期
【相似文献】
中国期刊全文数据库 前10条
1 刘咸;;人类学的先导赫胥黎[J];大自然;1980年02期
2 李传夔;;鼠化石 鼠年漫话[J];化石;1984年01期
3 汪秀屏;郭秀丽;爰家明;;国际通用标准犬——毕克(Beagle)犬[J];实验动物科学与管理;1986年04期
4 何晓瑞,胡健生;澜沧江中游云县景东地区哺乳动物的初步研究[J];云南大学学报(自然科学版);1989年02期
5 李海负;;猛犸象和披毛犀[J];大自然;1992年02期
6 韩联宪;;豹猫[J];云南林业;1993年05期
7 朱曦,倪应生,俞天喜,童祝平;永康市兽类初步调查[J];浙江林学院学报;1996年02期
8 牟丕志;人是什么?[J];林业劳动安全;2001年04期
9 邱占祥,卫奇,裴树文,陈哲英;山西天镇后裂爪兽属(哺乳动物纲,蹄兔目)化石初步报道[J];古脊椎动物学报;2002年02期
10 童永生,王景文,傅静芳;记裂齿目(哺乳动物纲)一新属——豫裂兽(Yuesthonyx gen.nov.)[J];古脊椎动物学报;2003年01期
中国重要报纸全文数据库 前3条
1 本报记者 余戈;马俊仁养藏獒遭质疑[N];北京科技报;2003年
2 柯文;中国学者发现并命名哺乳动物新种北京宽耳蝠[N];科学时报;2007年
3 王有佳;我科学家发现“北京宽耳蝠”[N];人民日报;2007年
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